构建并验证癌胚重编程预后签名oncoScore
识别具有癌胚表达特征的基因并构建能预测HCC患者预后的签名,验证其可信度。
整合GEO、CPTAC、HCCDB等多个公共数据集,通过差异表达分析鉴定23个癌胚基因,利用Cox回归构建oncoScore,并在多个独立HCC队列中验证其预后价值。
Oncofetal dual‑specificity phosphatase 9 drives stem-like properties through ERK1/2-PPARG-SCD axis-mediated lipid metabolism in hepatocellular carcinoma.
包含多组学分析、临床样本验证、体外功能实验(球体形成、增殖、迁移、侵袭、耐药)、体内致瘤实验及机制研究(Co-IP、ChIP、药理学抑制)等多个独立证据层级。
HCC细胞系(MHCC-97H、SNU-398等) HCC患者组织样本和TMA BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 小鼠胎肝组织
DUSP9表达水平在MHCC-97H高表达、SNU-398低表达细胞系中的选择依据。 DUSP9过表达和敲低细胞系的构建及效率验证(qRT-PCR、Western blot)。 体内有限稀释致瘤实验中细胞接种浓度(5×10^5、5×10^4、5×10^3)及每组小鼠数量(n=4)。 索拉非尼耐药实验中的药物浓度梯度(0、5、10、15、20 μM)和处理时间(24 h)。 ERK1/2抑制剂SCH772984(HY-50846)和蛋白酶体抑制剂MG132(HY-13259)的处理浓度和时间。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别具有癌胚表达特征的基因并构建能预测HCC患者预后的签名,验证其可信度。
整合GEO、CPTAC、HCCDB等多个公共数据集,通过差异表达分析鉴定23个癌胚基因,利用Cox回归构建oncoScore,并在多个独立HCC队列中验证其预后价值。
在候选癌胚基因中筛选与干性和去分化最相关的关键调控因子。
通过多组学整合(HCC类器官、CytoTRACE去分化基因、23个癌胚基因)获得5个候选基因,并在小鼠胎肝、Hepa1-6细胞和多种HCC数据集及临床样本中验证DUSP9的癌胚表达模式和预后相关性。
明确DUSP9对HCC细胞自我更新、增殖、迁移、侵袭和耐药等干性表型的影响。
在SNU-398和MHCC-97H细胞中分别过表达和敲低DUSP9,通过球体形成、集落形成、EdU增殖、CCK8增殖、Transwell迁移/侵袭、索拉非尼耐药等实验评估功能表型。
在体内验证DUSP9对肿瘤起始能力和生长的影响。
采用有限稀释致瘤实验,将不同浓度的DUSP9过表达或敲低的HCC细胞皮下注射入BALB/c裸鼠,监测肿瘤发生率和生长曲线,并通过ALDH活性评估干性。
探索DUSP9促进干性的分子机制,特别是其与脂质代谢的关系。
通过转录组富集分析、甘油三酯定量、油红O染色、FAO活性测定等,评估DUSP9对脂质代谢的影响,并鉴定下游关键酶SCD。
验证SCD介导的脂质代谢是否是DUSP9促进干性的关键下游机制。
在DUSP9过表达或敲低的细胞中同时敲低或过表达SCD,进行Western blot、球体形成、集落形成、EdU、耐药、迁移和侵袭实验。
阐明DUSP9上游调控SCD的分子机制,特别是ERK1/2和PPARG的作用。
通过GSEA、Co-IP、ChIP-qPCR、Western blot以及使用ERK1/2抑制剂SCH772984和蛋白酶体抑制剂MG132等实验,验证DUSP9抑制ERK1/2磷酸化,稳定PPARG,进而转录激活SCD。
验证在体内肿瘤微环境中DUSP9-ERK1/2-PPARG-SCD轴是否同样发挥作用。
对DUSP9过表达或敲低的异种移植瘤组织进行Western blot和IHC染色,检测DUSP9、p-ERK1/2、PPARG、SCD及干性标志物(NANOG、OCT4、SOX2)和增殖标志物(Ki67)的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物治疗 | SCH772984 | MedChemExpress | HY-50846 |
| MG132 | MedChemExpress | HY-13259 | |
| 索拉非尼 | MedChemExpress | HY-10201 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | GIBCO | -- | |
| 球体形成 | 表皮生长因子 | GIBCO | PHG0311 |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | GIBCO | PHG0266 | |
| B27添加剂 | GIBCO | 17504-044 | |
| N2添加剂 | GIBCO | 17502-048 | |
| 甲基纤维素 | Sigma-Aldrich | M0262 | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| HiScript III逆转录酶 | Vazyme | R302-01 | |
| ChamQ通用型SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| Western blot | α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66031-1-Ig |
| DUSP9抗体 | Proteintech | 26718-1-AP | |
| OCT4抗体 | Proteintech | 11263-1-AP | |
| NANOG抗体 | Proteintech | 14295-1-AP | |
| SOX2抗体 | ABclonal | A11501 | |
| SCD抗体 | Proteintech | 28678-1-AP | |
| PPARG抗体 | Proteintech | 16643-1-AP | |
| H3抗体 | Huabio | EM30605 | |
| ERK1/2抗体 | ABclonal | A4782 | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | ABclonal | AP0974 | |
| P38抗体 | Huabio | ET1702-65 | |
| 磷酸化p38抗体 | Huabio | HA722669 | |
| JNK1/2/3抗体 | Huabio | ET1601-28 | |
| 磷酸化JNK1/2/3抗体 | Huabio | ET1609-42 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 |
| ExactBlot二抗 | Zenbio | #550124 | |
| 染色质免疫沉淀 | 染色质免疫沉淀试剂盒 | BIOLOGY | BOLG2309 |
| 抗PPARG抗体 | Proteintech | 16643-1-AP | |
| 对照IgG | Proteintech | 30000-0-AP | |
| ALDH活性测定 | ALDH活性测定试剂盒 | Abbkine | KTB3032 |
| 脂肪酸氧化测定 | 脂肪酸氧化活性测定试剂盒 | Elabscience | E-BC-K784-M |
| 细胞培养耗材 | 低附着培养板 | Corning | -- |
| 细胞培养 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK8试剂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和处理 | 细胞系来源和培养条件:L02、MHCC-97L、MHCC-97H、MHCC-LM3来自中国科学院细胞库;HLE和HLF来自JCRB;SNU-398、HepG2、Huh7、PLC/PRF/5、HEK-293T、Hepa1-6来自ATCC。DMEM+10%FBS,37°C,5%CO2。 阅读提示:Methods 2.3 Cell lines and cell culture |
| 药物处理 | ERK1/2抑制剂SCH772984和蛋白酶体抑制剂MG132的处理浓度和时长:文中未明确说明具体浓度,但处理时间为24小时。索拉非尼浓度梯度(0-20 µM)和处理时间(24小时)用于耐药实验。 阅读提示:Methods 2.3 Cell lines and cell culture; Methods 2.9 CCK8 proliferation and sorafenib resistance assay |
| 体外功能实验 | 球体形成实验:2000细胞/孔,24孔低附着板,培养10-14天,补充培养基条件。集落形成实验:2500细胞/孔,6孔板,10-14天。所有体外实验至少3个生物学重复。 阅读提示:Methods 2.8 Sphere formation assay; Methods 2.10 Long-term colony formation assay; Methods 2.16 Statistical methods |
| 体内致瘤实验 | BALB/c裸鼠周龄(4周),性别(雄性),细胞接种浓度(5×10^5、5×10^4、5×10^3),每组小鼠数量(n=4),接种部位(右后肢背部皮下),肿瘤体积测量频率(每72小时),实验周期(约30天)。 阅读提示:Methods 2.11 In vivo limiting dilution tumourigenicity assay |
| 机制研究 | Co-IP实验使用NP-40裂解液和Protein A/G磁珠;ChIP实验使用商业试剂盒,PPARG抗体和对照IgG;SCD启动子引物序列已提供。 阅读提示:Methods 2.14 Co-immunoprecipitation (Co-IP) assay; Methods 2.15 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) |