验证ATP7B−/−小鼠肝损伤和铜死亡
确认铜超载诱导肝损伤并激活铜死亡通路
对20周龄ATP7B−/−和WT小鼠进行组织学(H&E、Masson染色)和血清生化检测(ALT、AST、LDH),并通过qPCR和Western blot检测铜死亡标志物(FDX1、DLST、DLAT、LIAS)表达。
Uncovering the Critical Role of Cuproptosis in Wilson Disease: Insights Into Potential Therapeutic Targets.
包含体内动物模型(ATP7B−/−小鼠)、体外细胞模型(ATP7B−/− HepG2)、功能验证(铜死亡激活/抑制剂、siRNA敲低)和转录组分析等多层级验证。
ATP7B−/−小鼠(WD模型) ATP7B−/− HepG2细胞 WD患者血清
ATP7B−/−小鼠和C57BL/6野生型小鼠,每组4只,20周龄 HepG2细胞使用CRISPR-U介导的ATP7B敲除模型 CuSO4处理浓度范围0-1000 μM,关键实验使用600 μM 铜死亡激活剂Elesclomol和抑制剂四硫代钼酸铵处理 siRNA靶向GPC1、GLS、LOX和APP的敲低实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认铜超载诱导肝损伤并激活铜死亡通路
对20周龄ATP7B−/−和WT小鼠进行组织学(H&E、Masson染色)和血清生化检测(ALT、AST、LDH),并通过qPCR和Western blot检测铜死亡标志物(FDX1、DLST、DLAT、LIAS)表达。
在ATP7B−/− HepG2细胞中确认铜超载诱导铜死亡和细胞损伤
用不同浓度CuSO4处理ATP7B−/− HepG2细胞,检测细胞活力(CCK-8)、LDH释放、铜死亡标志物mRNA和蛋白表达。
通过激活和抑制铜死亡通路,确认铜死亡介导铜诱导的细胞损伤
ATP7B−/− HepG2细胞用600 μM CuSO4处理,并分别加入铜死亡激活剂Elesclomol或抑制剂四硫代钼酸铵,检测细胞活力、LDH释放及铜死亡标志物表达。
鉴定WD中差异表达的铜死亡相关基因并分析其功能
对ATP7B−/−和WT小鼠肝组织进行RNA-seq,筛选差异表达基因(DEGs),与已知61个CRGs取交集获得14个DE-CRGs,并做GO/KEGG富集分析。
整合PPI网络和机器学习方法筛选核心基因
使用STRING数据库构建14个DE-CRGs的PPI网络,结合LASSO和SVM-RFE算法筛选出6个关键基因(Lox、Afp、Alb、Gpc1、Gls、App)。
验证关键基因在WD模型中的表达及其对铜死亡的功能影响
qPCR检测ATP7B−/−小鼠和WT小鼠肝组织中Lox、Gpc1、Gls、App的表达;在ATP7B−/− HepG2细胞中siRNA敲低GPC1、GLS、LOX、APP后用600 μM CuSO4处理,检测铜死亡标志物mRNA水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Biochrom AG | -- |
| 胎牛血清 | Biochrom AG | -- | |
| L-谷氨酰胺 | PAA Laboratories GmbH | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| LDH检测 | 乳酸脱氢酶细胞毒性比色检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 血清生化检测 | 富士胶片Dri-Chem玻片 | Fujifilm | -- |
| 富士Dri-Chem 4000i自动临床化学分析仪 | Fujifilm | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | AMV逆转录酶系统 | TaKaRa | -- |
| qPCR | SYBR Green反应混合物 | TaKaRa | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Solarbio | -- | |
| 磷酸酶抑制剂 | 北京奥庆生物技术有限公司 | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| LIAS兔多克隆抗体 | Immunoway | YT8133 | |
| DLAT兔多克隆抗体 | Thermo Scientific | PA5-120279 | |
| DLST兔多克隆抗体 | Abcam | ab187699 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Immunoway | -- | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG (H+L) | Jackson | -- | |
| 鲁米诺ECL试剂 | Millipore | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | -- |
| 铜处理 | 硫酸铜 | -- | -- |
| 铜死亡激活 | 艾司洛莫 | -- | -- |
| 铜死亡抑制 | 四硫代钼酸铵 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| WD小鼠模型建立 | ATP7B−/−小鼠遗传背景、年龄、性别、对照组匹配 阅读提示:Materials and Methods 2.1节 |
| 细胞培养 | ATP7B−/− HepG2细胞的构建方法(CRISPR-U)、培养基成分、培养条件(CO2浓度、温度) 阅读提示:Materials and Methods 2.5节 |
| 铜处理 | CuSO4浓度梯度、处理时间 阅读提示:Materials and Methods 2.5节、2.6节和Figure 3、4图注 |
| 铜死亡激活/抑制处理 | Elesclomol和四硫代钼酸铵的浓度、处理时间、与CuSO4共处理方案 阅读提示:Materials and Methods 2.5节、2.6节和Figure 4图注 |
| siRNA敲低实验 | siRNA序列(Table S3)、转染试剂和转染时间、铜处理浓度和时间 阅读提示:Materials and Methods 2.12节和Table S3 |