转录组分析揭示了西番莲(Passiflora edulis Sims)花柱弯曲运动的潜在分子机制

Transcriptome analysis revealed the potential molecular mechanism of style bending movement in passion fruit (Passiflora Edulis Sims).

作者信息Ling Gao, Jie Wang, Li Xu, Yanan Zhao, Siying Wu, Mei Chen, Dongshan Ying, Linhua Wu, Fusun Yang, Guodao Liu
PMID41163135
发布时间2025-10-29
DOI10.1186/s12870-025-07431-8

实验完整度

包含转录组分析、生理检测(木质素、激素、抗氧化)和表型观察,但缺乏功能验证和体内机制验证。

主要模型

紫色西番莲品种‘台农1号’花柱 花柱不同发育阶段(T1、T2、T5)样本

重点核对

花柱样本采集时间点:T1(开花时)、T2(30分钟)、T5(120分钟) 转录组分析阈值:|log2FC| ≥ 1 且 FDR < 0.05 木质素含量测定方法:UV分光光度法,波长280 nm 内源ABA和JA含量测定:液相色谱-串联质谱法 qRT-PCR内参基因:ef1

摘要

西番莲由于雌雄异熟(approach herkogamy),自然坐果困难和产量低。了解西番莲花柱弯曲的分子机制对于提高授粉效率至关重要,因为它通过优化柱头与花药的对位,克服异熟并提高果实产量。在本研究中,我们以紫色西番莲品种‘台农1号’为实验材料。我们观察到其花柱在开花后弯曲成“S”形。随着发育的进行,这种S形弯曲程度逐渐减弱。同时,花柱在此过程中还表现出自上而下的空间弯曲。为了鉴定花柱弯曲过程中特异性诱导的基因,对花柱在T1(开花期)、T2(开花后30分钟)和T5(开花后120分钟)阶段进行了转录组分析。在T1至T2阶段特异性表达的226个DEGs主要富集于“内质网中的蛋白质加工”通路,涉及热激蛋白和DnaJ家族蛋白,表明热应激反应参与了花柱早期运动调控。富集的18个DEGs均为热激蛋白家族蛋白和DnaJ家族蛋白,这可能是由于花柱对环境热刺激的应激反应。同时,在T2至T5阶段特异性表达的1,080个DEGs主要富集于“苯丙烷生物合成”通路,并参与木质素生物合成通路。生理检测证实,随着花柱S形弯曲减弱,木质素显著积累,从T1到T2增加60%,从T2到T5增加43%,这与转录组数据的趋势一致。此外,还观察到激素代谢相关基因(脱落酸、油菜素甾醇、茉莉酸和赤霉素通路)的差异表达。内源激素定量进一步证实了激素对花柱弯曲的调控,揭示出不同的积累模式:ABA呈现双相趋势,初始增加30%(T1至T2),随后上升9%(T2至T5),而茉莉酸则表现出更急剧的上升,从30%(T1至T2)升至22%(T2至T5)。总之,我们的结果表明,木质素积累增强了花柱的机械强度并减少了其固有的S形弯曲。热刺激和激素合成代谢也可能在花柱弯曲过程中发挥作用,但需要进一步研究以确定该反应调控的具体机制。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
西番莲花柱弯曲运动的潜在分子机制是什么?
核心机制
木质素积累增强花柱机械强度,减弱其固有的S形弯曲;热刺激和激素(ABA、JA、GA、BR)合成代谢可能参与调控。
主要证据
转录组分析鉴定出T2 vs T1阶段富集热激蛋白基因,T5 vs T2阶段富集木质素生物合成基因;生理检测证实木质素含量增加60%(T1-T2)和43%(T2-T5),ABA和JA呈双相积累。
研究意义
为优化西番莲花部结构、提高授粉效率和果实产量提供了分子框架和潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

花柱弯曲表型观察

观察花柱弯曲的动态过程

对‘台农1号’花柱在T1-T5阶段进行动态观察,测量柱头与花药距离,并通过石蜡切片观察花柱内部结构。

2

转录组测序分析

鉴定花柱弯曲过程中差异表达的基因

提取花柱RNA进行转录组测序,分析T1、T2、T5阶段的基因表达变化,并进行KEGG通路富集。

3

木质素含量测定

验证木质素在花柱弯曲过程中的积累

使用UV分光光度法检测T1、T2、T5阶段花柱中木质素含量。

4

内源激素含量测定

验证激素(ABA和JA)在花柱弯曲过程中的积累

使用液相色谱-串联质谱法测定T1、T2、T5阶段花柱中ABA和JA含量。

5

抗氧化能力检测

验证花柱弯曲过程中抗氧化能力的变化

通过NBT和DAB染色及总抗氧化能力测定,检测T1、T2、T5阶段花柱的活性氧水平和抗氧化能力。

6

qRT-PCR验证

验证转录组数据中DEGs的表达趋势

选择17个DEGs进行qRT-PCR检测,比较其表达水平与RNA-seq结果的一致性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
SZN71体视显微镜Shunyu Instrument Co., Ltd.--
全景MIDI切片数字扫描仪3DHISTECH Ltd--
RNA提取试剂盒Mei5bio--
NanoDrop-2000超微量分光光度计Thermo Scientific--
Illumina NovaSeq 6000测序平台Illumina--
细胞壁物质提取试剂盒Solarbio Science & Technology Co., Ltd--
木质素含量检测试剂盒Solarbio Science & Technology Co., Ltd--
BCA蛋白浓度测定试剂盒Elabscience Biotechnology Co., Ltd.--
总抗氧化能力比色检测试剂盒Elabscience Biotechnology Co., Ltd.--
Hifair AdvanceFast第一链cDNA合成试剂盒Yeasen Biotechnology (Shanghai) Co., Ltd--
Hieff qPCR SYBR Green预混液Beijing Zomanbio Biotechnology Co., Ltd--
ABI Life Q1 Plus实时荧光定量PCR仪Applied Biosystems--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
表型观察
品种为‘台农1号’;时间点T1-T5;柱头与花药距离测量;石蜡切片观察S形弯曲程度。
阅读提示:见Methods 2.1和图2
转录组测序
样本采集时间点(T1、T2、T5);每个时间点3个生物学重复,每个重复混合30朵花;测序平台和读长;差异表达阈值。
阅读提示:见Methods 2.3和2.4
木质素含量测定
样品制备(细胞壁提取、过筛、称重5mg);乙酰化处理;UV分光光度计波长280 nm。
阅读提示:见Methods 2.6
激素含量测定
使用液相色谱-串联质谱法测定ABA和JA;具体色谱条件和质谱参数未提供。
阅读提示:见Methods 2.9
qRT-PCR验证
内参基因ef1;每个样本3次重复;所选DEGs的引物序列(见表S7)。
阅读提示:见Methods 2.10和表S7