重组表达ClyA-AR23融合蛋白
在大肠杆菌中表达ClyA-AR23嵌合蛋白,并确认其存在于细胞和OMVs中。
将ClyA与AR-23编码序列克隆至pET22b(+)载体,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导表达。
Outer membrane vesicles from Escherichia coli as a presentation platform for AR-23 antiviral peptide.
研究包含重组蛋白表达、质谱鉴定、表面暴露验证、细胞毒性检测及抗病毒功能验证,但缺乏动物模型或体内验证。
大肠杆菌BL21(DE3)菌株 VERO-76细胞系 HSV-1、HSV-2、SARS-CoV-2及PV-1病毒株
ClyA-AR23融合蛋白的重组表达和OMVs表面暴露 OMVs对VERO-76细胞的细胞毒性 OMVs对HSV-1和HSV-2的剂量依赖性抑制活性 OMVs对SARS-CoV-2和PV-1的抑制效果
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在大肠杆菌中表达ClyA-AR23嵌合蛋白,并确认其存在于细胞和OMVs中。
将ClyA与AR-23编码序列克隆至pET22b(+)载体,转化大肠杆菌BL21(DE3),经IPTG诱导表达。
从培养上清中分离OMVs,并检测其大小、浓度及蛋白组成。
通过超滤和超速离心纯化OMVs,并用NTA分析粒径和浓度,SDS-PAGE和蛋白质组学分析蛋白组成。
确认ClyA-AR23蛋白在细胞和OMVs中的存在及表面暴露。
使用LC-MS/MS鉴定AR-23特异肽段,并使用ClyA-his蛋白进行Western blot、免疫荧光和蛋白酶K处理实验。
评估OMVs对VERO-76细胞的毒性。
MTT法检测不同浓度OMVs处理细胞24小时后的存活率。
评估ClyA-AR23 OMVs对HSV-1、HSV-2、SARS-CoV-2及PV-1的抗病毒活性。
采用病毒预处理实验,蚀斑减少法计算抑制率,qPCR检测HSV-1 UL54基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌培养 | Luria-Bertani培养基 | -- | -- |
| 重组表达 | 异丙基β-D-1-硫代半乳糖苷 | Thermo-Fisher Scientific | -- |
| 质粒构建 | pET22b(+)载体 | Sigma-Merck | -- |
| T4 DNA连接酶 | New England Biolabs | -- | |
| QIAprep质粒小提试剂盒 | Qiagen | -- | |
| OMVs分离 | Amicon超滤装置 | -- | -- |
| OMVs表征 | NanoSight NS300 | Malvern Instruments | -- |
| 蛋白质组学 | 胰蛋白酶/Lys-C混合物 | Promega | -- |
| Orbitrap Q-Exactive质谱仪 | Thermo-Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 抗His标签多克隆抗体 | Elabscience | -- |
| 抗OmpA单克隆抗体 | Antibody Research Corporation | -- | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Elabscience | -- | |
| Excellent化学发光底物 | Elabscience | -- | |
| 免疫荧光 | AlexaFluor 488标记的山羊抗兔IgG | -- | -- |
| TCS SP5共聚焦显微镜 | Leica MicroSystems | -- | |
| 细胞毒性实验 | MTT | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific | -- |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 分子生物学 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher | -- |
| SensiFAST cDNA合成试剂盒 | Meridian Bioscience | -- | |
| BrightGreen 2X qPCR预混液 | abm | -- | |
| qPCR | UNO96热循环仪 | VWR International | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9.0软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 重组蛋白表达 | IPTG诱导浓度、温度、时间以及菌株类型。 阅读提示:参见Materials and Methods中的'ClyAhis and ClyA-AR23 recombinant expression'部分。 |
| OMVs分离 | 超滤膜截留分子量、超速离心力、时间及温度。 阅读提示:参见Materials and Methods中的'OMVs isolation and purification'部分。 |
| 细胞毒性评估 | 细胞系(VERO-76)、处理浓度范围、处理时间、阳性及阴性对照。 阅读提示:参见Materials and Methods中的'Cytotoxicity of Escherichia coli OMVs'部分。 |
| 抗病毒活性检测 | 病毒株种类(HSV-1、HSV-2、SARS-CoV-2、PV-1)、OMVs浓度、预处理时间、MOI、感染时间、孵育时间。 阅读提示:参见Materials and Methods中的'Escherichia coli OMVs antiviral activity'部分。 |
| qPCR | 靶基因(UL54)、引物序列、内参基因(GAPDH)、退火温度、循环数。 阅读提示:参见Materials and Methods中的'qPCR of HSV-1 gene viral transcript UL54'部分。 |