单细胞转录组分析
探究AS过程中VSMCs的GH信号通路活性变化
从GEO下载小鼠主动脉scRNA-seq数据,通过Seurat分析细胞类型,评估GH信号通路在VSMCs中的活性。
Growth Hormone Alleviates Atherosclerosis Through Regulating the Activity of PI3K/AKT Pathway: Insights From Single-Cell Sequence and Mechanism Exploration.
包含scRNA-seq分析、垂体切除小鼠模型(C57BL/6和ApoE−/−)体内实验、VSMCs体外实验、LC-MS代谢组学、RNA-seq及Western blot验证,并采用LY294002进行机制验证。
C57BL/6小鼠(垂体切除+高脂饮食) ApoE−/−小鼠(垂体切除+高脂饮食) 小鼠血管平滑肌细胞(ATCC来源)
scRNA-seq数据中GH通路在AS组VSMCs中下调 C57-Hx小鼠血清TC、TG、LDL-C升高,HDL-C和IGF-1降低 GH治疗(1、2、3 mg/kg/day,腹腔注射,12周)剂量依赖性改善ApoE−/−-Hx小鼠AS 体外ox-LDL(100 μg/mL, 48 h)诱导VSMCs损伤,GH(100 μg/mL)保护,LY294002(10 μM)逆转 PI3K/AKT通路磷酸化水平变化通过Western blot验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究AS过程中VSMCs的GH信号通路活性变化
从GEO下载小鼠主动脉scRNA-seq数据,通过Seurat分析细胞类型,评估GH信号通路在VSMCs中的活性。
验证GH缺乏对AS的影响及GH治疗的效果
对C57BL/6和ApoE−/−小鼠进行垂体切除术(Hx),随后给予HFD诱导AS,并给予不同剂量GH治疗。通过血脂检测、主动脉油红O染色、组织学染色评估AS病变。
评估GH缺乏和治疗对血管炎症和氧化应激的影响
通过CD68免疫荧光、TNF-α免疫组化、ELISA检测血清炎症因子,DHE染色和N-酪氨酸免疫组化检测氧化应激。
探究GH对血清代谢物和代谢通路的影响
通过LC-MS分析不同组小鼠血清代谢物,鉴定差异代谢物和相关代谢通路。
揭示GH缺乏引起的主动脉基因表达差异和关键通路
对C57-sham和C57-Hx小鼠主动脉进行RNA-seq,分析差异表达基因和KEGG通路富集。
验证GH对ox-LDL诱导的VSMCs损伤的保护作用及机制
用ox-LDL处理VSMCs,同时给予GH和/或LY294002,检测泡沫细胞形成、凋亡、ROS和PI3K/AKT通路蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 生长激素 | Changchun GeneScience Pharmaceutical Co., Ltd. | S20050024 |
| 高脂饮食 | Shuyu Biotechnology Co., Ltd. | SY19004 | |
| 组织学分析 | 油红O溶液 | Servicebio | G1050 |
| 油红O染色试剂盒 | Servicebio | G1015 | |
| 天狼星红 | Servicebio | G1078 | |
| CD68抗体 | Abcam | ab53444 | |
| DAPI | Sigma | MBD0015 | |
| 免疫组化 | 硝基酪氨酸抗体 | Millipore | sc-71007 |
| TNF-α抗体 | Abcam | ab300093 | |
| 氧化应激检测 | 二氢乙啶 | Invitrogen | D-23107 |
| 组织切片 | OCT包埋剂 | Leica | 3801480 |
| 凋亡检测 | TUNEL染色试剂盒 | Roche | 11684817910 |
| 代谢组学 | 超高效液相色谱系统 | Shimadzu | LC-30A |
| TripleTOF 6600+质谱仪 | SCIEX | 6600+ | |
| 生化分析 | 全自动生化分析仪 | Hitachi | Model 7100 |
| 总胆固醇检测试剂盒 | MedicalSystem | H202 | |
| 高密度脂蛋白检测试剂盒 | MedicalSystem | H203T | |
| 低密度脂蛋白检测试剂盒 | MedicalSystem | H207 | |
| 甘油三酯检测试剂盒 | MedicalSystem | H201 | |
| IGF-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3006 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 12430054 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Sigma | 10378016 | |
| 细胞处理 | 氧化低密度脂蛋白 | Biomedical Technologies Inc. | BT-590 |
| LY294002 | MedChemExpress | HY10108 | |
| 凋亡检测 | 凋亡检测试剂盒 | Fcmacs | FMSAV647 |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 脂质染色 | Bodipy | Thermo Fisher | D3922 |
| 尼罗红 | Aladdin | N121291 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNA-seq数据分析 | 数据来源GSE239591;细胞质量过滤标准(基因数200-6000,线粒体基因<20%,血红蛋白<3%);Harmony校正;GH通路活性评估基因(Gh, Ghr, Igf1, Jak2, Stat5a, Stat5b) 阅读提示:Methods 2.1节 |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6和ApoE−/−);年龄(8周龄);性别(雄性);垂体切除方式(经咽旁);HFD持续时间(C57: 10个月,ApoE−/−: 12周);GH剂量(1,2,3 mg/kg/day)和给药方式(腹腔注射) 阅读提示:Methods 2.2节 |
| 血脂检测 | 采血方法(心脏穿刺);离心条件(1300×g, 10min, 4°C);检测指标(TC, TG, HDL, LDL);试剂盒品牌和货号 阅读提示:Methods 2.4节 |
| 组织学染色 | 切片厚度(5μm);ORO、HE、PSR染色;CD68和TNF-α抗体稀释度;图像分析软件(Image-Pro Plus 6.0) 阅读提示:Methods 2.5, 2.6节 |
| 氧化应激检测 | DHE浓度(5μM);孵育条件(37°C, 30min, 避光);N-酪氨酸抗体货号(sc-71007) 阅读提示:Methods 2.7节 |
| TUNEL检测 | 试剂盒货号(11684817910);固定(4% PFA过夜);切片厚度(5μm) 阅读提示:Methods 2.8节 |
| 代谢组学 | LC-MS条件(UPLC LC-30A, TripleTOF 6600+);QC样本CV<0.3;代谢物筛选评分≥0.5 阅读提示:Methods 2.9节 |
| 细胞实验 | VSMCs来源(ATCC);培养条件(DMEM+10% FBS+1% P/S);处理浓度和时间(ox-LDL 100μg/mL, 48h; GH 100μg/mL, 48h; LY294002 10μM, 48h) 阅读提示:Methods 2.10节 |
| 流式细胞术 | 凋亡检测试剂盒(FMSAV647);ROS检测试剂盒(S0033S);仪器(FACSCalibur) 阅读提示:Methods 2.11节 |
| Western blot | 抗体:p-PI3K, p-AKT, IL-18, IL-1β, cleaved caspase-1;蛋白提取和定量方法 阅读提示:Results 3.7, 3.8节,图7和图8图注 |