体外抗肿瘤活性评价
评估BBR对结直肠癌细胞恶性表型的影响
使用HCT116和CT26细胞,通过CCK-8、Calcein AM、克隆形成和Transwell实验检测BBR对增殖、活力和侵袭的影响。
Berberine suppresses colorectal cancer progression by inducing ferroptosis-mediated energy metabolism disorders.
包含体外细胞实验(增殖、侵袭、铁死亡表型)、体内荷瘤模型、转录组测序、靶点验证(SPR、CETSA)及机制验证(siRNA)等多层级证据。
人结直肠癌细胞系HCT116 小鼠结直肠癌细胞系CT26 CT26细胞皮下移植瘤模型(Balb/c小鼠)
BBR处理浓度梯度(体外10, 20, 40 μM;体内80 mg/kg) BBR-Gli1结合亲和力(KD=0.652 μM)及热稳定性变化(ΔT=2.3 °C) 铁死亡抑制剂Fer-1(体内10 mg/kg)对BBR效应的逆转作用 Gli1 siRNA敲低对STAT3-FNR轴及糖酵解相关酶的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估BBR对结直肠癌细胞恶性表型的影响
使用HCT116和CT26细胞,通过CCK-8、Calcein AM、克隆形成和Transwell实验检测BBR对增殖、活力和侵袭的影响。
验证BBR是否诱导结直肠癌细胞发生铁死亡
通过透射电镜观察线粒体形态,检测丙二醛、谷胱甘肽、Fe2+、4-羟基壬烯醛、脂质水平,并使用铁死亡抑制剂Fer-1和激动剂Erastin进行验证。
评估BBR对线粒体能量代谢的影响及与铁死亡的关系
使用JC-1探针检测线粒体膜电位,Seahorse XF分析耗氧率,检测ATP水平、ATPase、Na+/K+-ATPase、Ca2+/Mg2+-ATPase活性。
识别并验证BBR的直接作用靶点
利用图卷积网络预测BBR的潜在靶点,通过分子对接、表面等离子体共振(SPR)和细胞热位移分析(CETSA)验证BBR与Gli1的直接结合。
验证BBR通过Gli1/STAT3-FNR轴调控铁死亡
通过RNA-seq分析基因表达变化,Western blot和RT-qPCR检测Gli1、STAT3、GPX4、SLC7A11、FTH1表达,并使用siRNA敲低Gli1验证其对STAT3-FNR轴的调控作用。
验证BBR在体内的抗肿瘤效果及安全性
构建CT26细胞皮下移植瘤模型,给予BBR、Fer-1和5-Fu治疗,测量肿瘤体积和重量,通过HE染色、免疫组化、免疫荧光等分析肿瘤组织病理和分子标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞活性检测 | CCK-8检测试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| Calcein AM细胞活性试剂盒 | Beyotime | C2012 | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1荧光探针 | Beyotime | C2003S |
| 活性氧检测 | DCFH-DA试剂盒 | Beyotime | S0035S |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | D7378 |
| 铁死亡诱导 | Erastin | Beyotime | SC0224 |
| SOD活性检测 | 超氧化物歧化酶试剂盒 | Beyotime | S0101S |
| RNA提取 | RNA快速提取试剂盒 | Beyotime | R0077S |
| qRT-PCR | qRT-PCR试剂盒 | Beyotime | D7268M |
| 铁死亡生化检测 | 丙二醛试剂盒 | Dojindo | M496 |
| 铁离子检测 | FerroOrange探针 | Dojindo | F374 |
| 谷胱甘肽检测 | 谷胱甘肽试剂盒 | Dojindo | G263 |
| 铁死亡抑制 | Ferrostatin-1 | Dojindo | 17729 |
| ATPase活性检测 | ATPase活性试剂盒 | Elabscience | E-BC-K831-M |
| Na+/K+-ATPase检测 | Na+/K+-ATPase试剂盒 | Elabscience | E-BC-K539-M |
| Ca2+/Mg2+-ATPase检测 | Ca2+/Mg2+-ATPase试剂盒 | Elabscience | E-BC-K212-S |
| 耗氧率检测 | XF细胞线粒体压力试剂盒 | Seahorse Bioscience | 103016-100 |
| 脂质染色 | 尼罗红染色试剂盒 | Servicebio | GDP1017 |
| Western blot | 抗Gli1抗体 | Affinity Biosciences | DF7523 |
| 抗STAT3抗体 | Affinity Biosciences | AF3293 | |
| 抗GPX4抗体 | Affinity Biosciences | DF6701 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Affinity Biosciences | DF12509 | |
| 抗FTH1抗体 | Affinity Biosciences | DF6278 | |
| 抗4-羟基壬烯醛抗体 | Abcam | ab46545 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | mAbcam | |
| 细胞处理 | 小檗碱 | Must Co., Ltd | MUST-24071018 |
| 5-氟尿嘧啶 | Sigma | WXBC6532V | |
| 耗氧率检测 | Seahorse XF24分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 高内涵成像 | Leica DMi8倒置荧光显微镜 | Leica | -- |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| 荧光成像 | 正置荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 发光检测 | 发光检测系统 | PerkinElmer | -- |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| Hieff NGS Ultima双模式mRNA文库制备试剂盒 | Yeasen Biotechnology | -- | |
| 分子对接 | Discovery Studio 4.5 | BIOVIA | -- |
| 表面等离子体共振 | Biacore系统 | Cytiva | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(HCT116、CT26)来源及代数,培养基(DMEM+10%FBS+双抗),培养条件(37°C,5% CO2)。 阅读提示:Materials and methods: CRC patient tissues, cell lines and animals |
| 体外药物处理 | BBR浓度(2.5-80 μM),处理时间(24-72 h),溶剂对照(0.4% DMSO)。 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay; Results: BBR represses malignant phenotype of CRC cells |
| 铁死亡验证 | Fer-1(2 μM)和Erastin(2 μM)的浓度,处理时间(48 h),检测指标包括MDA、GSH、Fe2+、4-HNE、脂质水平。 阅读提示:Materials and methods: Malondialdehyde, Fe2+, glutathione and 4-hydroxynonenal levels detection; Results: BBR induces morphological phenotype and biochemical feature of ferroptosis |
| 线粒体功能检测 | JC-1染色步骤(浓度、时间),OCR检测细胞数(8×10^3/孔),线粒体应激剂浓度(oligomycin 1 μM,FCCP 0.5 μM,rotenone/antimycin A 0.5 μM)。 阅读提示:Materials and methods: Mitochondrial membrane potential detection; Oxygen consumption rate assay |
| 靶点验证 | SPR固定化水平(15000 RU),BBR分析物浓度系列;CETSA温度梯度(37-61°C),BBR浓度(500 μM)。 阅读提示:Materials and methods: Surface plasmon resonance analysis; Cellular thermal shift assay |
| 机制实验 | siGli1序列(5'-AAACGCUAUACAGAUCCUA-3'),转染试剂及孵育时间(18 h后换液,24-48 h)。 阅读提示:Materials and methods: Small interfering RNA (siRNA) and plasmid transfection |
| 体内实验 | 动物品系、周龄、体重;CT26细胞接种数量(1×10^7);分组及给药剂量、途径(BBR 80 mg/kg口服,Fer-1 10 mg/kg腹腔,5-Fu 20 mg/kg腹腔),治疗周期21天。 阅读提示:Materials and methods: Anti-CRC efficacy in vivo |