转录组分析巨噬细胞基因表达特征
比较RCC患者与健康供体血液单核细胞,以及RCC中巨噬细胞与非免疫细胞的基因表达差异,识别关键通路。
利用公共数据库GSE84697等,分析血液单核细胞和肿瘤巨噬细胞的转录组,鉴定差异表达基因和富集通路,发现PI3K/Akt通路相关基因变化。
Sirp-α Antibody Inhibits Renal Cell Carcinoma Progression via Akt1/Akt2 Modulation in Tumor-Associated Macrophages.
包含转录组分析、体外共培养、功能实验(迁移/侵袭)、Western blot、流式、体内异种移植及转移模型等多层级验证。
人肾细胞癌细胞系ACHN THP-1来源巨噬细胞 小鼠肾细胞癌细胞系Renca NSG小鼠转移模型 BALB/c小鼠皮下移植瘤模型
Sirp-α mAb处理浓度10 μg/mL M2极化诱导条件:PMA 80 nM处理72小时,LPS 50 ng/mL和IL-4 20 ng/mL刺激 PI3K过表达通过Lenti-PI3K转导 体内实验中Sirp-α mAb剂量为2.5 mg/kg/day腹腔注射 共培养体系中ACHN细胞与巨噬细胞按不同条件处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较RCC患者与健康供体血液单核细胞,以及RCC中巨噬细胞与非免疫细胞的基因表达差异,识别关键通路。
利用公共数据库GSE84697等,分析血液单核细胞和肿瘤巨噬细胞的转录组,鉴定差异表达基因和富集通路,发现PI3K/Akt通路相关基因变化。
建立M2巨噬细胞模型,模拟RCC微环境诱导的M2极化。
通过PMA诱导THP-1细胞分化为巨噬细胞,用LPS和IL-4刺激获得M2极化,并分组包括PI3K过表达和Sirp-α处理。
验证Sirp-α mAb是否能抑制M2极化并促进M1极化。
通过流式细胞术检测CD206和CD86的表达,Western blot检测M2标志物(CD163, Arg-1, IL-10)和PI3K/Akt通路蛋白,qRT-PCR和ELISA检测M1细胞因子。
评估Sirp-α mAb处理的巨噬细胞对肿瘤细胞的杀伤能力。
将M2巨噬细胞与ACHN细胞共培养,使用Caspase-3/7检测凋亡细胞,计算存活率。
验证Sirp-α mAb是否能抑制RCC细胞迁移和侵袭。
使用伤口愈合实验和transwell实验检测ACHN细胞的迁移和侵袭能力,并通过Western blot检测EMT相关蛋白表达。
在动物模型中评估Sirp-α mAb对肿瘤生长和转移的影响。
使用BALB/c皮下移植Renca细胞模型评估Sirp-α mAb对肿瘤生长的影响,使用NSG尾静脉注射模型评估对转移的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Biological Industries | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 巨噬细胞极化 | 佛波酯 | -- | -- |
| 脂多糖 | Med Chem Express | HY-D1056 | |
| 白细胞介素-4 | Med Chem Express | HY-108688 | |
| 药物处理 | Sirp-α单克隆抗体 | Biotech Co., Ltd. | -- |
| 基因敲低 | CD47小干扰RNA | -- | -- |
| 基因过表达 | 慢病毒PI3K | -- | -- |
| 免疫荧光 | 抗Akt1抗体 | Abcam | ab81283 |
| 抗Akt2抗体 | Abcam | ab175354 | |
| 抗Ki-67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab254579 | |
| 抗CD206抗体 | CST | 24595 | |
| Western blot | 抗PI3K抗体 | CST | 4292 |
| 抗磷酸化PI3K抗体 | CST | 17366 | |
| 抗Akt1抗体 | Abcam | ab314110 | |
| 抗Akt2抗体 | Abcam | ab131168 | |
| 抗E-cadherin抗体 | Abcam | ab76055 | |
| 抗N-cadherin抗体 | Abcam | ab76011 | |
| 抗Vimentin抗体 | Abcam | ab20346 | |
| 抗IL-10抗体 | Abcam | ab215975 | |
| 抗Arg1抗体 | Abcam | ab133543 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| ELISA | 人IL-4 ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-H0101c |
| 人IL-10 ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-M0046c | |
| 人TGF-β ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-0162c | |
| 人IL-1 ELISA试剂盒 | ElabScience | E-MSEL-M0003 | |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-H6156 | |
| 人IL-12 ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-H0150c | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-H0109c | |
| 流式细胞术 | 抗CD86抗体 | BD Biosciences | 555660 |
| 抗CD206抗体 | eBioscience | PE-CD206 | |
| 细胞凋亡检测 | Caspase-3/7绿色检测试剂 | Invitrogen | -- |
| Transwell实验 | 24孔板 | Corning | CLS33778 |
| Transwell小室 | -- | -- | |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| 伤口愈合实验 | 尼康倒置研究显微镜Eclipse Ti | Nikon | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | RR820A |
| cDNA合成 | TaKaRa逆转录试剂盒 | Takara | RR047A |
| RT-qPCR | 7900HT实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| SYBR Premix EX Taq | Takara | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白定量 | BCA试剂 | Beyotime | ST2222-25 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 流式细胞术 | BD FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 流式细胞术分析 | FlowJo软件 | BD Biosciences | -- |
| 体内成像 | Xenogen IVIS 200 Lumina成像系统 | Perkin Elmer | -- |
| D-荧光素 | -- | -- | |
| 生物信息学分析 | Trim Galore | -- | -- |
| FastQC | -- | -- | |
| MultiQC | -- | -- | |
| Subjunc | -- | -- | |
| featureCounts | -- | -- | |
| DESeq2 | -- | -- | |
| fgsea | -- | -- | |
| clusterProfiler | -- | -- | |
| 统计分析 | IBM SPSS软件23.0版 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与巨噬细胞极化 | THP-1细胞用80 nM PMA处理72小时分化为巨噬细胞;M2极化使用LPS 50 ng/mL和IL-4 20 ng/mL刺激24小时;Sirp-α mAb浓度10 μg/mL 阅读提示:Materials and Methods: Cell Culture |
| 体外共培养模型 | ACHN细胞条件培养基处理巨噬细胞24小时;共培养条件培养基来源于不同处理的巨噬细胞 阅读提示:Materials and Methods: Co-Culture System |
| 流式细胞术分析 | 抗体CD86 (BD Biosciences, 555660)和CD206 (eBioscience, PE-CD206);细胞染色在1× Binding Buffer中30分钟 阅读提示:Materials and Methods: Flow Cytometry |
| Western blot | 抗体浓度1:1000;蛋白上样量未明确说明;内参β-actin 阅读提示:Materials and Methods: Extraction of Total Protein and Immunoblotting Analysis |
| 体内实验 | BALB/c小鼠皮下注射Renca细胞1×10^6;Sirp-α mAb剂量2.5 mg/kg/day腹腔注射;NSG小鼠尾静脉注射ACHN-luciferase细胞和巨噬细胞;每组3只小鼠 阅读提示:Materials and Methods: In vivo Metastasis Assessment and Xenograft Experiment |