BHRF1促进EBV裂解复制中的炎症小体活化
检测BHRF1是否在EBV裂解复制过程中激活炎症小体。
在THP-1细胞中过表达BHRF1并感染HSV-1或刺激poly(dA:dT),检测Caspase-1、IL-1β、IL-18的裂解及ASC斑点形成;在P3HR1细胞中过表达或敲低BHRF1,并在TPA+NaB诱导下检测炎症小体相关蛋白裂解。
The viral BCL2 protein BHRF1 of Epstein-Barr virus promotes AIM2 inflammasome activation to facilitate lytic replication.
包含体外细胞系(HEK293T,THP-1,A549)、EBV阳性细胞系(P3HR1,Akata+)和基因敲除细胞(HNE-1-2089)的功能实验、蛋白相互作用、分子对接、体内外互补实验及机制验证(KAP1/GSDMD)。
THP-1细胞 P3HR1细胞 Akata+细胞 BHRF1敲除的HNE-1-2089细胞
BHRF1过表达和敲除对AIM2炎症小体活化的影响 BHRF1与AIM2的相互作用及关键氨基酸残基(R162、F164、E186)的突变 BHRF1介导的AIM2炎症小体在线粒体区的招募 BHRF1对EBV裂解性复制和病毒粒子产生的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测BHRF1是否在EBV裂解复制过程中激活炎症小体。
在THP-1细胞中过表达BHRF1并感染HSV-1或刺激poly(dA:dT),检测Caspase-1、IL-1β、IL-18的裂解及ASC斑点形成;在P3HR1细胞中过表达或敲低BHRF1,并在TPA+NaB诱导下检测炎症小体相关蛋白裂解。
确定BHRF1特异性激活哪种炎症小体。
在A549细胞中敲低20种炎症小体传感器,利用pro-IL-1β-DN-Gluc报告基因检测Caspase-1活性;在HEK293T-CIA细胞中共表达BHRF1与不同传感器,检测Caspase-1裂解和ASC寡聚化。
确定BHRF1与AIM2的相互作用区域和关键氨基酸。
通过免疫共沉淀验证BHRF1与AIM2、ASC、Caspase-1的内源相互作用;构建BHRF1和AIM2的截短突变体,通过免疫共沉淀确定HIN结构域和C端区域为相互作用所必需;通过分子对接预测结构并验证点突变影响。
检测BHRF1是否将AIM2炎症小体组分招募至线粒体区室。
分离线粒体和胞质组分,通过免疫印迹检测AIM2、ASC、Caspase-1、IL-1β的分布;使用免疫荧光和共聚焦显微镜观察BHRF1与AIM2的共定位。
研究BHRF1是否直接促进AIM2-ASC结合和AIM2对dsDNA的识别。
体外混合纯化的GST-AIM2、Flag-ASC-His和GFP-BHRF1-His蛋白,进行pull-down分析检测AIM2-ASC相互作用;通过实时PCR检测AIM2结合的mtDNA和病毒DNA。
确定BHRF1介导的AIM2炎症小体活化对EBV裂解性复制的影响。
在P3HR1细胞中过表达BHRF1野生型或突变体,敲低AIM2或Caspase-1,检测病毒基因表达和病毒粒子产生;在BHRF1敲除HNE-1-2089细胞中回补野生型或突变体,检测KAP1和GSDMD裂解。
研究Caspase-1底物KAP1和GSDMD裂解对EBV裂解性复制的必需性。
在P3HR1细胞中敲低或过表达KAP1、GSDMD或N端GSDMD片段,检测病毒基因表达和病毒粒子产生。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Bio-Channel | -- | |
| 药物处理 | 佛波酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| 丁酸钠 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | 潮霉素B | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 细胞凋亡诱导 | 顺铂 | Solarbio | -- |
| 流式分析 | MitoTracker Red CMXRos线粒体染料 | Thermo Fisher | M7512 |
| 罗丹明123 | MedChemExpress | HY-D0816 | |
| 细胞死亡检测 | 碘化丙啶 | KeyGen Biotech | KGA214 |
| 细胞毒性检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | C0016 |
| ELISA | 人IL-1β ELISA试剂盒 | Thermo Fisher | 88-7261-77 |
| 人IL-18 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0253c | |
| Caspase-1活性检测 | Caspase-1活性检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A381 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白G琼脂糖 | Sigma-Aldrich | 11243233001 |
| GST亲和珠 | Cytiva | 17075601 | |
| ASC寡聚化检测 | DSS交联剂 | Sigma-Aldrich | S1885 |
| DNA提取 | GFamp基因组DNA提取试剂盒 | Genefist | GF2304 |
| 实时PCR | 2x SYBR Green预混液 | Accurate Biotechnology | AG11701 |
| 免疫荧光 | DAPI | Sigma-Aldrich | -- |
| AlexaFluor二抗 | Invitrogen | -- | |
| 免疫印迹 | 抗Caspase-1抗体 | ABclonal | A0964 |
| 抗IL-1β抗体 | GeneTex | GTX130021 | |
| 抗AIM2抗体 | Proteintech | 20590-1-AP | |
| 抗BHRF1抗体 | Santa Cruz | 5E270 | |
| 抗GST抗体 | HuaAn Biotechnology | ET1611-47 | |
| 抗GFP抗体 | Ray Antibody Biotech | RM1008 | |
| 抗Caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | #9662 | |
| 流式分析 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 免疫荧光 | 共聚焦荧光显微镜LSM780 | Zeiss | -- |
| 统计分析 | Prism 8软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系、培养基、胎牛血清浓度、抗生素添加,EBV阳性细胞系(P3HR1,Akata+,HNE-1-2089)的维持 阅读提示:Materials and methods: Cells, antibodies and chemicals |
| 炎症小体活化检测 | BHRF1过表达或敲低方式,HSV-1感染MOI和时间,poly(dA:dT)浓度和时间,TPA和NaB浓度及处理时间 阅读提示:Materials and methods: Cells, antibodies and chemicals; Figure legends 1 |
| 蛋白质相互作用检测 | 质粒转染量、时间、抗体使用、免疫共沉淀条件 阅读提示:Materials and methods: Immunoprecipitation and western blotting analysis |
| 亚细胞定位 | 线粒体和胞质分离方法,免疫荧光染色步骤,共聚焦显微镜使用 阅读提示:Materials and methods: Mitochondrial and cytoplasmic isolation; Immunofluorescence staining |
| EBV裂解性复制检测 | 裂解诱导方式(TPA+NaB或IgG),诱导时间,病毒基因表达检测时间点,病毒粒子DNA提取方法 阅读提示:Materials and methods: Detection of EBV virion DNA and intracellular viral genomic DNA; Figure legends 5 |
| 基因敲除/敲低 | shRNA序列、sgRNA序列、慢病毒感染和筛选条件 阅读提示:Materials and methods: shRNA and sgRNA; Establishment of WT and BHRF1 knockout cell lines |