TRPM4表达特征分析
明确TRPM4在泛癌中的表达水平及其与预后的关系。
利用GTEx和TCGA数据库分析TRPM4的mRNA表达,利用HPA数据库分析蛋白表达,并通过单因素Cox回归分析预后相关性。
Comprehensive Insights Into the Role of TRPM4 in Pan-Cancer Progression and Immune Regulation.
包含基于数据库的泛癌分析、免疫组化与多重免疫荧光验证、以及体外细胞功能实验,但缺乏动物模型等体内验证。
MDA-MB-231人乳腺癌细胞系 A549人肺腺癌细胞系 KYSE30人食管癌细胞系 19例肺腺癌患者肿瘤组织
TRPM4在不同肿瘤中的表达差异及预后关联 TRPM4表达与免疫细胞浸润(如M1巨噬细胞、T细胞)的相关性 TRPM4敲低对肿瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响 TRPM4抑制剂NBA对细胞活力和凋亡的剂量和时间依赖性效应
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确TRPM4在泛癌中的表达水平及其与预后的关系。
利用GTEx和TCGA数据库分析TRPM4的mRNA表达,利用HPA数据库分析蛋白表达,并通过单因素Cox回归分析预后相关性。
探索TRPM4的生物学功能和基因组变异特征。
利用STRING构建PPI网络并进行GO/KEGG富集分析,利用GSCA分析拷贝数变异、单核苷酸变异和甲基化水平。
分析TRPM4表达与免疫浸润及免疫治疗反应的关系。
使用TCGAplot分析TMB、MSI、免疫评分及免疫细胞浸润,使用多个免疫治疗数据集验证预后价值,并使用scRNA-seq分析不同细胞类型中的表达。
验证TRPM4在肺腺癌患者肿瘤组织中的表达及其与免疫细胞浸润的关系。
对19例肺腺癌患者的肿瘤组织进行IHC和mIHC染色,检测TRPM4、CD3、CD80、CD163的表达,并分析相关性。
验证TRPM4对肿瘤细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
使用siRNA敲低MDA-MB-231、A549和KYSE30细胞中的TRPM4,或使用TRPM4抑制剂NBA处理,通过CCK-8、EdU、Transwell、集落形成和流式细胞术检测细胞功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | TRPM4抗体 | Proteintech | 21985-1-AP |
| 多重免疫荧光 | CD3抗体 | Abcam | ab16669 |
| CD80抗体 | HUABIO | M1007-10 | |
| CD163抗体 | HUABIO | ET1704-43 | |
| 多重免疫荧光试剂盒 | PANOVUE | 10144100050 | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Sinsage | -- | |
| GP-transfect-Mate转染试剂 | Suzhou Gene Pharma | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | -- |
| Bis-Tris凝胶 | Epizyme | -- | |
| PVDF膜 | Invitrogen | -- | |
| 抗Tubulin抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗TRPM4抗体 | Abcam | -- | |
| ECL化学发光检测系统 | Tianneng | -- | |
| 活性检测 | CCK-8试剂 | DOJINDO | -- |
| NBA | MedChemExpress | HY-128172 | |
| CellTiter-Lumi™发光细胞活力检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 增殖检测 | EdU实验试剂盒 | Epizyme | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | Elabscience | -- |
| 迁移/侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 成像 | 数字病理切片扫描仪 | KF-PRO-020 | -- |
| Vectra Polaris™成像系统 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组化与多重免疫荧光 | TRPM4、CD3、CD80、CD163表达水平与免疫细胞浸润的相关性 阅读提示:材料与方法中Immunohistochemistry和Multiplex Immunohistochemistry部分,以及图8图注 |
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源和培养条件(培养基、FBS浓度、温度、CO2浓度) 阅读提示:材料与方法中Cell Culture and Transfection部分 |
| western blot | 抗体稀释比和孵育条件 阅读提示:材料与方法中Western Blotting部分 |
| 细胞活力与增殖 | 细胞接种密度、处理浓度、检测时间点 阅读提示:材料与方法中Viability and Proliferation Testing部分 |
| Transwell迁移/侵袭 | 细胞密度、基质胶包被、小室孔径、孵育时间 阅读提示:材料与方法中Transwell Migration/Invasion Assay部分 |
| 凋亡分析 | NBA浓度和处理时间 阅读提示:材料与方法中Cell Apoptosis Analysis部分 |