临床样本和数据库分析
评估ENO1在AML患者中的表达水平及其与临床特征和预后的关联。
利用TCGA、BeatAML、Leucegene数据库及本中心RNA-seq和qRT-PCR数据,比较AML患者与正常供者的ENO1表达,分析其与FAB分型、风险分层、化疗反应和生存期的关系。
Alpha-enolase promotes progression of acute myeloid leukemia via MAPK/ERK signaling pathway.
包含患者样本分析、细胞系体外实验、体内小鼠模型及机制验证(MAPK/ERK通路激活与抑制)
KG-1细胞系 U937细胞系 OCI-AML3细胞系 NOD/SCID小鼠移植瘤模型
ENO1在AML患者中的表达水平(qRT-PCR) shENO1敲低效率(mRNA和蛋白水平) U0126和SENI的浓度及处理时间 动物模型中的细胞注射量和给药方案 细胞周期和凋亡的流式检测条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ENO1在AML患者中的表达水平及其与临床特征和预后的关联。
利用TCGA、BeatAML、Leucegene数据库及本中心RNA-seq和qRT-PCR数据,比较AML患者与正常供者的ENO1表达,分析其与FAB分型、风险分层、化疗反应和生存期的关系。
验证ENO1对AML细胞系增殖、侵袭、细胞周期和凋亡的影响。
在KG-1、U937和OCI-AML3细胞中通过慢病毒转染shENO1建立稳定敲低细胞系,利用CCK8、集落形成、transwell、流式细胞术检测相关表型。
鉴定ENO1敲低后影响的下游信号通路。
对U937和U937-shENO1-1细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因和KEGG通路富集、GSEA;通过Western blot检测MAPK/ERK通路关键分子的磷酸化水平。
验证抑制MAPK/ERK通路对AML细胞恶性表型的影响。
用MEK抑制剂U0126(5 μM)处理KG-1、U937、OCI-AML3细胞,检测增殖、集落形成、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡变化。
验证ENO1敲低效应是通过MAPK/ERK通路介导的。
在shENO1细胞中使用ERK激活剂SENI(10 μM)处理,检测增殖、迁移、侵袭和细胞周期是否恢复。
评估ENO1敲低和MAPK/ERK抑制对AML进展的影响。
将U937或U937-shENO1细胞尾静脉注射入NOD/SCID小鼠,用U0126或DMSO处理,监测生存期、脾重、CD45+细胞比例、肿瘤浸润等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | IMDM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | 川芎内酯I | Selleck | -- |
| U0126-EtOH | Selleck | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Accurate Biology | -- |
| 逆转录 | Evo M-MLV逆转录试剂盒 | Accurate Biology | -- |
| qRT-PCR | Pro Taq HS探针预混液 | Accurate Biology | -- |
| SYBR Green Pro Taq HS预混液 | Accurate Biology | -- | |
| Prism 7500实时荧光定量PCR仪 | ABI | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ChemiDoc XRS+凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 兔抗MEK1/2抗体 | Proteintech | 11049-1-AP | |
| 兔抗ERK1/2抗体 | Proteintech | 11257-1-AP | |
| 兔抗磷酸化ERK1/2抗体 | Proteintech | 28733-1-AP | |
| 兔抗磷酸化MAP2K1-S217抗体 | Abclonal | AP0209 | |
| 兔抗C-RAF抗体 | Affinity | AF6065 | |
| 兔抗磷酸化C-RAF (Ser338)抗体 | Affinity | AF3065 | |
| 兔抗ENO1抗体 | Proteintech | 11204-1-AP | |
| 兔抗β-actin抗体 | CST | 8457S | |
| 流式分析 | APC抗人CD45抗体 | Biolegend | 982304 |
| 细胞增殖 | CCK8试剂盒 | ApexBio | -- |
| 细胞周期和凋亡 | Annexin V-APC凋亡检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 细胞周期 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| transwell实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 动物实验 | NOD/SCID小鼠 | Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | AML患者和供者的样本数量、来源,ENO1表达检测方法(RNA-seq或qRT-PCR) 阅读提示:2.1 Clinical samples, 2.5 qRT-PCR, 3.1 Results |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(KG-1, U937, OCI-AML3)的培养条件,SENI和U0126的浓度和处理时间 阅读提示:2.2 Cell culture, 3.5 and 3.6 Results |
| 基因敲低实验 | shENO1序列、慢病毒感染和嘌呤霉素筛选条件 阅读提示:2.4 Plasmids and establishment of stable cell lines, Table 1 |
| 体外功能实验 | CCK8、集落形成、transwell、细胞周期和凋亡检测的具体参数(细胞数、时间、浓度) 阅读提示:2.9-2.13 Materials and Methods |
| 机制验证 | RNA-seq条件、Western blot抗体及使用浓度 阅读提示:2.6 RNA-seq, 2.8 Western blot, Table 2 |
| 体内动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别,细胞注射数量,U0126给药剂量和频率 阅读提示:2.3 Animal experiments |