生信分析筛选关键基因
从公共数据库中鉴定与肝母细胞瘤相关的关键基因
利用GEO数据集(GSE133039和GSE75271)进行差异表达基因分析、GO/KEGG富集分析、PPI网络构建,并结合G1/S期基因集和免疫应答基因集筛选出SKP2。
SKP2 ubiquitylation modifies IDH1 to regulate hepatoblastoma cell cycle and glucose metabolism.
包含GEO数据库分析、临床样本IHC、细胞系功能实验、体内异种移植模型、分子对接和Co-IP机制验证,证据层级多样。
HepG2和Huh6肝母细胞瘤细胞系 荷瘤小鼠模型 肝母细胞瘤患者肿瘤组织样本 GEO临床数据集(GSE133039和GSE75271)
SKP2抑制剂浓度(25µM和35µM)及IDH1抑制剂浓度(0.4µM)的使用 细胞系(HepG2、Huh6)和动物模型(雄性裸鼠,6×10^6细胞/注射,n=6) SKP2抑制剂体内给药方案(每三天注射100µL 25µM,持续4周) CHX和MG132处理用于泛素化检测(CHX 200 µg/mL,MG132 10µM)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从公共数据库中鉴定与肝母细胞瘤相关的关键基因
利用GEO数据集(GSE133039和GSE75271)进行差异表达基因分析、GO/KEGG富集分析、PPI网络构建,并结合G1/S期基因集和免疫应答基因集筛选出SKP2。
验证SKP2在肝母细胞瘤组织及细胞系中的表达情况
通过免疫组织化学(IHC)检测不同病理类型肝母细胞瘤组织中SKP2蛋白表达水平,通过qPCR和Western blot检测肝母细胞瘤细胞系(HepG2、Huh6)与正常肝细胞(THLE-2)中SKP2的表达。
探究抑制SKP2对肝母细胞瘤细胞增殖、迁移、侵袭、细胞周期和代谢的影响
使用SKP2抑制剂处理HepG2和Huh6细胞,通过CCK-8、EDU、克隆形成、Transwell、伤口愈合、流式细胞术(细胞周期和凋亡)、葡萄糖代谢检测(乳酸、葡萄糖、ATP)评估细胞行为。
评估SKP2抑制剂在体内的抗肿瘤效果
将HepG2细胞皮下接种雄性裸鼠,每三天注射SKP2抑制剂,4周后处死,测量肿瘤体积和重量,并进行HE和免疫组化染色(KI-67、IDH1、HK2、GLUT2)。
验证SKP2通过泛素化修饰IDH1并调控其稳定性
分子对接预测SKP2与IDH1结合,分子动力学模拟评估复合物稳定性;CHX追踪实验检测IDH1蛋白半衰期;MG132处理抑制蛋白酶体;Co-IP和泛素化实验证实SKP2介导IDH1的泛素化。
探究IDH1抑制对肝母细胞瘤细胞行为和代谢的影响
使用IDH1抑制剂处理HepG2细胞,通过CCK-8、克隆形成、Transwell、伤口愈合、葡萄糖代谢检测评估细胞增殖、迁移、侵袭和代谢变化。
验证IDH1抑制剂是否能逆转SKP2抑制剂的抗肿瘤作用
分别和联合使用SKP2抑制剂与IDH1抑制剂处理HepG2细胞,通过CCK-8、EDU、克隆形成、细胞周期、凋亡、葡萄糖摄取、线粒体膜电位等实验评估IDH1抑制剂对SKP2抑制剂效果的逆转作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Beyotime | ST488S | |
| SKP2抑制剂 | Selleck | S8652 | |
| IDH1抑制剂 | MedchemExpress | HY-128661 | |
| RNA提取与PCR | RNA提取试剂盒 | Beyotime | R0024 |
| MightyScript Plus第一链cDNA合成预混液 | Sangon Biotech | B639252 | |
| FastStart Universal SYBR Green预混液 | Sangon Biotech | B690016 | |
| CFX实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | 快速封闭液 | Beyotime | P0252 |
| 抗SKP2抗体 | Abcam | ab68455 | |
| 抗IDH1抗体 | Selleck | F0576 | |
| 抗泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| 抗Vinculin抗体 | Proteintech | 26520-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | HUABIO | R1207-1 | |
| Odyssey红外成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞处理 | Triton X-100 | Beyotime | ST797 |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 细胞周期分析 | PI/RNase染色液 | Beyotime | C1052 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Labselect | 14242 |
| 0.1%结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 基质胶 | Beyotime | C0371 | |
| 细胞凋亡检测 | 膜联蛋白V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062S |
| 蛋白质印迹 | MG132 | Selleck | S2619 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1005 |
| Protein A/G磁珠 | MedchemExpress | HY-K0202 | |
| 生化检测 | L-乳酸比色法检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K044-M |
| ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 | |
| pH检测仪SevenExcellence S400 | SevenExcellence | -- | |
| 2-NBDG | Mesgenbio | MGU7418 | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1试剂盒 | Beyotime | C2006 |
| 免疫组化 | 抗KI67抗体 | Abcam | ab68455 |
| 抗HK2抗体 | ABclonal | A0994 | |
| 抗IDH1抗体 | ABclonal | A24113 | |
| 抗SLC2A1抗体 | ABclonal | A11727 | |
| KeyGEN一步法免疫组化试剂盒 | KeyGEN | KGC3201-60 | |
| 流式细胞术 | BD流式细胞仪 | BD | -- |
| 细胞成像 | 共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与药物处理 | 细胞系(HepG2、Huh6)和培养基(dMEM+10% FBS+1% 双抗);SKP2抑制剂浓度(25µM、35µM)和IDH1抑制剂浓度(0.4µM);处理时间(24h、48h等) 阅读提示:见Materials and methods中的Cell line部分和Proliferation assay。 |
| 表达检测(qPCR、Western blot) | RNA提取和cDNA合成试剂盒;qPCR引物序列(ACTB、SKP2);抗体稀释比例(Anti-SKP2 1:5000等);内参(β-actin)。 阅读提示:见Materials and methods中的Real-time PCR analysis和Western blot analysis。 |
| 细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭、凋亡) | 细胞接种密度(CCK-8、克隆形成1000细胞/孔等);处理浓度和时间;Transwell上室细胞数(0.1×10^6)和基质胶包被;凋亡检测试剂盒(Annexin V-FITC/PI)和流式细胞仪。 阅读提示:见Materials and methods中的Proliferation assay、Wound-healing assay、Transwell assay和Cell apoptosis assay。 |
| 泛素化与Co-IP | CHX浓度(200 µg/mL)、MG132浓度(10µM)、处理时间(2h、4h、8h);抗体(Anti-IDH1 1:100)和Protein A/G磁珠;蛋白酶体抑制剂使用。 阅读提示:见Materials and methods中的Ubiquitylation assay和Co-Immunoprecipitation。 |
| 动物实验(异种移植瘤模型) | 小鼠品系(雄性裸鼠)、细胞接种量(6×10^6细胞/注射)、每组数量(n=6)、SKP2抑制剂给药方案(100µL 25µM每三天一次)、观察周期(4周)、处死方式。 阅读提示:见Materials and methods中的Xenograft tumor model。 |