GrB优化与活性验证
评估优化的GrB是否保留凋亡和焦亡诱导功能
对野生型GrB进行氨基酸突变(R201K)和非极性氨基酸替换(R96A, R100A, R102A, K221A, K222A, K225A, R226A),构建pcDNA3.1/GrB(O)质粒,转染SiHa细胞,通过Western blot、免疫荧光、流式、TUNEL和GSDME裂解检测凋亡和焦亡。
Development of ZHPV16E7- granzyme B immunoaffitoxin: dual mechanisms targeting hpv16-positive cervical cancer through epithelial-mesenchymal transition inhibition and cell death.
包含体外细胞模型(SiHa、CaSki等)、蛋白表达纯化、结合实验、功能实验(活力、迁移、凋亡、焦亡)、机制验证(caspase-3敲低、体外GSDME裂解)等多个独立证据层级。
SiHa细胞(HPV16阳性) CaSki细胞(HPV16阳性) HeLa细胞(HPV18阳性) C33A细胞(HPV阴性)
ZHPV16E7-GrB蛋白浓度(100 μg/mL) 处理时间(细胞活力72 h,迁移24 h,凋亡18 h,焦亡24 h) 细胞系选择(SiHa、CaSki为HPV16阳性,HeLa为HPV18阳性,C33A为HPV阴性) 对照组设置(ZHPV16E7、ZWT-GrB、oxaliplatin阳性对照) 统计方法(同一细胞系内单因素ANOVA和LSD检验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估优化的GrB是否保留凋亡和焦亡诱导功能
对野生型GrB进行氨基酸突变(R201K)和非极性氨基酸替换(R96A, R100A, R102A, K221A, K222A, K225A, R226A),构建pcDNA3.1/GrB(O)质粒,转染SiHa细胞,通过Western blot、免疫荧光、流式、TUNEL和GSDME裂解检测凋亡和焦亡。
获得ZHPV16E7-GrB、ZHPV16E7和ZWT-GrB蛋白
将质粒转化大肠杆菌BL21(DE3),IPTG诱导表达,Ni-NTA亲和层析纯化,SDS-PAGE和Western blot验证。
验证ZHPV16E7-GrB对HPV16E7和HPV16阳性细胞的特异性结合
ELISA检测与HPV16E7蛋白的结合,间接免疫荧光检测与各细胞系的共定位。
评估ZHPV16E7-GrB对细胞生长的影响
用CellTiter-Lumi™发光法和LDH释放法检测细胞活力和损伤。
验证ZHPV16E7-GrB是否通过抑制EMT减少细胞迁移
Transwell迁移实验检测迁移能力,Western blot检测EMT标志物(E-cadherin、N-cadherin、Vimentin、Snail)。
验证ZHPV16E7-GrB是否诱导凋亡及其机制
TUNEL、流式细胞术(Annexin V/PI)检测凋亡,Western blot检测Bax、Bcl-2、caspase-8和caspase-3激活。
验证ZHPV16E7-GrB是否诱导焦亡及其特征
SYTOX Green摄取检测膜破裂,ELISA检测IL-18、IL-1β、HMGB1释放,光镜观察膜起泡,Western blot检测GSDME裂解。
确定焦亡是否依赖于caspase-3
siRNA敲低caspase-3后,检测ZHPV16E7-GrB处理后的GSDME裂解、SYTOX Green摄取和细胞因子释放。
证明ZHPV16E7-GrB能直接裂解GSDME
纯化FLAG-GSDME,与ZHPV16E7-GrB、ZWT-GrB或ZHPV16E7孵育,Western blot检测GSDME裂解。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 分子克隆 | BamHI限制酶 | MBI Ferments | -- |
| HindIII限制酶 | MBI Ferments | -- | |
| SmaI限制酶 | MBI Ferments | -- | |
| 蛋白表达纯化 | 无内毒素大提质粒试剂盒 | QIAGEN | -- |
| 异丙基硫代半乳糖苷 | QIAGEN | -- | |
| Ni-NTA琼脂糖 | QIAGEN | -- | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素 | Gibco | -- | |
| 链霉素 | Gibco | -- | |
| 转染 | Lipofectamine™ 3000转染试剂 | Thermo | -- |
| 凋亡检测 | DeadEnd™荧光TUNEL系统 | Promega | -- |
| Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | MultiSciences | -- | |
| 细胞活力检测 | LDH释放检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| CellTiter-Lumi™发光细胞活力检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 细胞因子检测 | 人IL-18 ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 人IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 人HMGB-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 蛋白纯化 | 抗FLAG亲和纯化试剂盒 | Sangon Biotech | -- |
| Western blot | 抗His标签抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig |
| 抗GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| 抗GrB抗体 | Abcam | ab208586 | |
| 抗Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| 抗Caspase-3抗体 | Abcam | ab32351 | |
| 抗FLAG抗体 | Abcam | ab205606 | |
| 抗Caspase-8抗体 | Cell Signaling Technology | 9496 | |
| 抗Snail抗体 | Cell Signaling Technology | 3879 | |
| 抗GAPDH抗体 | Good Here | AB-P-R | |
| 抗HPV16E7抗体 | Santa Cruz | sc-6981 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-8426 | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-53488 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-6260 | |
| 抗Bcl2抗体 | Santa Cruz | sc-56018 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0208 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime | A0216 | |
| 免疫荧光 | Cy3标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime | A0521 |
| FITC标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0562 | |
| 流式细胞术 | FACSCanto II流式细胞仪 | BD | -- |
| 显微镜观察 | Nikon荧光显微镜 | Nikon | -- |
| ELISA检测 | Bio-Tek ELx800酶标仪 | Bio-Tek | -- |
| 细胞迁移实验 | Matrigel包被的Transwell小室(8.0 µm孔径) | Corning | -- |
| 药物处理 | 奥沙利铂 | -- | -- |
| 焦亡检测 | SYTOX Green核酸染料 | -- | -- |
| DAPI | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:SiHa (ATCC HTB-35), CaSki (ATCC CRM-CRL-1550), HeLa (ATCC CCL-2.1), C33A (ATCC HTB-31);培养基:RPMI-1640含10% FBS和100 mg/L青霉素/链霉素;培养条件:37°C,5% CO2。 阅读提示:Materials and methods, Plasmids and cell culture |
| 蛋白表达与纯化 | 表达菌株E. coli BL21(DE3);IPTG浓度1 mM;诱导时间8小时;诱导温度37°C;纯化方法Ni-NTA亲和层析。 阅读提示:Materials and methods, Preparation and identification of ZHPV16E7-GrB |
| 结合特异性检测 | ELISA:HPV16E7蛋白包被浓度10 μg/mL;蛋白浓度300 μg/mL;免疫荧光:蛋白浓度100 μg/mL,孵育24小时;细胞系包含SiHa、CaSki、HeLa、C33A。 阅读提示:Materials and methods, Evaluation of binding affinity; Figure 2 |
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度8000细胞/孔;处理浓度100 μg/mL(ZHPV16E7-GrB等)和50 μg/mL(oxaliplatin);处理时间72小时;检测方法CellTiter-Lumi™和LDH释放。 阅读提示:Materials and methods, Cell viability assay; Figure 3 |
| EMT分析 | 预处理浓度100 μg/mL,时间24小时;Transwell接种密度1×10^5细胞;迁移时间24小时;Western blot检测EMT标志物。 阅读提示:Materials and methods, Analysis of EMT; Figure 4 |
| 凋亡检测 | 处理浓度100 μg/mL,时间18小时;流式细胞术细胞密度3×10^6 cells/mL;使用TUNEL、Annexin V/PI、Western blot。 阅读提示:Materials and methods, Apoptosis analysis; Figure 5 |
| 焦亡检测 | 处理浓度100 μg/mL,时间24小时;SYTOX Green浓度1 μM;染色时间10分钟;ELISA检测IL-18、IL-1β、HMGB1。 阅读提示:Materials and methods, Pyroptosis analysis; Figure 6 |
| caspase-3敲低实验 | siRNA浓度1 μg;转染试剂Lipofectamine™ 3000;敲低时间48小时;处理浓度100 μg/mL,时间24小时。 阅读提示:Materials and methods, Characterization of pyroptosis under caspase-3 knockdown conditions; Figure 7 |
| 体外GSDME裂解实验 | FLAG-GSDME(100 μg)与ZHPV16E7-GrB(100 μg)孵育;反应缓冲液50 mM Tris-HCl pH8.0,150 mM NaCl;孵育时间1小时;温度37°C。 阅读提示:Materials and methods, GSDME cleavage assay; Figure 8 |
| 统计分析 | 数据表示为均值±标准差;统计方法:单因素ANOVA和LSD检验;P<0.05为显著;软件SPSS 22.0。 阅读提示:Materials and methods, Statistical analysis |