RNA测序与差异表达分析
鉴定PMD相关差异表达基因和miRNA
对3个正常和2个严重退变的人椎旁肌组织进行RNA测序,鉴定409个DEGs和12个DEMs。
Targeting EGR1-ATF3 signaling mitigates paravertebral muscle degeneration by regulating cell death and inflammaging.
包含RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、细胞功能实验和双荧光素酶报告实验,但缺乏动物模型和体内验证。
人椎旁肌组织样本 原代人肌肉干细胞(MuSCs) HEK293T细胞
人椎旁肌样本分组:Goutallier分级0-1级为正常组,4级为严重退变组 RNA-seq样本量:3个正常 vs 2个严重退变肌肉样本 ATF3和EGR1过表达/敲低在MuSCs中的处理方式 双荧光素酶报告实验中ATF3启动子野生型和突变型构建 qRT-PCR验证样本量:10例PMD患者 vs 10例非PMD个体
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定PMD相关差异表达基因和miRNA
对3个正常和2个严重退变的人椎旁肌组织进行RNA测序,鉴定409个DEGs和12个DEMs。
识别关键功能DEGs和枢纽基因
通过Venn图交集获得81个功能DEGs,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络,用CytoHubba五种算法筛选出10个枢纽基因。
预测调控枢纽基因的转录因子
利用JASPAR和NetworkAnalyst构建TF-gene网络,发现ATF3受EGR1等19个转录因子调控。
验证EGR1是否直接结合ATF3启动子
双荧光素酶报告实验:将野生型或突变型ATF3启动子克隆至pGL4.10载体,与EGR1过表达或siRNA共转染293T细胞,检测荧光素酶活性。
验证ATF3在MuSCs中的作用
在MuSCs中过表达或敲低ATF3,检测细胞死亡、炎症因子、氧化应激和ECM相关标志物。
验证EGR1在MuSCs中的作用
在MuSCs中过表达或敲低EGR1,检测下游ATF3及相关病理标志物的变化。
评估关键DEGs的诊断潜力
通过ROC曲线和PR曲线分析ATF3、CDKN1A、IL6的诊断价值。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 肌肉消化 | 胶原酶II | Worthington | LS004176 |
| 分散酶II | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| RNA文库构建 | NEBNext® Ultra™ RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| Ham's F10培养基 | CellWorld | C1662-875 | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma | P4333 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| 基质胶 | Corning | 354230 | |
| qRT-PCR | 一步法PrimeScript™ RT-PCR试剂盒 | Takara | -- |
| Thermal Cycler Dice™实时荧光定量PCR系统III | Takara | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Bestbio | BB-3101 |
| 蛋白质定量 | 微量BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Merck | -- |
| 抗ATF3抗体 | Abcam | ab207434 | |
| 抗聚集蛋白聚糖抗体 | Abcam | ab3778 | |
| 抗CDKN1A/P21抗体 | Abcam | ab102013 | |
| 抗GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| 抗Caspase3抗体 | Abcam | ab32351 | |
| 抗GSDME抗体 | Abcam | ab215191 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-1g | |
| 增强化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| ChemiDoc™ Touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞死亡检测 | VF647A-Annexin V/PI凋亡检测试剂盒 | MedChemExpress | HY-K1093-50T |
| 流式细胞仪 | BD | FACSAria | |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | Sigma | CS0260 |
| 铁离子检测 | 铁检测试剂盒 | Abcam | -- |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| ELISA | 人IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
| 人IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | pGL4.74[hRluc/TK]载体 | Promega | -- |
| pGL4.10[luc2]载体 | Promega | -- | |
| pcDNA3.1(+)载体 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Lipofectamine 8000转染试剂 | Beyotime | -- | |
| 荧光素酶检测试剂盒 | Promega | -- | |
| GloMax® 20/20发光检测仪 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA测序 | 样本分组和样本量(3正常 vs 2严重退变),Goutallier分级标准 阅读提示:Materials and methods: Patient recruitment; Results: Identification and analysis of the gene and miRNA expression profiles |
| MuSC分离和培养 | 胶原酶II浓度(0.2%)、消化时间、离心条件(350×g, 5min)、培养基成分(Ham's F10 + 20% FBS + 1% P/S + 5ng/ml bFGF)、基质胶包被 阅读提示:Materials and methods: Extraction and cultivation of primary muscle stem cells (MuSCs) |
| 功能实验(ATF3/EGR1过表达或敲低) | 转染试剂、siRNA或过表达质粒的浓度、处理时间(例如ELISA检测前24h转染) 阅读提示:Materials and methods: Detection of cell death, Determination of GSH, ROS, and Fe2+ level, ELISA; Figure legends 6 and 7 |
| 双荧光素酶报告实验 | ATF3启动子野生型和突变型序列、EGR1结合位点、共转染比例、检测时间 阅读提示:Materials and methods: Dual-Luciferase reporter assay; Figure 5 |
| 诊断价值评估 | 样本队列(10例PMD vs 10例非PMD),qRT-PCR验证基因表达 阅读提示:Materials and methods: Patient recruitment; Results: The diagnostic value of the key functional hub DEGs |