靶向EGR1-ATF3信号通过调控细胞死亡和炎症性衰老减轻椎旁肌退变

Targeting EGR1-ATF3 signaling mitigates paravertebral muscle degeneration by regulating cell death and inflammaging.

作者信息Xuke Wang, Qingfeng Wang, Zhe Wang, Yingjie Zhou, Xiaobing Jiang, Yongjin Li
PMID40722201
期刊Biol Res
发布时间2025-07-28
DOI10.1186/s40659-025-00634-1

实验完整度

包含RNA-seq、qRT-PCR、Western blot、细胞功能实验和双荧光素酶报告实验,但缺乏动物模型和体内验证。

主要模型

人椎旁肌组织样本 原代人肌肉干细胞(MuSCs) HEK293T细胞

重点核对

人椎旁肌样本分组:Goutallier分级0-1级为正常组,4级为严重退变组 RNA-seq样本量:3个正常 vs 2个严重退变肌肉样本 ATF3和EGR1过表达/敲低在MuSCs中的处理方式 双荧光素酶报告实验中ATF3启动子野生型和突变型构建 qRT-PCR验证样本量:10例PMD患者 vs 10例非PMD个体

摘要

椎旁肌在维持脊柱动态稳定性和生理功能中发挥关键作用。随着年龄增长,这些肌肉发生衰老和退变,导致脊柱不稳定和下腰痛的发生。年龄相关的细胞死亡进一步加速慢性低度炎症(称为“炎症性衰老”)并破坏细胞外基质(ECM),这是驱动椎旁肌退变(PMD)的关键致病机制。然而,在此背景下协调炎症性衰老的核心调控基因尚未完全阐明。椎旁肌在支撑脊柱动态稳定性和生理功能方面发挥重要作用。本研究通过RNA测序鉴定了409个差异表达基因(DEGs)。随后的生物信息学分析揭示了81个功能性相关DEGs,其中多个枢纽基因如激活转录因子3(ATF3)、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1A(CDKN1A/p21)和白细胞介素-6(IL-6)显著上调。这些基因与细胞死亡、ECM代谢失调和炎症性衰老相关。功能实验表明,沉默ATF3可减弱细胞死亡、减少炎症信号并保持ECM完整性,通过调节下游效应因子包括CDKN1A/p21、IL6、Gasdermin E(GSDME)和谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)。进一步网络分析确定了早期生长反应1(EGR1)–ATF3信号轴,EGR1敲低通过下调ATF3来保护PMD。这些基因也可能表现出区分PMD的高特异性和敏感性,表明其作为诊断生物标志物的潜在用途。总体而言,本研究为PMD的分子机制提供了新见解,并为治疗干预提供了有前景的靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
哪些关键基因和信号通路调控椎旁肌退变中的细胞死亡和炎症性衰老?
核心机制
EGR1直接结合并调控ATF3启动子,EGR1-ATF3信号轴促进细胞焦亡、铁死亡、凋亡、ROS积累、炎症性衰老和ECM降解。
主要证据
RNA-seq鉴定差异基因,功能实验显示ATF3和EGR1过表达/敲低调节GPX4、GSDME、Caspase3、IL-6等标志物,双荧光素酶报告实验验证直接结合。
研究意义
为PMD提供新的治疗靶点和诊断生物标志物(ATF3),但诊断价值需更大队列验证。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

RNA测序与差异表达分析

鉴定PMD相关差异表达基因和miRNA

对3个正常和2个严重退变的人椎旁肌组织进行RNA测序,鉴定409个DEGs和12个DEMs。

2

功能富集与枢纽基因筛选

识别关键功能DEGs和枢纽基因

通过Venn图交集获得81个功能DEGs,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络,用CytoHubba五种算法筛选出10个枢纽基因。

3

转录因子网络构建

预测调控枢纽基因的转录因子

利用JASPAR和NetworkAnalyst构建TF-gene网络,发现ATF3受EGR1等19个转录因子调控。

4

EGR1-ATF3结合验证

验证EGR1是否直接结合ATF3启动子

双荧光素酶报告实验:将野生型或突变型ATF3启动子克隆至pGL4.10载体,与EGR1过表达或siRNA共转染293T细胞,检测荧光素酶活性。

5

ATF3功能实验

验证ATF3在MuSCs中的作用

在MuSCs中过表达或敲低ATF3,检测细胞死亡、炎症因子、氧化应激和ECM相关标志物。

6

EGR1功能实验

验证EGR1在MuSCs中的作用

在MuSCs中过表达或敲低EGR1,检测下游ATF3及相关病理标志物的变化。

7

诊断价值评估

评估关键DEGs的诊断潜力

通过ROC曲线和PR曲线分析ATF3、CDKN1A、IL6的诊断价值。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
胶原酶IIWorthingtonLS004176
分散酶II----
TRIzol试剂Life Technologies--
NEBNext® Ultra™ RNA文库制备试剂盒New England Biolabs--
DMEM培养基Gibco11965092
Ham's F10培养基CellWorldC1662-875
胎牛血清----
青霉素-链霉素SigmaP4333
碱性成纤维细胞生长因子PeproTech100-18B
基质胶Corning354230
一步法PrimeScript™ RT-PCR试剂盒Takara--
Thermal Cycler Dice™实时荧光定量PCR系统IIITakara--
RIPA裂解液BestbioBB-3101
微量BCA蛋白定量试剂盒Beyotime--
PVDF膜Merck--
抗ATF3抗体Abcamab207434
抗聚集蛋白聚糖抗体Abcamab3778
抗CDKN1A/P21抗体Abcamab102013
抗GPX4抗体Abcamab125066
抗Caspase3抗体Abcamab32351
抗GSDME抗体Abcamab215191
β-肌动蛋白抗体Proteintech66009-1-1g
增强化学发光试剂Beyotime--
ChemiDoc™ Touch成像系统Bio-Rad--
VF647A-Annexin V/PI凋亡检测试剂盒MedChemExpressHY-K1093-50T
流式细胞仪BDFACSAria
GSH检测试剂盒SigmaCS0260
铁检测试剂盒Abcam--
ROS检测试剂盒Beyotime--
人IL-1β ELISA试剂盒Elabscience--
人IL-6 ELISA试剂盒Elabscience--
pGL4.74[hRluc/TK]载体Promega--
pGL4.10[luc2]载体Promega--
pcDNA3.1(+)载体Thermo Fisher Scientific--
Lipofectamine 8000转染试剂Beyotime--
荧光素酶检测试剂盒Promega--
GloMax® 20/20发光检测仪Promega--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
RNA测序
样本分组和样本量(3正常 vs 2严重退变),Goutallier分级标准
阅读提示:Materials and methods: Patient recruitment; Results: Identification and analysis of the gene and miRNA expression profiles
MuSC分离和培养
胶原酶II浓度(0.2%)、消化时间、离心条件(350×g, 5min)、培养基成分(Ham's F10 + 20% FBS + 1% P/S + 5ng/ml bFGF)、基质胶包被
阅读提示:Materials and methods: Extraction and cultivation of primary muscle stem cells (MuSCs)
功能实验(ATF3/EGR1过表达或敲低)
转染试剂、siRNA或过表达质粒的浓度、处理时间(例如ELISA检测前24h转染)
阅读提示:Materials and methods: Detection of cell death, Determination of GSH, ROS, and Fe2+ level, ELISA; Figure legends 6 and 7
双荧光素酶报告实验
ATF3启动子野生型和突变型序列、EGR1结合位点、共转染比例、检测时间
阅读提示:Materials and methods: Dual-Luciferase reporter assay; Figure 5
诊断价值评估
样本队列(10例PMD vs 10例非PMD),qRT-PCR验证基因表达
阅读提示:Materials and methods: Patient recruitment; Results: The diagnostic value of the key functional hub DEGs