数据收集与DRGs筛选
从公共数据库获取LUAD转录组数据,筛选与二硫化物凋亡相关的差异表达基因。
从TCGA和GEO(GSE50081)获取RNA-seq数据,合并后通过共表达分析(|R|>0.4,P<0.05)和差异表达分析(FDR<0.05,|logFC|>2)筛选DRGs,取交集得到872个差异表达DRGs。
Prognostic model of lung adenocarcinoma based on disulfidptosis-related genes and analysis of in vitro cell experiments for PPP1R14B in the model.
包含基于公共数据库的预后模型构建与外部验证,以及细胞系体外功能实验(增殖、迁移、凋亡),但缺乏动物模型和机制实验,实验证据层级有限。
TCGA-LUAD队列(541个肿瘤样本,59个正常样本) GEO数据集(GSE50081、GSE30219、GSE41271、GSE189357) LUAD细胞系 A549和H1975 LUAD患者组织样本(5对癌与癌旁组织)
风险评分公式:风险评分 = (1.688 × Exp PPP1R14B) + (0.778 × Exp PLEK2) + (0.513 × Exp RHOV) + (0.649 × Exp C1QTNF6) 高风险组与低风险组的区分基于风险评分中位数 PPP1R14B敲低通过siRNA转染(siRNA-1和siRNA-2)实现 CCK-8实验在96孔板中接种4个复孔,于0、24、48、72小时检测 Transwell迁移实验细胞数2×10^5,下室含30% FBS,培养约24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从公共数据库获取LUAD转录组数据,筛选与二硫化物凋亡相关的差异表达基因。
从TCGA和GEO(GSE50081)获取RNA-seq数据,合并后通过共表达分析(|R|>0.4,P<0.05)和差异表达分析(FDR<0.05,|logFC|>2)筛选DRGs,取交集得到872个差异表达DRGs。
构建基于DRGs的预后风险模型并评估其预测能力。
使用TCGA数据按7:3分为训练集和验证集,通过单变量Cox、Lasso和多变量Cox分析筛选4个DRGs构建风险评分模型。通过Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线和外部数据集(GSE30219、GSE41271)验证模型。
结合临床特征构建列线图以提高预后预测的实用性。
使用“rms”R包构建列线图,结合风险评分、年龄、性别和TNM分期,并通过C-index和校准曲线评估预测准确性。
比较高低风险组之间的免疫微环境差异。
使用ESTIMATE算法计算基质评分、免疫评分和肿瘤纯度,比较高低风险组差异;分析免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和TIDE评分。
分析模型中的基因在不同免疫细胞中的表达分布。
从GEO下载GSE189357单细胞数据集(9个LUAD样本),使用Seurat处理,SingleR注释细胞类型,UMAP展示聚类结果和各基因表达。
评估高低风险组对常用抗肿瘤药物的敏感性差异。
使用“oncoPredict”R包计算198种抗肿瘤药物的IC50,比较高低风险组之间的差异,筛选出有显著差异的药物(如吉非替尼、阿法替尼、拉帕替尼、紫杉醇)。
验证PPP1R14B在LUAD细胞增殖、迁移和凋亡中的功能。
在A549和H1975细胞中敲低PPP1R14B(siRNA-1和siRNA-2),通过qRT-PCR验证敲低效率,CCK-8检测增殖,划痕和Transwell检测迁移,流式细胞术检测凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| qRT-PCR | 总RNA提取试剂 | Vazyme | R401-01 |
| HiScriptII.Q RT SuperMix | Vazyme | R223-01 | |
| StepOnePlus实时荧光定量PCR系统 | ThermoFisher | -- | |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | Elabscience | E-CK-A362 |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室 | Biofil | TCS003024 |
| 1%结晶紫 | -- | -- | |
| 细胞迁移观察 | DM6000B显微镜 | Leica | -- |
| 凋亡实验 | Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| siRNA | Ribio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据收集与DRGs筛选 | TCGA和GEO数据集的样本量、肿瘤与正常样本比例、共表达阈值|R|>0.4和差异表达阈值FDR<0.05,|logFC|>2 阅读提示:Methods: Data collection and processing, Co-expression and differential analysis of DRGs |
| 风险模型构建与验证 | 训练集与验证集划分比例7:3、Cox回归筛选标准、风险评分公式、外部验证数据集(GSE30219、GSE41271) 阅读提示:Methods: Establishment and evaluation of the TCGA-LUAD risk prognostic model |
| 列线图构建 | 纳入变量(年龄、性别、风险评分、TNM分期)、C-index和校准曲线评估 阅读提示:Methods: Construction and validation of nomogram |
| 免疫微环境分析 | ESTIMATE算法、免疫细胞浸润分析方法、免疫检查点基因列表(60个)、TIDE评分 阅读提示:Methods: Immune microenvironment analysis |
| 单细胞测序分析 | GSE189357数据集样本量9、过滤条件(nFeature_RNA > 200 & nFeature_RNA < 5000, percent.mt <= 15 & percent.HB <= 3)、细胞注释方法 阅读提示:Methods: Single-cell sequencing analysis |
| 药物敏感性分析 | 198种药物、IC50算法、P值阈值 阅读提示:Methods: Drug sensitivity analysis |
| 体外细胞实验 | 细胞系A549和H1975、siRNA序列、转染时间48h、CCK-8检测时间点(0,24,48,72h)及复孔数、Transwell细胞数2×10^5及下室血清浓度30% FBS、凋亡染色方案 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection and qRT-PCR; Cell proliferation assay; Transwell migration assay; Wound-healing assay; Flow cytometry apoptosis experiment |