代谢组学筛查差异代谢物
比较新生与成年小鼠心肌梗死后心脏代谢谱,寻找与心脏修复相关的关键代谢物。
对心肌梗死后第6天的新生(P1M6)和成年(P56M6)小鼠心脏组织及对应的假手术组(P1S6, P56S6)进行非靶向代谢组学分析,随后对嘌呤代谢相关代谢物进行靶向验证。
Xanthosine alleviates myocardial ischemia-reperfusion injury through attenuation of cardiomyocyte ferroptosis.
包含代谢组学筛查、体内I/R模型、体外H/R细胞模型、DARTS靶点筛选、RNA-seq转录组及机制验证等多个独立证据层级,并进行了功能与机制验证。
C57BL/6或ICR成年小鼠心肌缺血再灌注模型 新生大鼠心肌细胞(NRCM)缺氧/复氧模型 H9c2细胞系缺氧/复氧模型
XTS给药剂量:100 mg/kg(腹腔注射,术前1小时,每日一次) XTS体外处理浓度:10 μM I/R手术:结扎左前降支冠状动脉1小时后再灌注 H/R模型:NRCM缺氧12小时复氧24小时;H9c2缺氧6小时复氧4小时 心肌梗死模型:新生(P1)和成年(P56)小鼠
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较新生与成年小鼠心肌梗死后心脏代谢谱,寻找与心脏修复相关的关键代谢物。
对心肌梗死后第6天的新生(P1M6)和成年(P56M6)小鼠心脏组织及对应的假手术组(P1S6, P56S6)进行非靶向代谢组学分析,随后对嘌呤代谢相关代谢物进行靶向验证。
评估XTS处理对成年小鼠心肌缺血再灌注损伤后心功能、纤维化和损伤标志物的影响。
建立成年小鼠I/R模型(结扎LAD 1小时再灌注),术前1小时腹腔注射XTS(100 mg/kg)或对照,每日一次。通过超声心动图、MRI、ELISA、TTC染色、Masson染色等评估心功能和结构。
在细胞水平验证XTS对缺氧复氧诱导的心肌细胞损伤的保护作用,并初步探索机制。
分离NRCM并建立H/R模型(缺氧12小时/复氧24小时),用XTS(10 μM)处理,同时使用H9c2细胞(缺氧6小时/复氧4小时)。检测细胞活力、LDH释放、GPX4和ACSL4表达、ROS、脂质过氧化、铁离子水平、线粒体功能等。
识别XTS在心肌细胞中的潜在结合靶蛋白,并验证其与靶蛋白的结合是否影响蛋白稳定性。
利用DARTS-LC/MS分析XTS处理前后蛋白酶降解差异,鉴定候选靶蛋白;通过分子对接和CETSA验证XTS与候选蛋白的结合及热稳定性影响。
探究XTS处理对缺氧复氧心肌细胞转录组的影响,揭示其抑制铁死亡的分子机制。
对H9c2细胞(对照、H/R、H/R+XTS)进行RNA-seq,分析差异表达基因及富集通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 黄嘌呤核苷 | Med Chem Express | HY-W011527 |
| 二甲基亚砜 | Med Chem Express | HY-Y0320 | |
| 超声心动图 | Vevo 2100 成像系统 | FUJIFILM VisualSonics | -- |
| 组织学染色 | cTnT抗体 | Abcam | ab8295 |
| Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| Alexa Fluor 488 二抗 | Biosharp | -- | |
| DAPI | Servicebio Technology | G1012-10ML | |
| 麦胚凝集素 | Servicebio Technology | G1730-100UL | |
| 凋亡检测 | TUNEL染色试剂盒 | Servicebio Technology | G1505-50 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 1640培养基 | Gibco | 11966-025 | |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| II型胶原酶 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350A |
| 台盼蓝染色试剂盒 | Beyotime | ST798 | |
| 氧化应激检测 | MDA检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A003-4-1 |
| LDH检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A020-2-2 | |
| SOD检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A001-3-2 | |
| ATP检测 | ATP生物发光试剂盒 | Invitrogen | A22066 |
| ROS检测 | H2DCFDA探针 | MedChemExpress | HY-D0940 |
| MitoSOX Red 线粒体超氧化物指示剂 | Med Chem Express | HY-D1055 | |
| 二氢乙啶 | Med Chem Express | HY-D0079 | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1荧光探针 | Beyotime | C2005 |
| 线粒体功能检测 | 线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 |
| Seahorse XF96 细胞外通量分析仪 | Agilent | -- | |
| 生化检测 | cTnI ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M1203 |
| LDH检测试剂盒 | Beckman Coulter | MAK066 | |
| MRI | BioSpec70/20 小动物MRI系统 | Bruker | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Vazyme | R411-01 |
| HiScript II Q Select SuperMix | Vazyme | R233-01 | |
| SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-02 | |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Applygen | C1053 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Biosharp | BL521A | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| ACSL4抗体 | Abcam | ab155282 | |
| NT5C2抗体 | Proteintech | 15223-1-AP | |
| PNP抗体 | Abclonal | A19885 | |
| BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| PHGDH抗体 | UpingBio | YP-mAb-12503 | |
| GAA抗体 | UpingBio | YP-mAb-12503 | |
| XPP1抗体 | UpingBio | YP-mAb-06825 | |
| ALDH1A抗体 | UpingBio | YP-mAb-11363 | |
| EPHB3抗体 | UpingBio | YP-mAb-12915 | |
| UMPS抗体 | Proteintech | 14830-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| HSP90抗体 | Proteintech | 13171-1-AP | |
| 铁离子检测 | FerroOrange荧光探针 | Dojindo | F374 |
| 脂质过氧化检测 | Liperfluo荧光探针 | Dojindo | L248 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内I/R模型 | 小鼠品系、性别、周龄;I/R手术方式(LAD结扎时间、再灌注时间);XTS给药剂量、途径、时间点;对照组设置(DMSO) 阅读提示:Materials and methods: Establishment of I/R models and drug administration; Figure 4A |
| 体外H/R模型 | 细胞类型(NRCM或H9c2);缺氧和复氧时间;XTS处理浓度;培养基及添加剂 阅读提示:Materials and methods: Isolation of neonatal rat cardiomyocytes (NRCMs), establishment of H/R model, and treatments; Figure 5 |
| 代谢组学分析 | 样本来源(心肌组织)、分组(P1/P56,MI/Sham);非靶向和靶向检测平台;数据处理参数(阈值) 阅读提示:Materials and methods: Untargeted metabolomics analysis; Targeted metabolomics analysis; Figure 2 |
| 分子机制验证 | DARTS实验条件(Pronase浓度);CETSA温度梯度;Western blot抗体信息;RNA-seq分组和处理 阅读提示:Materials and methods: Measurement of DARTS-LC/MS; Cellular thermal shift assay (CETSA); RNA-seq analysis; Figure 6, Figure 8 |