整合转录组学和代谢组学确认低温诱导神经元坏死性凋亡的氧化应激机制

Integrated transcriptomics and metabolomics confirms the oxidative stress mechanism of hypothermia-induced neuronal necroptosis.

作者信息Song-Jun Wang, Chao-Long Lu, Fu Zhang, Xue-Tong Dong, Xiao-Rui Su, Jing-Jing Sha, Bin Cong, Xia Liu
PMID40691547
发布时间2025-07-21
DOI10.1186/s11658-025-00772-0

实验完整度

高

包含体外细胞检测(流式、FJC)、动物模型(小鼠低温昏迷/冻死)、多组学分析(转录组、代谢组)、机制验证(蛋白表达、抑制剂干预)等多层级实验。

主要模型

C57BL/6N小鼠低温昏迷模型 C57BL/6N小鼠冻死模型 小鼠大脑皮层神经元

重点核对

小鼠品系和年龄:8周龄雄性C57BL/6N小鼠 低温暴露条件:2–6℃环境,HP90min组暴露90分钟 NF-κB抑制剂处理:SC75741剂量1 mg/kg,腹腔注射,暴露前1小时给药 核心温度监测:通过腹腔植入胶囊监测核心温度 分组:对照组(CON)、低温昏迷组(HP90min)、冻死组(FD)

摘要

异常气候变化严重危害户外工作和生活的安全,常导致低温引起的昏迷或死亡。由于潜在机制尚未完全阐明,针对低温引发的神经元损伤的靶向治疗和致命性低温的法医病理学指标缺乏。在此,我们旨在探索低温诱导的大脑皮层组织基因表达和代谢物谱的变化,以阐明低温促进大脑皮层神经元坏死性凋亡的机制。流式细胞术和Fluoro-Jade C染色显示低温引起大脑皮层神经元坏死性凋亡。转录组学鉴定出低温暴露的皮层组织与对照组之间有244个差异基因。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析显示,这些基因富集在肿瘤坏死因子(TNF)-α和核因子(NF)-κB信号通路。广泛靶向代谢组学鉴定出49种显著差异代谢物。N-α-乙酰-L-精氨酸、精氨基琥珀酸、戊二酸等鸟氨酸循环相关代谢物在低温暴露的皮层组织中显著降低,驱动三羧酸(TCA)循环中富马酸减少。此外,KEGG富集分析显示TCA循环通路显著变化。转录组和代谢组联合分析揭示,低温通过NF-κB激活诱导氧化应激,引起线粒体损伤,损害鸟氨酸循环,最终诱导神经元坏死性凋亡。NF-κB抑制剂SC75741的药理学抑制有效改善了低温触发的坏死性凋亡。总之,我们的结果表明NF-κB转录因子是小鼠大脑皮层低温诱导神经元坏死性凋亡的潜在标志物。此外,我们的发现揭示了低温引起的大脑皮层神经元坏死性凋亡的机制,这有利于我们理解低温引起的昏迷和死亡。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
低温如何影响大脑皮层神经元的基因表达和代谢物谱,以及其诱导神经元坏死性凋亡的机制是什么?
核心机制
低温激活NF-κB-iNOS信号通路,消耗精氨酸产生NO,引起氧化应激,损伤线粒体,破坏TCA循环,最终导致神经元坏死性凋亡。
主要证据
转录组学和代谢组学联合分析发现NF-κB、iNOS等通路激活;RT-qPCR、Western blot、IHC证实TNF-α、NF-κB、iNOS、3-NT蛋白表达升高;ELISA显示氧化应激标志物4-HNE和8-epi-PGF2α升高;SC75741抑制剂减轻神经元坏死和氧化应激。
研究意义
研究为低温昏迷的临床治疗和法医病理学鉴定致命性低温提供潜在证据和分子标志物。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

模型制备与分组

建立低温昏迷和冻死小鼠模型,观察行为学和核心体温变化。

将小鼠随机分为对照组、低温昏迷组(2-6℃暴露90分钟)和冻死组(2-6℃暴露至死亡),记录核心体温和行为表现。

2

神经变性死亡检测

检测低温是否引起大脑皮层神经元变性和死亡,并确定死亡类型。

采用FJC染色和流式细胞术检测神经元变性和坏死性凋亡比例,TEM观察细胞超微结构。

3

转录组学分析

鉴定低温暴露后大脑皮层组织的差异表达基因及相关信号通路。

提取RNA进行转录组测序,分析差异表达基因并进行GO、KEGG等通路富集分析。

4

代谢组学分析

鉴定低温暴露后大脑皮层组织的差异代谢物及相关代谢通路。

使用广泛靶向代谢组学分析皮层组织代谢物,并进行OPLS-DA和KEGG通路富集分析。

5

整合多组学分析

整合转录组和代谢组数据,揭示低温诱导神经元坏死性凋亡的分子机制。

联合分析差异基因和差异代谢物,构建关联网络,推测NF-κB-iNOS信号通路的作用。

6

机制验证

验证NF-κB-iNOS通路在低温诱导氧化应激和坏死性凋亡中的作用。

通过RT-qPCR、Western blot、IHC检测TNF-α、NF-κB、iNOS、3-NT等表达,ELISA检测氧化应激标志物。

7

药理学干预

验证抑制NF-κB是否能减轻低温诱导的神经元坏死和氧化应激。

在低温暴露前1小时腹腔注射SC75741(1 mg/kg),检测FJC染色、流式凋亡、氧化应激标志物和体温。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
SC75741----
异氟烷----
Fluoro-Jade CBiosensis Pty, Ltd.TR-100-FJT
膜联蛋白V/7-AAD----
日立HT7800Hitachi--
液相色谱-电喷雾电离-串联质谱Wuhan Maiwei Biotechnology Co., Ltd.--
TRIzol试剂----
NanoDrop 2000分光光度计Thermo Scientific--
Agilent 2100生物分析仪Agilent Technologies--
VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒----
NanoDrop ND-1000分光光度计NanoDrop Technologies--
PrimerScript RT试剂盒(含gDNA Eraser)Takara Bio Inc.--
TB Green Premix Ex Taq IITakara Bio Inc.--
ABI 7500序列检测系统Applied Biosystems--
抗NF-κB P65抗体Abcamab32536
抗iNOS抗体Abcamab283655
抗3-NT抗体Abcamab61392
抗CD63抗体Abcamab217345
抗CD81抗体Abcamab109201
抗p-MLKL抗体Abcamab196436
哺乳动物蛋白提取试剂Pierce--
BCA蛋白浓度测定试剂盒----
抗TNF-α抗体Abcamab1793
抗Caspase-8抗体Proteintech Group, Inc.13423-1-AP
抗RIPK1抗体Proteintech Group, Inc.17519-1-AP
抗RIPK3抗体Proteintech Group, Inc.17563-1-AP
4-HNE ELISA试剂盒--E-EL-0128c
8-epi-PGF2α ELISA试剂盒--E-EL-0041c
Elabscience活性氧荧光检测试剂盒(绿色)Elabscience--
DCFH-DA探针----
贝克曼库尔特FC 500流式细胞仪Beckman Coulter--
CytoFlex SRT流式细胞仪Beckman Coulter--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
动物模型制备
小鼠品系、性别、年龄、体重;环境温度、湿度、风速;低温暴露时间;核心体温监测方法;分组设置
阅读提示:Materials and methods: Experimental animals, Model preparation and sample extraction
NF-κB抑制实验
SC75741剂量、给药途径、给药时间、溶剂配方
阅读提示:Materials and methods: Model preparation and sample extraction
转录组学分析
样本数量(每组3个,每个来自3只小鼠)、RNA提取方法、文库制备试剂盒、测序平台、差异表达基因筛选标准
阅读提示:Materials and methods: Transcriptome analysis
代谢组学分析
样本数量(每组8只)、组织提取方法、质谱系统、数据软件
阅读提示:Materials and methods: Metabolome analysis
ROS检测
探针浓度、孵育时间、流式细胞仪型号、检测通道、细胞数量
阅读提示:Materials and methods: Reactive oxygen species (ROS) assay