模型制备与分组
建立低温昏迷和冻死小鼠模型,观察行为学和核心体温变化。
将小鼠随机分为对照组、低温昏迷组(2-6℃暴露90分钟)和冻死组(2-6℃暴露至死亡),记录核心体温和行为表现。
Integrated transcriptomics and metabolomics confirms the oxidative stress mechanism of hypothermia-induced neuronal necroptosis.
包含体外细胞检测(流式、FJC)、动物模型(小鼠低温昏迷/冻死)、多组学分析(转录组、代谢组)、机制验证(蛋白表达、抑制剂干预)等多层级实验。
C57BL/6N小鼠低温昏迷模型 C57BL/6N小鼠冻死模型 小鼠大脑皮层神经元
小鼠品系和年龄:8周龄雄性C57BL/6N小鼠 低温暴露条件:2–6℃环境,HP90min组暴露90分钟 NF-κB抑制剂处理:SC75741剂量1 mg/kg,腹腔注射,暴露前1小时给药 核心温度监测:通过腹腔植入胶囊监测核心温度 分组:对照组(CON)、低温昏迷组(HP90min)、冻死组(FD)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立低温昏迷和冻死小鼠模型,观察行为学和核心体温变化。
将小鼠随机分为对照组、低温昏迷组(2-6℃暴露90分钟)和冻死组(2-6℃暴露至死亡),记录核心体温和行为表现。
检测低温是否引起大脑皮层神经元变性和死亡,并确定死亡类型。
采用FJC染色和流式细胞术检测神经元变性和坏死性凋亡比例,TEM观察细胞超微结构。
鉴定低温暴露后大脑皮层组织的差异表达基因及相关信号通路。
提取RNA进行转录组测序,分析差异表达基因并进行GO、KEGG等通路富集分析。
鉴定低温暴露后大脑皮层组织的差异代谢物及相关代谢通路。
使用广泛靶向代谢组学分析皮层组织代谢物,并进行OPLS-DA和KEGG通路富集分析。
整合转录组和代谢组数据,揭示低温诱导神经元坏死性凋亡的分子机制。
联合分析差异基因和差异代谢物,构建关联网络,推测NF-κB-iNOS信号通路的作用。
验证NF-κB-iNOS通路在低温诱导氧化应激和坏死性凋亡中的作用。
通过RT-qPCR、Western blot、IHC检测TNF-α、NF-κB、iNOS、3-NT等表达,ELISA检测氧化应激标志物。
验证抑制NF-κB是否能减轻低温诱导的神经元坏死和氧化应激。
在低温暴露前1小时腹腔注射SC75741(1 mg/kg),检测FJC染色、流式凋亡、氧化应激标志物和体温。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | SC75741 | -- | -- |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| FJC染色 | Fluoro-Jade C | Biosensis Pty, Ltd. | TR-100-FJT |
| 流式细胞术 | 膜联蛋白V/7-AAD | -- | -- |
| 透射电镜 | 日立HT7800 | Hitachi | -- |
| 代谢组学 | 液相色谱-电喷雾电离-串联质谱 | Wuhan Maiwei Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 转录组学 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Scientific | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| VAHTS Universal V6 RNA-seq文库制备试剂盒 | -- | -- | |
| RT-qPCR | NanoDrop ND-1000分光光度计 | NanoDrop Technologies | -- |
| PrimerScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara Bio Inc. | -- | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara Bio Inc. | -- | |
| ABI 7500序列检测系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗NF-κB P65抗体 | Abcam | ab32536 |
| 抗iNOS抗体 | Abcam | ab283655 | |
| 抗3-NT抗体 | Abcam | ab61392 | |
| 抗CD63抗体 | Abcam | ab217345 | |
| 抗CD81抗体 | Abcam | ab109201 | |
| 抗p-MLKL抗体 | Abcam | ab196436 | |
| Western blotting | 哺乳动物蛋白提取试剂 | Pierce | -- |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | -- | -- | |
| 抗TNF-α抗体 | Abcam | ab1793 | |
| 抗Caspase-8抗体 | Proteintech Group, Inc. | 13423-1-AP | |
| 抗RIPK1抗体 | Proteintech Group, Inc. | 17519-1-AP | |
| 抗RIPK3抗体 | Proteintech Group, Inc. | 17563-1-AP | |
| ELISA | 4-HNE ELISA试剂盒 | -- | E-EL-0128c |
| 8-epi-PGF2α ELISA试剂盒 | -- | E-EL-0041c | |
| ROS检测 | Elabscience活性氧荧光检测试剂盒(绿色) | Elabscience | -- |
| DCFH-DA探针 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | 贝克曼库尔特FC 500流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| CytoFlex SRT流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型制备 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;环境温度、湿度、风速;低温暴露时间;核心体温监测方法;分组设置 阅读提示:Materials and methods: Experimental animals, Model preparation and sample extraction |
| NF-κB抑制实验 | SC75741剂量、给药途径、给药时间、溶剂配方 阅读提示:Materials and methods: Model preparation and sample extraction |
| 转录组学分析 | 样本数量(每组3个,每个来自3只小鼠)、RNA提取方法、文库制备试剂盒、测序平台、差异表达基因筛选标准 阅读提示:Materials and methods: Transcriptome analysis |
| 代谢组学分析 | 样本数量(每组8只)、组织提取方法、质谱系统、数据软件 阅读提示:Materials and methods: Metabolome analysis |
| ROS检测 | 探针浓度、孵育时间、流式细胞仪型号、检测通道、细胞数量 阅读提示:Materials and methods: Reactive oxygen species (ROS) assay |