生物信息学分析
预测EphA2在子宫内膜异位症中的表达及潜在功能。
利用GEO数据集GSE25826分析EphA2表达、免疫浸润及通路富集。
Targeting EphA2 suppresses the proliferation, migration and invasion of endometriosis via the AMPK signaling pathway.
包含临床样本验证、原代细胞功能实验和机制研究,但缺乏动物模型和体内验证。
原代在位子宫内膜异位基质细胞 子宫内膜异位症患者组织样本
原代在位子宫内膜异位基质细胞分离于子宫内膜异位症患者的在位内膜 si-EphA2转染和ALW-II-41-27处理浓度及时间(48小时) EphA2表达水平在异位和在位内膜中升高 AMPK磷酸化水平变化 细胞增殖、迁移和侵袭检测方法及时间点
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测EphA2在子宫内膜异位症中的表达及潜在功能。
利用GEO数据集GSE25826分析EphA2表达、免疫浸润及通路富集。
验证EphA2在子宫内膜异位症组织中的表达水平。
收集子宫内膜异位症患者和对照的正常内膜组织,通过RT-qPCR、Western blot和免疫组化检测EphA2表达。
获取并验证原代在位子宫内膜异位基质细胞。
从子宫内膜异位症患者的在位内膜分离基质细胞,通过免疫组化鉴定Vimentin和CK19表达。
探究EphA2对细胞生物学行为及AMPK通路的影响。
使用si-EphA2转染或ALW-II-41-27处理原代细胞,检测EphA2和AMPK蛋白表达。
评估EphA2对细胞增殖、迁移、侵袭及凋亡的影响。
通过CCK8、集落形成、划痕愈合、Transwell迁移和侵袭、流式凋亡实验检测细胞行为。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | EphA2抗体 | Cell Signaling Technology | #6997 |
| CK19抗体 | Servicebio | GB15198-100 | |
| Vimentin抗体 | Servicebio | GB11192-100 | |
| HRP标记二抗 | Servicebio | G1213-100UL | |
| 抗原修复液 | Servicebio | G1202 | |
| 细胞分离培养 | IV型胶原酶 | Solarbio | C8160 |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Servicebio | G4003-100M | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 药物处理 | ALW-II-41-27 | Absin Bioscience Inc. | abs818923-10 mg |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 逆转录试剂盒 | Vazyme | R211-01 | |
| qPCR试剂 | Vazyme | Q712-02 | |
| Lightcycler 4800II荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blot | 细胞裂解液 | Beyotime Biotech Inc. | P0013 |
| 上样缓冲液 | Servicebio | G2075-1ML | |
| EphA2抗体 | Cell Signaling Technology | #6997 | |
| p-AMPK抗体 | Abmart | TA3423S | |
| AMPK抗体 | Wanleibio | WL02254 | |
| Caspase3抗体 | Abmart | T40044F | |
| Bax抗体 | Wanleibio | WL01637 | |
| Bcl-2抗体 | Abmart | T40056F | |
| GAPDH抗体 | HuaBio | ET1601-4 | |
| HRP标记二抗 | HuaBio | HA1001 | |
| ECL化学发光试剂 | Vazyme | E422-01 | |
| 凝胶成像系统 | Bio-Rad Laboratories Inc. | -- | |
| CCK8实验 | CCK8试剂 | Servicebio | G4103-5ML |
| Envision多功能酶标仪 | PerkinsElmer | -- | |
| 划痕实验 | 倒置显微镜(Olympus IX71) | Olympus | IX71 |
| Transwell侵袭实验 | 基质胶 | NEST Biotechnology | 211222 |
| 凋亡检测 | 流式凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| Annexin V-FITC和PI | -- | -- | |
| 流式细胞仪(CytoFlex) | Beckman Coulter | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本来源、纳入和排除标准、样本量(每组9例)、伦理审批信息 阅读提示:Materials and Methods: Ethics statement and clinical samples |
| 原代细胞分离和培养 | 组织来源、胶原酶IV浓度和消化时间、培养基成分、培养条件(37°C, 5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Isolation and culture of primary eutopic endometriotic stromal cell |
| EphA2敲低 | si-EphA2序列、转染试剂、转染时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods: Cell transfection and drug treatment; Figure 3D |
| 药物处理 | ALW-II-41-27浓度梯度、溶剂(DMSO)、处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and Methods: Cell transfection and drug treatment |
| Western blot | 抗体稀释比例(1:1000)、封闭条件、二抗稀释比例(1:1000)、ECL检测 阅读提示:Materials and Methods: Western blot |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度(1×10^4/孔)、CCK8孵育时间(2小时)、测量波长(260 nm)、集落形成实验细胞数(500个/孔)和培养时间(2周) 阅读提示:Materials and Methods: Cell counting kit-8 assay, Colony formation assay |
| 细胞迁移和侵袭检测 | 细胞接种密度(1×10^4/孔)、无血清培养基、Matrigel包被条件、观察时间点(0, 24, 48小时) 阅读提示:Materials and Methods: Wound healing assay, Transwell migration assay, Transwell invasion assay |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC和PI染色步骤、孵育时间(15分钟) 阅读提示:Materials and Methods: Apoptosis assay by flow cytometry |
| 统计分析 | 统计检验方法(t检验、ANOVA)、样本量(至少三次独立实验)、显著性阈值(p<0.05) 阅读提示:Materials and Methods: Statistical analysis |