患者样本病理特征评估
比较ECRSwNP、nECRSwNP和对照组鼻黏膜中焦亡相关标志物的表达和炎性细胞浸润。
对鼻息肉组织和对照黏膜进行H&E染色和IHC染色,检测NLRP3、IL-1β;IF染色检测cleaved GSDMD和Caspase-1。
Activation of pyroptosis impairs basal cell differentiation in the nasal epithelium in chronic rhinosinusitis with nasal polyps.
包含患者样本的IHC和IF检测、原代细胞和细胞系的体外功能实验、Western blot和RT-qPCR验证,以及RNA-seq通路分析,但缺乏体内模型验证。
原代人鼻上皮细胞(HNEpCs) RPMI-2650基底细胞系 CRSwNP患者鼻组织样本 CRSwNP患者外周血清
血清处理浓度和时间:稀释血清处理72小时 细胞因子处理浓度:IL-5和IL-17A均为100 ng/mL处理24小时或72小时 焦亡抑制剂DMF浓度:50 μM 抗体信息:NLRP3 (19771-1-AP),IL-1β (ab283818),Caspase-1 (2225T),cleaved Caspase-1 (4199T),GSDMD (20770-1-AP)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较ECRSwNP、nECRSwNP和对照组鼻黏膜中焦亡相关标志物的表达和炎性细胞浸润。
对鼻息肉组织和对照黏膜进行H&E染色和IHC染色,检测NLRP3、IL-1β;IF染色检测cleaved GSDMD和Caspase-1。
验证CRSwNP患者外周血清是否能诱导基底细胞焦亡。
用来自ECRSwNP或nECRSwNP患者的稀释血清处理RPMI-2650细胞72小时,通过免疫细胞化学和Western blot检测焦亡标志物(cleaved GSDMD、Caspase-1、NLRP3)。
确定IL-5和IL-17A是否分别触发ECRSwNP和nECRSwNP的焦亡,以及焦亡抑制剂DMF的作用。
用IL-5或IL-17A处理HNEpCs细胞24小时,检测焦亡标志物;同时使用DMF共处理,观察抑制效果。
揭示IL-5和IL-17A刺激后基底细胞中差异表达基因和富集通路,以及DMF处理后的逆转情况。
对IL-5或IL-17A处理的RPMI-2650细胞进行RNA-seq,并在DMF处理后再次分析,使用DESeq2和DAVID进行差异表达和通路富集分析。
验证焦亡激活对基底细胞分化方向的影响以及抑制焦亡的恢复作用。
通过RT-qPCR检测杯状细胞标志物(CLCA1、MUC5AC)和纤毛细胞标志物(DNAI2、FOXJ1)的mRNA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学/免疫荧光 | 抗IL-1β抗体 | Abcam | ab283818 |
| 蛋白质印迹 | 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-1g |
| 蛋白质印迹/免疫组织化学 | 抗NLRP3抗体 | Proteintech | 19771-1-AP |
| 抗GSDMD抗体 | Proteintech | 20770-1-AP | |
| 蛋白质印迹 | 抗Caspase-1抗体 | Cell Signaling Technology | 2225T |
| 抗裂解Caspase-1抗体 | Cell Signaling Technology | 4199T | |
| 免疫荧光 | 驴抗兔IgG(H+L)交叉吸附二抗,DyLight 488 | Invitrogen | SA5-10038 |
| 驴抗鼠IgG(H+L)交叉吸附二抗,DyLight 650 | Invitrogen | SA5-10169 | |
| DAPI | Invitrogen | D1306 | |
| 免疫组织化学 | 山羊抗兔IgG(H+L)(过氧化物酶/HRP偶联) | Elabscience | E-AB-1003 |
| 山羊抗鼠IgG(H+L)(过氧化物酶/HRP偶联) | Elabscience | E-AB-1001 | |
| 细胞因子处理 | 重组人IL-5蛋白 | 上海翊圣生物科技有限公司 | 90106ES10 |
| 重组人IL-17A蛋白 | PeproTech | 200-17 | |
| 蛋白质印迹 | ECL底物试剂盒 | 大连美仑生物技术有限公司 | MA0186-2 |
| 细胞培养 | 分散酶II | Stem Cell Technology | -- |
| 胰蛋白酶 | Invitrogen | -- | |
| Transwell小室 | Corning | -- | |
| I型胶原 | Sigma | -- | |
| DMEM培养基 | Sigma | -- | |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 支气管上皮生长培养基 | -- | -- | |
| DMEM/F12培养基 | Sigma | -- | |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 胰蛋白酶(2.5%) | Gibco | -- | |
| 细胞因子处理 | 富马酸二甲酯 | Sigma | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Yeasen | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| SDS-PAGE凝胶(4-20%) | -- | -- | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| Image Lab软件6.0 | Bio-Rad Laboratories | -- | |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂 | Vazyme Biotech | -- |
| HiScript III RT SuperMix(qPCR用) | Vazyme Biotech | -- | |
| Taq Pro Universal SYBR qPCR预混液 | Vazyme Biotech | -- | |
| RNA-seq | Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| VAHTS Universal V8 RNA-seq文库制备试剂盒 | Vazyme Biotech | NRM605-02 | |
| VAHTS RNA接头套装8(MGI用) | Vazyme Biotech | NM208-01 | |
| Qubit 4.0荧光计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| MGI-SEQ 2000平台 | BGI Group | -- | |
| 影像学检查 | Discovery CT750 HD | GE Healthcare | -- |
| 免疫组织化学/免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | Yeasen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | 样本类型:鼻息肉组织和中鼻甲黏膜;患者分组:ECRSwNP和nECRSwNP;样本量:31例CRSwNP(16例ECRSwNP、15例nECRSwNP)和13例对照;排除标准:3个月内使用抗生素或口服皮质类固醇等。 阅读提示:Materials and methods, Patients 和 Human specimen collection |
| 细胞培养与处理 | HNEpCs的分离和培养方法;RPMI-2650细胞培养条件;血清处理浓度和时间:稀释血清处理72小时;细胞因子浓度:IL-5和IL-17A均为100 ng/mL;DMF浓度:50 μM;处理时间:24小时或72小时。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture 和 Stimulation assays |
| 焦亡标志物检测 | 抗体信息:NLRP3 (19771-1-AP),IL-1β (ab283818),Caspase-1 (2225T),cleaved Caspase-1 (4199T),GSDMD (20770-1-AP);稀释度:IHC 1:500,Western blot一抗稀释度如NLRP3 1:1000等。 阅读提示:Materials and methods, Reagents, Immunohistochemical and immunofluorescent staining, Western blotting |
| RT-qPCR | 引物序列;内参基因:GAPDH;循环条件:95°C 3分钟,40个循环95°C 15秒,60°C 30秒。 阅读提示:Materials and methods, RT-qPCR |
| RNA-seq | 文库制备试剂盒和平台:VAHTS Universal V8 RNA-Seq Library Prep kit,MGI-SEQ 2000平台;比对和差异表达分析软件:HISAT2、featureCounts、DESeq2;功能注释:DAVID。 阅读提示:Materials and methods, RNA-sequencing (seq) |