OSC对SrtA酶活性的抑制筛选
筛选能够抑制SrtA酶活性的化合物,并确定OSC的抑制效力
利用FRET实验,在40种化合物中筛选出OSC,测定不同浓度OSC对SrtA切割荧光底物的抑制率,计算IC50值。
Disarming the Pathogenicity of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus via Osmundacetone-Mediated Inhibition of Sortase A.
包含体外酶活筛选(FRET)、细胞实验(A549细胞粘附/侵袭/活死染色)、分子机制验证(荧光猝灭、分子对接、定点突变)以及两种动物模型(G. mellonella和小鼠肺炎模型)等独立证据层级,并进行功能与机制验证。
S. aureus USA300 (ATCC BAA-1717)及ΔsrtA突变株 A549细胞系 G. mellonella幼虫感染模型 C57BL/6J小鼠肺炎感染模型
OSC抑制SrtA的IC50为1.29 μg/mL,通过FRET法测定 OSC在0-64 μg/mL浓度范围内对S. aureus无抗菌作用(MIC>512 μg/mL)且不抑制细菌生长 OSC(40 mg/kg)治疗显著提高MRSA感染小鼠存活率至60% SrtA活性位点残基Gly167、Val168、Gln178、Lys175对OSC结合至关重要 OSC可逆性抑制SrtA,活性恢复达81.93%±1.92%
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选能够抑制SrtA酶活性的化合物,并确定OSC的抑制效力
利用FRET实验,在40种化合物中筛选出OSC,测定不同浓度OSC对SrtA切割荧光底物的抑制率,计算IC50值。
确认OSC不直接杀死细菌,而是通过抗毒力机制发挥作用
通过肉汤微量稀释法测定OSC对S. aureus的MIC,并绘制生长曲线,观察OSC对细菌生长的影响。
验证OSC抑制SrtA介导的毒力表型,包括粘附、侵袭和生物膜形成
通过纤维蛋白原粘附实验、A549细胞侵袭实验和生物膜形成实验(结晶紫染色、CLSM)评估OSC的作用。
探究OSC是否影响SrtA介导的SpA在细菌表面的展示
用FITC标记的IgG结合实验和流式细胞术检测OSC处理后SpA的水平,并用RT-qPCR检测相关基因转录水平。
揭示OSC与SrtA的结合模式、结合位点和可逆性
采用Western blot验证OSC不影响SrtA表达;荧光猝灭实验测定结合常数;分子对接预测结合位点;定点突变和FRET验证关键残基;可逆抑制实验检测抑制的可逆性。
评估OSC对MRSA感染的体内保护效果
建立G. mellonella感染模型,比较WT、ΔsrtA、OSC处理和万古霉素组的存活率、细菌载量和黑化程度。
进一步验证OSC对MRSA引起的肺炎的体内治疗效果
建立小鼠肺炎感染模型,分为致死剂量和亚致死剂量组,评估OSC对存活率、肺细菌载量、肺水肿程度和炎症反应的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| SrtA蛋白表达与纯化 | pET28a-srtA ΔN59质粒 | -- | -- |
| 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷 | BioWorks Biotech | -- | |
| Ni-NTA系统 | Beyotime | -- | |
| SrtA活性筛选 | Abz-LPATG-Dap(Dnp)-NH2 | LifeTein LLC | -- |
| 酶标仪 | TECAN | M1000 | |
| 分子克隆与定点突变 | XhoI和BamHI限制性内切酶 | NEB | -- |
| QuikChange定点突变试剂盒 | Stratagene | -- | |
| 细胞培养与细胞毒性检测 | A549细胞 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| MTT | Beyotime | -- | |
| 细菌培养与MIC测定 | 胰蛋白胨大豆肉汤 | HopeBio | -- |
| 阳离子调节Mueller-Hinton肉汤 | Qingdao | -- | |
| 刃天青 | -- | -- | |
| 纤维蛋白原结合实验 | 纤维蛋白原 | Yuanye | -- |
| 牛血清白蛋白 | -- | -- | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 生物膜形成实验 | 兔血浆 | HopeBio | -- |
| 生物膜成像 | SYTO-9 | Yuanye | -- |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 流式细胞术检测SpA | FITC标记的兔抗羊IgG | Proteintech | -- |
| 流式细胞仪 | Beckman Coulter | CytoFlex | |
| 侵袭实验 | 庆大霉素 | -- | -- |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 活死细胞实验 | Calcein-AM/PI活死细胞活力/细胞毒性检测试剂盒 | Baiyoutian | -- |
| 荧光显微镜 | Leica Microsystems | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| Transcriptor第一链cDNA合成预混液(5X) | Beyotime | -- | |
| Fast Start Universal SYBR Green预混液 | Roche | -- | |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | 溶菌酶 | -- | -- |
| 溶葡萄球菌素 | -- | -- | |
| 多克隆抗SrtA抗体 | -- | -- | |
| HRP标记的山羊抗兔抗体 | Beyotime | -- | |
| ECL Plus化学发光试剂 | Beyotime | -- | |
| 荧光猝灭实验 | 荧光分光光度计 | -- | -- |
| 分子对接 | AutoDock Vina | -- | 1.57 |
| ChemBio3D Ultra | -- | 12.0 | |
| ABEE | -- | -- | |
| G. mellonella感染模型 | 万古霉素 | -- | -- |
| 小鼠肺炎模型 | 异氟烷 | -- | -- |
| 流式细胞术检测小鼠肺部炎症 | PE标记的抗小鼠/人CD11b抗体 | Elabscience | -- |
| FITC标记的抗小鼠Ly6G抗体 | Elabscience | -- | |
| 数据分析 | GraphPad Prism | -- | 8.0 |
| 数据处理 | ImageJ | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SrtA抑制活性筛选 | SrtA蛋白来源和纯度;底物肽Abz-LPATG-Dap(Dnp)-NH2浓度;反应缓冲液组成(50 mM Tris, 150 mM NaCl, 5 mM CaCl2, pH 7.4);OSC浓度梯度;孵育时间和温度 阅读提示:Materials and Methods 2.4, Figure 1d |
| MIC和生长曲线测定 | 菌株(USA300和ΔsrtA);培养基(CAMHB和TSB);接种浓度(8×10^7-8×10^8 CFU/mL);OSC浓度范围(8-1024 μg/mL);刃天青浓度(5 mg/mL);孵育时间(16 h) 阅读提示:Materials and Methods 2.6, Figure 1e,f |
| 细胞毒性检测 | A549细胞密度(5×10^4 cells/well);OSC浓度范围(0-64 μg/mL);孵育时间(12 h);MTT浓度(5 mg/mL) 阅读提示:Materials and Methods 2.7, Figure 1g |
| 纤维蛋白原结合实验 | 纤维蛋白原浓度(20 μg/mL);BSA封闭浓度(0.5%);OSC浓度范围(0-64 μg/mL);细菌浓度(6×10^7-6×10^8 CFU/mL) 阅读提示:Materials and Methods 2.8, Figure 2a |
| 侵袭实验 | A549细胞密度(1×10^5 cells/well);细菌感染浓度(1×10^5 CFU/mL);OSC浓度(32-64 μg/mL);庆大霉素浓度(300 μg/mL) 阅读提示:Materials and Methods 2.12, Figure 2b-d |
| 生物膜形成实验 | 细菌培养条件(BHI, 37°C, 220 rpm);稀释比例(1:100);细菌浓度(3×10^7-3×10^8 CFU/mL);兔血浆包被(20%);OSC浓度(0-64 μg/mL);孵育时间(16 h) 阅读提示:Materials and Methods 2.9, Figure 2e |
| SpA表达检测 | OSC浓度(32-64 μg/mL);FITC-IgG稀释比(1:200);流式细胞仪设置 阅读提示:Materials and Methods 2.11, Figure 3c |
| 机制研究 | 荧光猝灭实验条件(SrtA浓度、OSC浓度0.1-0.5 μg/mL);分子对接参数(网格坐标、尺寸);突变体构建(G167A、V168A、L175A、Q178A) 阅读提示:Materials and Methods 2.16, 2.17, Figure 4 |
| G. mellonella感染模型 | 感染剂量(5×10^8 CFU/10 μL);OSC剂量(40 mg/kg);万古霉素剂量(40 mg/kg);观察时间(96 h) 阅读提示:Materials and Methods 2.18, Figure 5 |
| 小鼠肺炎模型 | 小鼠品系和年龄(C57BL/6J, 6-8周龄);感染剂量(致死2×10^8 CFU,亚致死1×10^8 CFU);OSC剂量(40 mg/kg),给药方式(皮下注射),频率(每12 h);检测时间点(24 h) 阅读提示:Materials and Methods 2.19, Figure 6 |