生物信息学分析
鉴定差异表达基因和相关信号通路,探索AMPK/NF-κB/SHP1/SHP2/STING通路的关联。
从GEO下载GSE44037数据集,包含5个AR样本和6个健康对照,用limma包识别差异表达基因(|log2FC|>1, P<0.05),进行GO和KEGG富集分析,并计算基因间相关性。
Treatment with human placental extracts inhibits allergic rhinitis by modulating AMPK/SHP1/SHP2/STING signaling.
包含生物信息学分析、OVA诱导的大鼠AR模型、体内HPE干预和AMPK抑制剂处理、体外巨噬细胞模型、Western blot和ELISA验证。
OVA诱导的过敏性鼻炎SD大鼠模型 LPS和IFN-γ诱导的肺泡巨噬细胞模型 GSE44037数据集
OVA致敏和激发方案:腹腔注射0.3 mg OVA和30 mg Al(OH)3,第1、3、5、7、9、11、13天;第15-17天鼻内给予50 mg/ml OVA 20 μl/只,第18-21天给予100 mg/ml OVA 20 μl/只。 HPE处理:模型+HPE组腹腔注射5 ml/kg HPE,第28-46天;模型+HPE+AMPK抑制剂组静脉注射10 mg/kg AMPK抑制剂和腹腔注射5 ml/kg HPE,第28-46天。 细胞处理:LPS 1 μg/ml、IFN-γ 20 ng/ml、HPE 40 ng/ml、AMPK抑制剂dorsomorphin 2HCl 5 μM、NSC-87877 5 μM、DMXAA 100 μg/ml,处理24小时。 样本量:每组8只大鼠;细胞实验重复三次。 统计方法:one-way ANOVA和Tukey's HSD post hoc检验,P<0.05为差异显著。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定差异表达基因和相关信号通路,探索AMPK/NF-κB/SHP1/SHP2/STING通路的关联。
从GEO下载GSE44037数据集,包含5个AR样本和6个健康对照,用limma包识别差异表达基因(|log2FC|>1, P<0.05),进行GO和KEGG富集分析,并计算基因间相关性。
验证HPE对OVA诱导的AR大鼠的治疗作用,并探究AMPK信号的作用。
32只SD大鼠随机分为Sham、模型、模型+HPE、模型+HPE+AMPK抑制剂四组(每组8只)。除Sham组外,其余组用OVA致敏和激发建立AR模型。模型+HPE组腹腔注射HPE(5 ml/kg),模型+HPE+AMPK抑制剂组静脉注射AMPK抑制剂(10 mg/kg)和腹腔注射HPE(5 ml/kg),第28-46天。
评估HPE对OVA诱导的鼻黏膜形态学损伤的缓解作用。
分离鼻黏膜组织,固定、包埋、切片,进行H&E染色,观察组织学改变。
评估HPE对AR大鼠血清中炎症因子和抗体水平的影响。
收集腹主动脉血,离心分离血清,用ELISA试剂盒检测IL-1β、IFNβ、IFNα、MDA、SOD、IgE、IgG1、IgG2a和GSH水平。
验证HPE对AMPK/SHP1/SHP2/STING通路蛋白表达的影响。
裂解鼻黏膜组织,提取蛋白,BCA定量,SDS-PAGE电泳,转移至PVDF膜,孵育特异性一抗和二抗,ECL显色,检测p-AMPK/t-AMPK、p-SHP1/t-SHP1、p-SHP2/t-SHP2、p-STING/t-STING、p-TBK1/t-TBK1。
建立体外细胞模型,以研究HPE对巨噬细胞炎症反应的直接作用。
从正常大鼠肺泡灌洗液中分离肺泡巨噬细胞,通过CD68免疫荧光鉴定,培养于含10% FBS和1%青霉素/链霉素的DMEM中。
在体外验证HPE对LPS和IFN-γ诱导的巨噬细胞炎症的影响,并探究AMPK、SHP1/2、STING的作用。
将巨噬细胞分为6组:NC、LPS+IFN-γ、LPS+IFN-γ+HPE、LPS+IFN-γ+HPE+AMPK抑制剂、LPS+IFN-γ+HPE+NSC-87877、LPS+IFN-γ+HPE+DMXAA,处理24小时。收集细胞裂解液和上清进行后续检测。
评估HPE对巨噬细胞炎症相关蛋白和氧化应激指标的影响。
Western blot检测NOX4、p-AMPK/t-AMPK、p-SHP1/t-SHP1、p-SHP2/t-SHP2、p-STING/t-STING、p-TBK1/t-TBK1、NLRP3、IFNβ的表达;ELISA检测上清中IL-1β、IFNβ、IFNα、MDA、SOD、GSH水平。
评估HPE对巨噬细胞迁移能力的影响,探讨其在鼻黏膜重塑中的作用。
将巨噬细胞接种于Transwell上室,下室加入含10% FBS的DMEM,培养24小时后,固定、染色,显微镜下计数迁移细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 青霉素/链霉素溶液 | Beyotime Institute of Biotechnology | C0222 | |
| 胎牛血清 | Beyotime Institute of Biotechnology | C0226 | |
| 动物模型构建 | 卵清蛋白 | MilliporeSigma | -- |
| 氢氧化铝 | -- | -- | |
| 人胎盘提取物 | Handan Kangye Pharmaceutical Co., Ltd. | -- | |
| AMPK抑制剂dorsomorphin 2HCl | Beijing Baiolaibo Technology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞处理 | NSC-87877 | MedChemExpress | -- |
| DMXAA | MedChemExpress | -- | |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | Beyotime | PI303 |
| IFNβ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R0545 | |
| IFNα ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R3036 | |
| MDA ELISA试剂盒 | Beyotime | S0131S | |
| SOD ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R1424 | |
| IgE ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R0517 | |
| IgG1 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88-50500-88 | |
| IgG2a ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R2415 | |
| GSH ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0026 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime Institute of Biotechnology | P0013B |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ECL检测试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | P0018M | |
| p-AMPK抗体 | Abcam | ab133448 | |
| t-AMPK抗体 | Abcam | ab32047 | |
| p-STING抗体 | Abcam | ab318182 | |
| t-STING抗体 | Abcam | ab227128 | |
| p-TBK1抗体 | CST | 5483 | |
| t-TBK1抗体 | CST | 38066 | |
| p-SHP1抗体 | CST | 47696 | |
| t-SHP1抗体 | CST | 26516 | |
| p-SHP2抗体 | CST | 5431 | |
| t-SHP2抗体 | CST | 3397 | |
| NOX4抗体 | Beyotime | AF1498 | |
| NLRP3抗体 | Abcam | ab263899 | |
| IFNβ抗体 | Beyotime Institute of Biotechnology | AF7170 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab181602 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (HRP) | Abcam | ab6721 | |
| 免疫荧光 | CD68抗体 | Abcam | ab955 |
| FITC标记二抗 | Abcam | ab150113 | |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Beijing Baiolaibo Technology Co., Ltd. | -- |
| Western blot | Western blot电泳设备 | Shanghai Sevier Technology Co., Ltd. | -- |
| 细胞分离 | 裂解液 | Beyotime Institute of Biotechnology | C3702 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 大鼠AR模型建立 | OVA剂量和给药方案;HPE和AMPK抑制剂的剂量、给药途径和时间;大鼠品系、性别、周龄、体重和饲养条件。 阅读提示:Methods: Construction of a rat model of AR |
| 细胞模型建立和处理 | 肺泡巨噬细胞的分离方法和培养条件;LPS、IFN-γ、HPE、AMPK抑制剂、NSC-87877、DMXAA的浓度和处理时间;细胞分组。 阅读提示:Materials and methods: Cell model construction and grouping |
| 蛋白表达检测 | Western blot的抗体稀释比例、蛋白上样量、凝胶浓度;ELISA试剂盒的具体货号和检测指标。 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis of protein expression in the nasal mucosa; ELISA |
| 组织病理学评估 | 鼻黏膜组织的固定、包埋、切片厚度;H&E染色的具体步骤和试剂。 阅读提示:Materials and methods: Hematoxylin and eosin (H&E) staining of morphological changes in nasal mucosa |
| 统计设计 | 每组样本量;实验重复次数;统计方法和显著性水平。 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |