表达和临床意义分析
评估KCNJ2在ccRCC和正常组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关联。
使用TCGA-KIRC数据进行差异表达分析、临床相关性分析和生存分析。
KCNJ2 Facilitates Clear Cell Renal Cell Carcinoma Progression and Glucose Metabolism.
包含TCGA数据库分析及体外细胞实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭、代谢),但缺乏体内实验和临床样本验证。
A498细胞 786-O细胞 ACHN细胞 Caki-1细胞
A498细胞中KCNJ2敲低和过表达效率验证 细胞增殖实验的时间点(0, 24, 48, 72小时)及重复数 凋亡检测的试剂和方法 迁移和侵袭实验的细胞密度和培养条件 葡萄糖和ATP检测的归一化方法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估KCNJ2在ccRCC和正常组织中的表达差异及其与临床病理特征和预后的关联。
使用TCGA-KIRC数据进行差异表达分析、临床相关性分析和生存分析。
识别与KCNJ2共表达的基因,探索其潜在功能。
基于TCGA-KIRC基因表达数据构建共表达网络。
探究KCNJ2表达与免疫细胞浸润和免疫检查点的关联。
利用ESTIMATE和CIBERSORT算法评估免疫评分和免疫细胞浸润比例。
验证KCNJ2对ccRCC细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和葡萄糖代谢的影响。
在A498细胞中敲低和过表达KCNJ2,进行CCK-8、流式凋亡、伤口愈合、transwell、qRT-PCR、Western blot及代谢检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RIPA-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM/F-12培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Sigma | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAimax试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| KCNJ2小干扰RNA | Shanghai GenePharma Co | -- | |
| pcDNA 3.1载体质粒 | Sino Biological | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript RT-PCR试剂盒 | Takara | -- |
| Trizol试剂 | Takara Bio | -- | |
| SYBR qPCR预混液 | -- | -- | |
| Bio-Rad实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MERCK | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| KCNJ2抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| BAX抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| BCL2抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| N-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 流式凋亡检测 | Annexin V和碘化丙啶染色液 | -- | -- |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 迁移和侵袭检测 | Boyden小室 | Millipore | -- |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 代谢检测 | ATP检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 葡萄糖检测试剂 | Beyotime | -- | |
| LDH反应工作液 | Elabscience | -- | |
| 酶标仪 | Thermo | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、血清浓度、抗生素浓度 阅读提示:Methods 2.2 |
| 细胞转染 | siRNA和质粒浓度、转染试剂、转染时间 阅读提示:Methods 2.2.1 |
| 细胞增殖检测 | 细胞密度、CCK-8试剂处理时间、检测时间点、重复数 阅读提示:Methods 2.2 |
| 细胞凋亡检测 | 染色液组成、孵育时间、流式细胞仪设置 阅读提示:Methods 2.4 |
| 迁移和侵袭检测 | 细胞密度、基质胶使用、培养时间、固定和染色方法 阅读提示:Methods 2.4 |
| 葡萄糖代谢检测 | 细胞裂解方法、检测试剂、孵育温度和时长、归一化方式 阅读提示:Methods 2.4 |