微流控芯片制作与液滴系统建立
建立能够可控生成微凝胶的微流控平台,用于单细胞封装。
采用标准软光刻和微模塑法制备多层PDMS芯片,整合气动阀,通过全水相流体(核心流含海藻酸钠和葡聚糖,中间流含PEG,壳流含PEG和乙酸)生成液滴模板,并利用CaCO3释放Ca2+与海藻酸钠交联形成微凝胶。
Organoid in droplet: Production of uniform pancreatic cancer organoids from single cells.
包含微流控芯片制备、细胞封装、类器官培养、qPCR、RNA-seq、药物测试等明确实验步骤,并通过免疫荧光、活死染色、刚度测量等多层级验证。
胰腺癌类器官(PCOs,由患者手术样本来源的单细胞在微凝胶中培养) Panc-1细胞系 1.1B4细胞系
患者胰腺癌手术样本来源及伦理批准(伦理批准号:PJ-KS-KY-2023-162) 单细胞封装前的细胞密度为2.5×10^5 cells/mL 用于药物测试的类器官培养时间(1周或2周) 药物处理浓度(0-1000 μM)和处理时间(24小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立能够可控生成微凝胶的微流控平台,用于单细胞封装。
采用标准软光刻和微模塑法制备多层PDMS芯片,整合气动阀,通过全水相流体(核心流含海藻酸钠和葡聚糖,中间流含PEG,壳流含PEG和乙酸)生成液滴模板,并利用CaCO3释放Ca2+与海藻酸钠交联形成微凝胶。
验证单细胞封装效率和细胞活性。
将胰腺癌细胞系(1.1B4和Panc-1)和从临床样本建立的PCOs消化成单细胞,预处理CaCO3纳米颗粒后,以2.5×10^5 cells/mL密度在核心流中封装,形成单细胞微凝胶,并培养观察细胞球形成。
评估PCOs在微凝胶中的生长、均匀性和肿瘤标志物表达。
将患者来源的PCOs在微凝胶中培养长达10天,测量直径和生长曲线,通过免疫荧光和qPCR检测标志物(KRT19、KRT7、SOX9等),并与Matrigel培养的类器官比较。
比较微凝胶和Matrigel培养的PCOs的分子特征,验证药物代谢相关基因表达。
提取培养2周的Mi-organoids和Ma-organoids的mRNA进行RNA-seq分析,鉴定差异表达基因,并通过qPCR验证药物代谢相关基因(如CYP450家族)的表达。
评估PCOs对临床药物的反应性和重复性。
将培养1周或2周的PCOs用四种药物(吉西他滨、厄洛替尼、奥拉帕尼、5-氟尿嘧啶)处理24小时,CCK-8检测活性,并用免疫荧光检测Ki67和TUNEL以评估增殖和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 芯片制备 | 聚二甲基硅氧烷 | Dow Corning Corporation | 02085925 |
| SU-8 3035光刻胶 | MicroChem Corporation | Y311074 | |
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | 11965092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 16170078 | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma-Aldrich | P0781 | |
| 类器官培养 | 胶原酶II | Sigma | 1148090 |
| 基质胶 | Corning | 354230 | |
| 海藻酸钠 | 青岛海之林生物科技开发有限公司 | -- | |
| 氯化钙 | Aladdin | C118704 | |
| 氯化钠 | 天津大茂化学试剂 | 20200908 | |
| Advanced DMEM/F12培养基 | Thermo Fisher Scientific | 12634010 | |
| 谷氨酰胺补充剂 | Gibco | 35050061 | |
| B27添加剂 | Gibco | 10889038 | |
| R-spondin 1 | R&D | AF4645 | |
| Noggin | R&D | 6057-NG | |
| Wnt3a条件培养基 | MBL | J2-001 | |
| N-乙酰-L-半胱氨酸 | Sigma | A9165 | |
| 烟酰胺 | Sigma | N0636 | |
| 表皮生长因子 | Peprotech | GMP100-15 | |
| 成纤维细胞生长因子10 | Prepotech | 100-26 | |
| A83-01 | Selleck | S769201 | |
| 细胞消化 | TrypLE消化液 | Gibco | 12605010 |
| 微凝胶降解 | 海藻酸裂解酶 | Sigma | A1603 |
| 细胞预处理 | 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25200056 |
| 细胞筛网 | Falcon | 352340 | |
| 碳酸钙纳米颗粒 | XFNANO | XFI11-1 | |
| 无氯化钙DMEM | Gibco | 21068028 | |
| 针头式过滤器 | Millex | SLGPR33RB | |
| 微流控 | 葡聚糖 | GE | 17-0320-02 |
| 聚乙二醇 | Aladdin | P103730 | |
| 乙酸 | Aladdin | A298827 | |
| 压力泵 | Fluigent | -- | |
| 培养板 | 96孔培养板 | Corning | 3474 |
| 刚度测量 | 共聚焦培养皿 | Biosharp | BS-20-GJM |
| 壳聚糖 | Aladdin | C105799 | |
| Piuma纳米压痕仪 | Optics11 | -- | |
| SEM分析 | 冻干机 | SCIENTZ | SCIENTZ-10ND |
| 离子溅射仪 | KYKY | SBC-12 | |
| 扫描电子显微镜 | Hitachi | TM3000 | |
| 内毒素检测 | 内毒素检测试剂盒 | GenScript | L00350C |
| 酶标仪 | Tecan | Infinite | |
| 活死染色 | 活死细胞活力/细胞毒性检测试剂盒 | Gibco | L3224 |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Amresco | SH11087 |
| 封闭液 | ZSGB-BIO | ZLI-9022 | |
| 抗体稀释液 | ZSGB-BIO | ZLI-9028 | |
| 二抗 | Abcam | -- | |
| DAPI | CST | 4083 | |
| qPCR | Trizol试剂 | TAKARA | 9109 |
| 逆转录试剂盒 | TAKARA | RR037A | |
| SYBR Green试剂盒 | TAKARA | RR820 | |
| RNA-seq | KC-Digital链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Wuhan SeqHealth Co., Ltd. | DR08502 |
| Hiseq X 10测序仪 | Illumina | -- | |
| 药物测试 | 吉西他滨 | MeilunBio | MB5386 |
| 厄洛替尼 | MeilunBio | MB1734-1 | |
| 奥拉帕尼 | MeilunBio | MB1700 | |
| 5-氟尿嘧啶 | MeilunBio | MB1273 | |
| 自动移液工作站 | TIANGEN | AP400 | |
| 细胞计数试剂盒-8 | MeilunBio | MA0225 | |
| TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A321 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 微流控芯片制作 | PDMS与固化剂比例10:1,固化温度80°C和时间2小时,微通道尺寸(顶层高宽300 μm,中层高宽100 μm),阀周期和核心流速范围 阅读提示:见 Materials and methods 2.1 和 Figure 2B-E |
| 单细胞封装 | 细胞密度2.5×10^5 cells/mL,CaCO3浓度20 mg/mL,预处理过程(孵育15 min),洗涤步骤 阅读提示:见 Materials and methods 2.5 和 2.6,以及 Figure 3B |
| PCOs培养 | 微凝胶刚度(1% NaA)与肿瘤组织相似,培养时间10天,培养基组成(50% AdDMEM/F12等),培养条件(5% CO2, 37°C) 阅读提示:见 Materials and methods 2.4 和 2.6,以及 Results 3.3 |
| 药物测试 | 药物浓度梯度(0-1000 μM),处理时间24小时,类器官培养时间(1周或2周),类器官数量约200/孔,CCK-8检测波长450 nm 阅读提示:见 Materials and methods 2.15 和 Figure 6A |
| RNA-seq分析 | 培养时间2周,RNA提取方法(Trizol),文库制备试剂盒,测序平台Hiseq X 10,比对软件STAR,差异表达基因筛选标准(P<0.05, fold change>2) 阅读提示:见 Materials and methods 2.14 和 Results 3.4 |