液滴中的类器官:从单细胞生产均匀的胰腺癌类器官

Organoid in droplet: Production of uniform pancreatic cancer organoids from single cells.

作者信息Haitao Liu, Tingting Tao, Zhongqiao Gan, Yingying Xie, Yaqing Wang, Yizhao Yang, Xu Zhang, Xianliang Li, Jianhua Qin
PMID40270893
发布时间2025-04-12
DOI10.1016/j.mtbio.2025.101765

实验完整度

包含微流控芯片制备、细胞封装、类器官培养、qPCR、RNA-seq、药物测试等明确实验步骤,并通过免疫荧光、活死染色、刚度测量等多层级验证。

主要模型

胰腺癌类器官(PCOs,由患者手术样本来源的单细胞在微凝胶中培养) Panc-1细胞系 1.1B4细胞系

重点核对

患者胰腺癌手术样本来源及伦理批准(伦理批准号:PJ-KS-KY-2023-162) 单细胞封装前的细胞密度为2.5×10^5 cells/mL 用于药物测试的类器官培养时间(1周或2周) 药物处理浓度(0-1000 μM)和处理时间(24小时)

摘要

癌症类器官增进了我们对患者肿瘤的组织学、基因型和药物反应重现的理解,用于个性化医疗。然而,现有的癌症类器官通常在动物来源的基质(如Matrigel)中培养,由于种子细胞来源不可控、基质不明确和人工操作,导致重复性差、通量低。在此,我们报告了一种新策略,在液滴系统中从单细胞大规模生成均匀的胰腺癌类器官(PCOs)。该系统由全水相流体组成,能够温和地将单个肿瘤细胞封装到隔离的液滴中,随后细胞增殖并自组装成类器官,类似于体内肿瘤的初始状态。这种高通量方法可在单批次中生产数千个类器官。液滴可作为合成具有与天然肿瘤相似刚度的明确微凝胶的模板,促进PCOs的功能表达。与在手动滴加的Matrigel中培养的类器官相比,这些类器官在大小和形态方面表现出优越的均匀性和可控性,主要由于可控的起始细胞数量和明确的微凝胶。此外,建立的类器官保持了胰腺肿瘤的关键生物标志物(如KRT7、KRT19和SOX9),并通过RNA-seq和PCR分析确认了与药物代谢相关基因的更高表达。进一步地,它们在自动移液工作站中对四种临床药物表现出可重复的区分性反应,表明所提出方法在高通量药物测试中的可行性。所建立的策略将来自单细胞的PCOs的形成、3D培养和分析整合在一个完整系统中,可能为推进类器官研究在转化应用中的标准化程序提供新平台。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
如何从单细胞大规模生成均匀且可控的胰腺癌类器官,并用于高通量药物测试?
核心机制
通过使用全水相液滴微流控系统,将单个肿瘤细胞封装在明确的海藻酸盐微凝胶中,提供与天然肿瘤刚度相似的3D微环境,促进类器官形成并保持肿瘤生物标志物和药物代谢相关基因表达。
主要证据
通过微凝胶中单细胞封装生成PCOs,与Matrigel培养的类器官相比,尺寸和形态更均匀(CV更低);免疫荧光和qPCR显示肿瘤标志物(KRT19、KRT7、SOX9等)表达;RNA-seq揭示药物代谢相关基因上调;药物测试显示对四种药物呈剂量依赖反应。
研究意义
作者提出该方法整合了类器官的形成、3D培养和分析,可能为肿瘤研究和药物开发提供标准化平台,并促进个性化医疗。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

微流控芯片制作与液滴系统建立

建立能够可控生成微凝胶的微流控平台,用于单细胞封装。

采用标准软光刻和微模塑法制备多层PDMS芯片,整合气动阀,通过全水相流体(核心流含海藻酸钠和葡聚糖,中间流含PEG,壳流含PEG和乙酸)生成液滴模板,并利用CaCO3释放Ca2+与海藻酸钠交联形成微凝胶。

2

胰腺癌细胞系和PCOs的单细胞封装

验证单细胞封装效率和细胞活性。

将胰腺癌细胞系(1.1B4和Panc-1)和从临床样本建立的PCOs消化成单细胞,预处理CaCO3纳米颗粒后,以2.5×10^5 cells/mL密度在核心流中封装,形成单细胞微凝胶,并培养观察细胞球形成。

3

PCOs在微凝胶中的3D培养和表型表征

评估PCOs在微凝胶中的生长、均匀性和肿瘤标志物表达。

将患者来源的PCOs在微凝胶中培养长达10天,测量直径和生长曲线,通过免疫荧光和qPCR检测标志物(KRT19、KRT7、SOX9等),并与Matrigel培养的类器官比较。

4

转录组分析(RNA-seq和qPCR验证)

比较微凝胶和Matrigel培养的PCOs的分子特征,验证药物代谢相关基因表达。

提取培养2周的Mi-organoids和Ma-organoids的mRNA进行RNA-seq分析,鉴定差异表达基因,并通过qPCR验证药物代谢相关基因(如CYP450家族)的表达。

5

抗肿瘤药物测试

评估PCOs对临床药物的反应性和重复性。

将培养1周或2周的PCOs用四种药物(吉西他滨、厄洛替尼、奥拉帕尼、5-氟尿嘧啶)处理24小时,CCK-8检测活性,并用免疫荧光检测Ki67和TUNEL以评估增殖和凋亡。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
聚二甲基硅氧烷Dow Corning Corporation02085925
SU-8 3035光刻胶MicroChem CorporationY311074
杜氏改良Eagle培养基Gibco11965092
胎牛血清Gibco16170078
青霉素-链霉素Sigma-AldrichP0781
胶原酶IISigma1148090
基质胶Corning354230
海藻酸钠青岛海之林生物科技开发有限公司--
氯化钙AladdinC118704
氯化钠天津大茂化学试剂20200908
Advanced DMEM/F12培养基Thermo Fisher Scientific12634010
谷氨酰胺补充剂Gibco35050061
B27添加剂Gibco10889038
R-spondin 1R&DAF4645
NogginR&D6057-NG
Wnt3a条件培养基MBLJ2-001
N-乙酰-L-半胱氨酸SigmaA9165
烟酰胺SigmaN0636
表皮生长因子PeprotechGMP100-15
成纤维细胞生长因子10Prepotech100-26
A83-01SelleckS769201
TrypLE消化液Gibco12605010
海藻酸裂解酶SigmaA1603
胰蛋白酶-EDTAGibco25200056
细胞筛网Falcon352340
碳酸钙纳米颗粒XFNANOXFI11-1
无氯化钙DMEMGibco21068028
针头式过滤器MillexSLGPR33RB
葡聚糖GE17-0320-02
聚乙二醇AladdinP103730
乙酸AladdinA298827
压力泵Fluigent--
96孔培养板Corning3474
共聚焦培养皿BiosharpBS-20-GJM
壳聚糖AladdinC105799
Piuma纳米压痕仪Optics11--
冻干机SCIENTZSCIENTZ-10ND
离子溅射仪KYKYSBC-12
扫描电子显微镜HitachiTM3000
内毒素检测试剂盒GenScriptL00350C
酶标仪TecanInfinite
活死细胞活力/细胞毒性检测试剂盒GibcoL3224
Triton X-100AmrescoSH11087
封闭液ZSGB-BIOZLI-9022
抗体稀释液ZSGB-BIOZLI-9028
二抗Abcam--
DAPICST4083
Trizol试剂TAKARA9109
逆转录试剂盒TAKARARR037A
SYBR Green试剂盒TAKARARR820
KC-Digital链特异性mRNA文库制备试剂盒Wuhan SeqHealth Co., Ltd.DR08502
Hiseq X 10测序仪Illumina--
吉西他滨MeilunBioMB5386
厄洛替尼MeilunBioMB1734-1
奥拉帕尼MeilunBioMB1700
5-氟尿嘧啶MeilunBioMB1273
自动移液工作站TIANGENAP400
细胞计数试剂盒-8MeilunBioMA0225
TUNEL细胞凋亡检测试剂盒ElabscienceE-CK-A321

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
微流控芯片制作
PDMS与固化剂比例10:1,固化温度80°C和时间2小时,微通道尺寸(顶层高宽300 μm,中层高宽100 μm),阀周期和核心流速范围
阅读提示:见 Materials and methods 2.1 和 Figure 2B-E
单细胞封装
细胞密度2.5×10^5 cells/mL,CaCO3浓度20 mg/mL,预处理过程(孵育15 min),洗涤步骤
阅读提示:见 Materials and methods 2.5 和 2.6,以及 Figure 3B
PCOs培养
微凝胶刚度(1% NaA)与肿瘤组织相似,培养时间10天,培养基组成(50% AdDMEM/F12等),培养条件(5% CO2, 37°C)
阅读提示:见 Materials and methods 2.4 和 2.6,以及 Results 3.3
药物测试
药物浓度梯度(0-1000 μM),处理时间24小时,类器官培养时间(1周或2周),类器官数量约200/孔,CCK-8检测波长450 nm
阅读提示:见 Materials and methods 2.15 和 Figure 6A
RNA-seq分析
培养时间2周,RNA提取方法(Trizol),文库制备试剂盒,测序平台Hiseq X 10,比对软件STAR,差异表达基因筛选标准(P<0.05, fold change>2)
阅读提示:见 Materials and methods 2.14 和 Results 3.4