分子建模与动态模拟
预测ACA与自噬相关蛋白的结合模式和稳定性
使用Achilles Blind Docking Server进行分子对接,并通过WebGro进行100 ns的分子动力学模拟,评估RMSD、RMSF等。
Investigation of the Effects of Acacetin on Autophagy Pathway and Exosome Release in Amyloid Beta Peptide-Induced Toxicity Models.
包含分子对接与动力学模拟、体外细胞毒性检测、Western blot、免疫荧光等实验,功能验证明确,但缺乏动物模型或患者样本等多层级独立验证。
骨髓来源人间充质干细胞分化来源的神经元细胞 Aβ1-42肽诱导的体外毒性模型
Aβ1-42肽浓度:10 μM用于建立毒性模型 金合欢素处理浓度:25 μM和50 μM 细胞分化方案:BMMSC分化6天,使用含特定生长因子的神经基础培养基 外泌体分离:使用Cell Culture Media Exosome Purification Mini Kit
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测ACA与自噬相关蛋白的结合模式和稳定性
使用Achilles Blind Docking Server进行分子对接,并通过WebGro进行100 ns的分子动力学模拟,评估RMSD、RMSF等。
建立神经元细胞模型以模拟AD环境
将人骨髓间充质干细胞(BMMSC)诱导分化为神经元细胞,并用NeuN和synaptophysin进行表征。
确定诱导神经毒性的Aβ1-42浓度
在分化神经元细胞上不同浓度Aβ1-42处理48小时,MTT检测细胞活力。
确定对Aβ毒性模型细胞具有保护作用的ACA浓度
在Aβ毒性模型细胞上应用不同浓度ACA 24小时,MTT检测细胞活力。
评估ACA对自噬相关蛋白、淀粉样β和外泌体蛋白水平的影响
提取总蛋白和外泌体蛋白,通过Western blot检测LC3II, Beclin-1, p62, Lamp2a, 淀粉样β, Alix,并通过免疫荧光观察LC3, p62, Lamp2a和淀粉样β的定位。
验证外泌体分离和纯度,并检测外泌体相关蛋白Alix的变化
通过TEM分析外泌体形态,通过免疫沉淀和Western blot定量外泌体蛋白Alix。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 分子建模 | Chimera 1.14 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM-LPA培养基 | Capricorn | -- |
| 胎牛血清 | Capricorn | FBS-11 A | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 细胞分化 | 人表皮生长因子 | Biolegend | 585506 |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Biolegend | 571502 | |
| 成纤维细胞生长因子-8 | Biolegend | 773502 | |
| 人脑源性神经营养因子 | Biolegend | 788902 | |
| β神经生长因子 | Biolegend | 788504 | |
| 二丁酰环磷酸腺苷 | Adooq Bioscience | A15914 | |
| IBMX(3-异丁基-1-甲基黄嘌呤) | Sigma | 15879 | |
| B27添加剂 | Thermo Fisher Scientific | 17404044 | |
| L-谷氨酰胺 | Gibco | 25034024 | |
| 细胞表征 | NeuN抗体 | Cell Signaling Technology | 24307 |
| 突触素抗体 | Biolegend | 837104 | |
| 毒性模型 | 淀粉样β肽1-42 | Adooq Bioscience | A14075-1 |
| 细胞活力检测 | MTT试剂 | Clinisciences | StKa00268 |
| 药物处理 | 金合欢素 | Sigma-Aldrich | 00017 |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 外泌体分离 | 细胞培养基外泌体纯化试剂盒 | Norgen Biotek Corp. | 60400 |
| 外泌体表征 | 透射电子显微镜 | Carl Zeiss Microscopy | -- |
| 外泌体免疫沉淀 | Alix抗体 | Cell Signaling | 2171s |
| Pure Proteome蛋白G磁珠 | Millipore | LSKMAGG02 | |
| NuPAGE LDS样品缓冲液 | Thermo Scientific | NP0007 | |
| NuPAGE样品还原剂 | Thermo Scientific | NP0009 | |
| 蛋白提取 | 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- |
| 蛋白定量 | DeNovix DS-11 FX 分光光度计 | DeNovix | -- |
| Western blot | NuPAGE 4-12% Bis-Tris凝胶 | Thermo Scientific | NP0321BOX |
| PVDF膜 | Thermo Scientific | IB24001 | |
| LC3 A/B抗体 | Cell Signaling Technology | 4108 | |
| Beclin-1抗体 | Cell Signaling Technology | 3495 | |
| p62抗体 | Elabscience | E-AB-62289 | |
| Lamp2a抗体 | Abcam | Ab18528 | |
| 淀粉样β抗体 | Cell Signaling Technology | 8243 | |
| Alix抗体 | Cell Signaling Technology | 2171S | |
| β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3700S | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗小鼠IgG | Biolegend | 405306 | |
| 辣根过氧化物酶标记的驴抗兔IgG | Biolegend | 406401 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488山羊抗小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | A11001 |
| Alexa Fluor 633山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A21070 | |
| DAPI染料 | Abcam | AB-104139 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 分子模拟 | 目标蛋白的PDB ID及模拟参数(如模拟时间、温度、压力) 阅读提示:Methods: Pre-preparation Step for Molecular Modeling |
| 细胞培养与分化 | BMMSC来源、培养基组成、分化时间(6天) 阅读提示:Methods: Cell Culture and Cell Differentiation |
| Aβ毒性模型建立 | Aβ1-42处理浓度(10 μM)、处理时间(48小时) 阅读提示:Methods: Amyloid Beta Peptide-Induced Toxicity Model |
| ACA处理 | ACA浓度(25 μM和50 μM)、处理时间(24小时)、溶剂(DMSO) 阅读提示:Methods: Acacetin Exposure and MTT Analysis |
| 蛋白表达分析 | 细胞密度(1.5×10^5 cells/well)、抗体稀释比例、图像分析软件 阅读提示:Methods: Total Protein Isolation and Western Blot |
| 外泌体分析 | 外泌体分离试剂盒(Norgen)、免疫沉淀条件、TEM表征步骤 阅读提示:Methods: Exosome Isolation, Transmission Electron Microscopy, Exosome Immunoprecipitation |