多组学表达和相关性分析
评估CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的表达水平及其相关性。
利用TCGA-BRCA转录组数据,分析三种基因在不同亚型和正常组织中的表达,并计算Spearman相关系数。
Multi-omics insights into the roles of CCNB1, PLK1, and HPSE in breast cancer progression: implications for prognosis and immunotherapy.
包含多组学生物信息学分析、临床组织样本qRT-PCR和Western blot验证、以及siRNA敲低细胞功能实验等多个独立证据层级。
MDA-MB-231细胞系 TCGA-BRCA队列 GSE20685和GSE25066队列 乳腺癌患者组织样本
CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的高表达(mRNA和蛋白水平) DNA甲基化位点cg06331185与总生存期的风险关联 PLK1基因改变与无复发生存的关联 siRNA敲低CCNB1和PLK1对MDA-MB-231细胞增殖和集落形成的影响 免疫评分和免疫细胞浸润与HPSE表达的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的表达水平及其相关性。
利用TCGA-BRCA转录组数据,分析三种基因在不同亚型和正常组织中的表达,并计算Spearman相关系数。
识别高表达组和低表达组之间的差异表达基因及其富集通路。
根据基因表达中位数将患者分为高表达和低表达组,使用DESeq2进行差异分析,并通过clusterProfiler进行GO和KEGG富集。
评估CCNB1、PLK1和HPSE的DNA甲基化水平及其与预后的关系。
使用Diseasemeth 3.0数据库的450k甲基化数据比较肿瘤和正常组织的甲基化差异,并使用MetSurv分析CpG位点与总生存期的关联。
分析CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌中的拷贝数变异及其对生存的影响。
使用cBioPortal的7个乳腺癌数据集分析基因改变频率,并进行K-M生存分析。
评估CCNB1、PLK1和HPSE表达对乳腺癌患者预后的预测价值。
使用bc-GenExMiner数据库分析表达与总生存期的关系,并利用GSE20685和GSE25066构建和验证Cox回归模型。
评估三种基因表达与肿瘤免疫微环境的关系。
使用ESTIMATE算法计算免疫评分和基质评分,使用ssGSEA计算28种免疫细胞的浸润比例,并分析IPS和免疫检查点相关性。
在单细胞水平解析CCNB1、PLK1和HPSE在特定细胞亚群中的表达及其功能。
对GSE161529数据进行质控、整合、聚类和细胞类型注释,分析三种基因在不同细胞类型中的表达,并利用inferCNV、Monocle和CellChat进行拷贝数变异、拟时序和细胞通讯分析。
验证CCNB1、PLK1和HPSE在乳腺癌组织中的mRNA和蛋白表达水平。
使用qRT-PCR和Western blot检测肿瘤和癌旁组织中三种基因的表达。
验证沉默PLK1和CCNB1对乳腺癌细胞增殖和集落形成能力的影响。
在MDA-MB-231细胞中转染siRNA靶向PLK1、CCNB1和MKI67,通过CCK-8和集落形成实验评估细胞增殖和集落形成能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | CK04-1000t |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 11058021 | |
| 靶向MKI67、PLK1、CCNB1或非靶向对照的siRNA | Sangon Biotech | -- | |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Life Technologies | 284910 |
| PrimeScript逆转录预混液 | TaKaRa | RR036A | |
| TB Green实时定量PCR预混液 | TaKaRa | RR820A | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Elabscience | E-BC-R327 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Elabscience | E-BC-R287/E-BC-R250 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Elabscience | E-BC-K318 | |
| PVDF膜 | Merck | IPVH00010 | |
| Elabscience Western Blot检测试剂盒 | Elabscience | E-IR-R304A | |
| CCNB1抗体 | ABclonal | A2056 | |
| PLK1抗体 | ABclonal | A2548 | |
| HPSE抗体 | SANTA CRUZ BIOTECHNOLOGY | sc-515935 | |
| β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| BioRad Chemi DOC XRSP成像系统 | BioRad | -- | |
| CCK-8检测 | SpectraMax M5酶标仪 | Molecular Devices | -- |
| qRT-PCR | BioRad CFX96实时荧光定量PCR仪 | BioRad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | MDA-MB-231细胞培养条件:DMEM培养基,10%FBS,1%青霉素-链霉素,37°C,5% CO2,每2-3天传代,70-80%融合度时使用。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| siRNA转染 | siRNA浓度:40 nM;转染试剂:Lipofectamine 3000;细胞融合度:40-50%;siRNA序列信息(Table S1)。 阅读提示:Methods: siRNA transfection; Table S1 |
| CCK-8实验 | 每孔2500个细胞,添加10 µL CCK-8溶液,孵育2小时,检测450nm吸光度。 阅读提示:Methods: Cell viability assay (CCK-8) |
| 集落形成实验 | 每孔500个细胞,培养10天,每3-4天更换培养基,固定和染色条件(4%多聚甲醛15分钟,0.1%结晶紫20分钟),计数>50个细胞的集落。 阅读提示:Methods: Colony formation assay |
| qRT-PCR | RNA提取试剂:Trizol;逆转录试剂:PrimeScript RT Master Mix;qPCR试剂:TB Green Premix Ex Taq II;内参基因:β-actin;引物序列(Table S2)。 阅读提示:Methods: Quantitative real-time PCR; Table S2 |
| Western blot | 抗体及稀释比例:CCNB1 (1:500),PLK1 (1:1000),HPSE (1:1000),β-actin (1:1000);蛋白定量:BCA试剂盒;电泳和转膜条件。 阅读提示:Methods: Western blot; Primary antibody list |
| 多组学数据分析 | TCGA-BRCA数据获取和预处理;差异表达基因阈值(foldchange > 1.5, p < 0.05);甲基化分析数据库(Diseasemeth 3.0, Methsurv);生存分析队列(GSE20685, GSE25066)。 阅读提示:Methods: Data collection and preprocessing, Differential expression and enrichment analysis, Methylation value and survival analysis, Evaluation of the prognostic significance and clinical correlation |
| 单细胞RNA测序分析 | 数据来源:GSE161529;质控标准:300 < nFeature_RNA < 5000, mt_percent < 10, HB_percent < 3, nCount_RNA > 1000;分析工具版本:Seurat 4.3.0, Harmony 0.1.1, inferCNV 1.15.0, Monocle 2.26.0, CellChat 1.6.1。 阅读提示:Methods: Construction and analysis of scRNA-seq atlas |