circHSPA8的表达和环状结构验证
明确circHSPA8在乳腺癌组织和细胞中的表达水平,并验证其环状结构。
通过circRNA微阵列分析13例乳腺癌组织和8例癌旁正常组织;qRT-PCR检测153例乳腺癌组织和癌旁组织中circHSPA8表达;Sanger测序验证环化位点;RNase R消化和放线菌素D处理评估稳定性。
Circular RNA circHSPA8 Aggravates Metastasis by Acting as a Competitive Inhibitor of miR-195-5p to Upregulate WNT3A Expression in Breast Cancer.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、双荧光素酶报告实验、动物体内转移模型等多个独立实验层级,并进行了功能验证和机制验证。
MCF-7乳腺癌细胞系 MDA-MB-231乳腺癌细胞系 NOD-SCID小鼠肺转移模型 153例乳腺癌患者临床样本
circHSPA8在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平(qRT-PCR) circHSPA8过表达和敲低对MCF-7和MDA-MB-231细胞增殖、迁移、侵袭的影响 circHSPA8与miR-195-5p的直接结合(双荧光素酶报告实验) miR-195-5p与WNT3A 3'UTR的直接结合(双荧光素酶报告实验) circHSPA8对体内肺转移灶形成的影响(尾静脉注射NOD-SCID小鼠模型)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确circHSPA8在乳腺癌组织和细胞中的表达水平,并验证其环状结构。
通过circRNA微阵列分析13例乳腺癌组织和8例癌旁正常组织;qRT-PCR检测153例乳腺癌组织和癌旁组织中circHSPA8表达;Sanger测序验证环化位点;RNase R消化和放线菌素D处理评估稳定性。
评估circHSPA8对乳腺癌细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡和细胞周期的影响。
在MCF-7细胞中过表达circHSPA8,在MDA-MB-231细胞中敲低circHSPA8,通过CCK8、克隆形成、Transwell、划痕实验、流式细胞术检测细胞功能。
验证circHSPA8是否作为miR-195-5p的海绵并直接结合。
利用生物素标记的circHSPA8探针进行RNA pull-down,qRT-PCR检测候选miRNA;双荧光素酶报告实验验证circHSPA8与miR-195-5p的直接结合。
验证circHSPA8通过miR-195-5p调控WNT3A表达,并影响EMT相关标志物。
在MCF-7和MDA-MB-231细胞中转染miR-195-5p mimics或inhibitors,并联合circHSPA8过表达或敲低,通过Western blot检测WNT3A和EMT相关蛋白表达。
评估circHSPA8在体内对乳腺癌细胞外渗和肺转移灶形成的影响。
将CFSE标记的MCF-7和MDA-MB-231细胞(经circHSPA8过表达或敲低处理)通过尾静脉注射NOD-SCID小鼠,在5h和24h后分析肺组织中的荧光信号;4周后通过活体成像和HE染色分析肺转移灶。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| circRNA微阵列分析 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| Illumina Hiseq XTEN测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | invitrogen | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| CCK8实验 | CCK-8溶液 | -- | -- |
| 自动酶标仪 | Tecan | -- | |
| 质粒构建 | PCR Bestaq预混液 | abm | -- |
| GeneJet质粒小提试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| pHB-circBasic载体 | -- | -- | |
| HB-infusion预混液 | Jikai | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 流式细胞术 | PI/RNase A染色液 | KeyGEN BioTECH | -- |
| CytoFLEX SRT流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| Annexin V-FITC试剂 | Elabscience | -- | |
| PI试剂 | Elabscience | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA处理 | RNase R | Epicentre | -- |
| Western blot | WNT3A抗体 | Abcam | ab172612 |
| E-cadherin抗体 | CST | 3195 | |
| N-cadherin抗体 | CST | 13116 | |
| Snail抗体 | CST | 3879 | |
| Vimentin抗体 | CST | 5741 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech Group Inc. | 60004-1-Ig | |
| BCA蛋白定量 | Biosharp | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Thermo Fisher | -- | |
| HRP标记二抗 | Thermo Fisher | -- | |
| 增强化学发光检测试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| Transwell实验 | HTS transwell-24系统 | Corning | -- |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | pMIR-REPORT质粒 | Thermo Scientific | AM5795 |
| 双荧光素酶报告系统试剂盒 | Promega | E1910 | |
| 动物实验 | CFSE | -- | -- |
| NOD SCID小鼠 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 153例乳腺癌患者的肿瘤组织和癌旁组织;分期和淋巴结转移状态;circHSPA8表达水平(qRT-PCR)与生存分析的关联。 阅读提示:Methods 2.1 Tissue Samples;Results 3.1 和图1C, K-M |
| 细胞培养 | MCF-7和MDA-MB-231细胞系来源;DMEM培养基含10% FBS和1%双抗;培养条件37°C, 5% CO2。 阅读提示:Methods 2.3 Cell Culture |
| 体外功能实验 | circHSPA8过表达质粒和敲低载体构建;转染条件(Lipofectamine3000);细胞密度(CCK8 2000 cells/well;克隆形成500 cells/well;Transwell 5×10^4 cells/100 μL);处理时间(24h、48h、72h等)。 阅读提示:Methods 2.4-2.11;Results 3.2 和图2 |
| miRNA结合验证 | 双荧光素酶报告实验的质粒构建(野生型和突变型circHSPA8和WNT3A 3'UTR);共转染miR-195-5p mimics/inhibitors;检测荧光素酶活性。 阅读提示:Methods 2.5, 2.12;Results 3.3, 3.5 和图3D-F, 5B-C |
| 动物实验 | NOD-SCID小鼠品系和数量;细胞注射数量(MCF-7 2×10^6 cells/mouse,MDA-MB-231 1×10^6 cells/mouse)和途径(尾静脉);观察时间点(5h、24h、4周);麻醉和处死方法。 阅读提示:Methods 2.13, 2.14;Results 3.6 和图7 |