数据获取与预处理
获取MMD相关基因表达数据集并进行批次校正,为后续分析提供数据基础。
从GEO数据库下载四个微阵列数据集(GSE189993、GSE157628、GSE141024、GSE141022),共68个样本(40例MMD,28例对照),使用SVA包进行批次校正。
Characterization of moyamoya disease molecular subtypes through disulfidptosis‑related genes and immune landscape analysis.
包含生物信息学分析(差异表达、聚类、免疫浸润)及ELISA临床样本验证,但缺乏体外或体内功能实验验证机制。
大脑中动脉组织样本(GEO数据集) 血清样本(ELISA验证)
GEO数据集样本量(每个数据集>6)及平台(GPL16699) 差异表达基因筛选阈值(P<0.05,|log2FC|>1) ELISA验证血清样本(3例MMD患者与3例健康对照) 免疫浸润分析使用CIBERSORT算法(参考547个基因标记)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取MMD相关基因表达数据集并进行批次校正,为后续分析提供数据基础。
从GEO数据库下载四个微阵列数据集(GSE189993、GSE157628、GSE141024、GSE141022),共68个样本(40例MMD,28例对照),使用SVA包进行批次校正。
鉴定MMD与对照组之间二硫化物凋亡相关基因(DRGs)的差异表达。
使用limma包进行差异表达分析,筛选条件为P<0.05,|log2FC|>1。
探索差异表达DRGs富集的生物学功能和通路。
使用clusterProfiler包进行GO和KEGG富集分析。
基于DRG表达谱将MMD分为不同分子亚型。
使用一致性聚类算法,将MMD样本分为C1、C2、C3三个亚型。
筛选在不同亚型和MMD与对照之间差异表达的候选hub基因。
对四个比较组(C1 vs. C2,C1 vs. C3,C2 vs. C3,MMD vs. 对照)进行差异表达分析,取交集得到29个基因,通过Friend分析排序,并经组间差异检验确定WDR27、OSBPL11、MSMO1、NEIL2为hub基因。
评估不同MMD亚型及与对照组之间的免疫细胞组成差异,并分析hub基因与免疫细胞的相关性。
使用CIBERSORT算法计算22种免疫细胞比例,采用Mann-Whitney U检验和Kruskal-Wallis H检验比较组间差异,Spearman相关分析hub基因与免疫细胞的相关性。
探索hub基因高表达与低表达组间差异富集的信号通路。
使用GSEA和GSVA分析hub基因富集的通路。
预测调控hub基因的转录因子并构建调控网络。
使用RcisTarget包预测转录因子,使用Cytoscape构建网络。
分析hub基因与MMD相关基因及内皮迁移、增殖相关基因的相关性。
使用limma进行差异分析,并进行Pearson相关分析。
验证hub基因在MMD患者血清中的蛋白表达水平。
使用ELISA试剂盒检测血清样本中WDR27、OSBPL11、MSMO1、NEIL2的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| ELISA | 人WDR27 ELISA试剂盒 | Elabscience | E16199h |
| 人NEIL2 ELISA试剂盒 | Abbexa | abx534990 | |
| 人MSMO1 ELISA试剂盒 | Abbexa | abx385151 | |
| 人OSBPL11 ELISA试剂盒 | MyBioSource, Inc. | MBS166713 | |
| 数据分析与可视化 | GraphPad Prism 9 | Dotmatics | 9.4.0 |
| Adobe Illustrator | Adobe Systems, Inc. | 26.3.1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取 | GEO数据集编号、样本量、平台 阅读提示:Materials and methods: Data processing |
| 差异表达分析 | 筛选阈值(P<0.05,|log2FC|>1)、统计检验方法 阅读提示:Materials and methods: Differential expression analysis |
| 聚类分析 | 聚类数(κ=3)、迭代次数、样本比例 阅读提示:Materials and methods: Consistency clustering analysis |
| 免疫浸润分析 | CIBERSORT算法参数、参考基因集 阅读提示:Materials and methods: Immune infiltration analysis |
| ELISA验证 | 样本来源(3例MMD vs 3例对照)、试剂盒货号、检测波长 阅读提示:Materials and methods: Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) |