生物信息学分析
鉴定与肾纤维化相关的差异表达基因和信号通路。
下载GSE217650和GSE217654数据集,使用limma包进行差异基因分析,构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析,并鉴定铁死亡相关基因。
TGF-β1 induces ROS to activate ferroptosis via the ERK1/2-WISP1 pathway to promote the progression of renal tubular epithelial cell fibrosis.
包含体外细胞模型、生物信息学分析、药物干预和基因敲低验证,但缺乏动物模型和患者样本验证。
HK-2人肾皮质近端小管上皮细胞系 TGF-β1诱导的HK-2细胞纤维化模型
TGF-β1处理浓度:10 ng/mL,处理时间:24小时 Fer-1预处理浓度:2 μM,预处理时间:2小时 NAC预处理浓度:5 mM,预处理时间:2小时 PD98059预处理浓度:10 μM,预处理时间:2小时 WISP1敲低慢病毒感染MOI:50,筛选浓度:3 μg/ml嘌呤霉素
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与肾纤维化相关的差异表达基因和信号通路。
下载GSE217650和GSE217654数据集,使用limma包进行差异基因分析,构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析,并鉴定铁死亡相关基因。
验证TGF-β1诱导的纤维化和铁死亡。
使用10 ng/mL TGF-β1处理HK-2细胞24小时,建立纤维化模型,检测细胞形态、铁死亡指标和纤维化标志物。
验证铁死亡在TGF-β1诱导的纤维化中的作用。
用2 μM Fer-1预处理HK-2细胞2小时,然后加入TGF-β1处理,检测铁死亡和纤维化指标。
验证TGF-β1诱导的ROS在铁死亡和纤维化中的作用。
用5 mM NAC预处理HK-2细胞2小时,然后加入TGF-β1处理,检测ROS水平、铁死亡和纤维化指标。
验证ERK1/2通路在TGF-β1诱导的铁死亡和纤维化中的作用。
用10 μM PD98059预处理HK-2细胞2小时,然后加入TGF-β1处理,检测铁死亡和纤维化指标。
验证WISP1在TGF-β1诱导的铁死亡和纤维化中的作用。
使用shWISP1慢病毒感染HK-2细胞,敲低WISP1表达,然后进行TGF-β1处理,检测铁死亡和纤维化指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | GENOMBIO | GNM12500 |
| 胎牛血清 | Daxi Biology | DX-1002 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | GENOMBIO | GNM15140 | |
| 胰酶 | GENOMBIO | GNM15050-1 | |
| 药物处理 | Ferrostatin 1 | Aladdin | F129882 |
| N-乙酰半胱氨酸 | YEASON | 50303ES05 | |
| PD 98059 | Aladdin | P126620 | |
| TGF-β1蛋白 | YEASON | 91701ES05 | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | YEASON | 40804ES76 |
| 嘌呤霉素 | YEASON | 60209ES10 | |
| Fe2+检测 | 细胞亚铁离子比色法检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K881-M |
| MDA检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Byotime | S0131S |
| RIPA裂解液 | Byotime | S0131S | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Byotime | P0010 | |
| GSH检测 | GSH检测试剂盒 | mlbio | ml076450 |
| LPO检测 | LPO检测试剂盒 | mlbio | ml092623 |
| Western blotting | α-SMA抗体 | Affinity | BF9212 |
| E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20,874–1-AP | |
| 纤连蛋白抗体 | Proteintech | 15,613–1-AP | |
| GPX4抗体 | Proteintech | 67,763–1-Ig | |
| SO2/3-PRDX3抗体 | Biosynth | CRB2005004 | |
| PRDX3抗体 | Abcam | ab128953 | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | Affinity | AF0155 | |
| ERK1/2抗体 | Affinity | AF1015 | |
| WISP1抗体 | Proteintech | 18,166–1-AP | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 | |
| 5X上样缓冲液 | Beyotime | P0015 | |
| 硝酸纤维素膜 | Pall | 66,485 | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | RGAM001/SA00001-2 | |
| GAPDH抗体 | Abways | AB0036 | |
| Tanon-4600成像系统 | Tanon | -- | |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | P0018S | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | YEASON | 40302ES60 |
| 不含EDTA的胰酶 | VivaCell | C3538-0100 | |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Byotime | S0033S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HK-2细胞来源、培养基、血清浓度、青霉素-链霉素浓度 阅读提示:Materials and methods: The application of in vitro TGF-β1 induced the renal fibrosis cell model |
| TGF-β1诱导纤维化模型 | TGF-β1浓度(10 ng/mL)、处理时间(24小时)、细胞融合度(70%) 阅读提示:Materials and methods: The application of in vitro TGF-β1 induced the renal fibrosis cell model |
| 药物预处理 | Fer-1浓度(2 μM)、NAC浓度(5 mM)、PD98059浓度(10 μM)、预处理时间(2小时) 阅读提示:Materials and methods: The application of in vitro TGF-β1 induced the renal fibrosis cell model |
| WISP1敲低 | shRNA序列、慢病毒感染MOI(50)、嘌呤霉素筛选浓度(3 μg/ml) 阅读提示:Materials and methods: Lentivirus infection |
| 铁死亡指标检测 | Fe2+、MDA、GSH、LPO检测试剂盒及具体操作步骤 阅读提示:Materials and methods: Fe2+ detection, MDA detection, GSH detection, LPO detection |