生物信息学分析FANCI表达及预后
评估FANCI在HCC中的表达水平及其与预后的关系
利用TCGA、GEO、TIMER、GEPIA2和LinkedOmics数据库分析FANCI表达、预后价值及共表达基因。
Knockdown of FANCI suppresses hepatocellular carcinoma development via the PI3K/Akt/GSK-3β pathway.
包含生物信息学分析(TCGA/GEO)、临床样本验证(qPCR/WB/IHC)、细胞功能实验(CCK-8、EdU、集落形成)和机制初探(流式、WB),但缺乏动物实验和过表达/回补实验。
HCC细胞系SMMC-7721 HCC细胞系Hep-G2 HCC患者组织样本
HCC细胞系SMMC-7721和Hep-G2的来源及STR鉴定 FANCI-siRNA的转染序列(siRNA#1、#2、#3) CCK-8检测的细胞活力随时间(5天)的变化 细胞周期分析中PI染色及流式细胞术 WB检测中使用的抗体(anti-FANCI、anti-Cyclin D1等)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FANCI在HCC中的表达水平及其与预后的关系
利用TCGA、GEO、TIMER、GEPIA2和LinkedOmics数据库分析FANCI表达、预后价值及共表达基因。
验证FANCI在HCC组织中表达上调
采用qRT-PCR、Western blotting和免疫组化检测HCC患者组织样本中FANCI的表达。
评估FANCI敲低对HCC细胞增殖和集落形成的影响
使用FANCI特异性siRNA转染SMMC-7721和Hep-G2细胞,通过CCK-8、EdU染色和集落形成实验检测细胞增殖。
探索FANCI敲低对细胞周期分布的影响
通过流式细胞术检测FANCI敲低后HCC细胞周期分布的变化。
验证FANCI敲低是否影响PI3K/Akt/GSK-3β通路蛋白表达
通过Western blotting检测PI3K、Akt、p-Akt和GSK-3β的表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 逆转录 | 含gDNA去除剂的RT-qPCR试剂盒 | MIKX | -- |
| qPCR | Light Cycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | LC480 |
| Western blotting | 聚偏二氟乙烯膜 | Merck Millipore | IPVH00020 |
| QuickBlock Western封闭液 | -- | P0252-500 | |
| 化学发光试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| 抗FANCI抗体 | Abcam | ab245219 | |
| 抗Cyclin D1抗体 | Abcam | ab134175 | |
| PI3K/AKT信号通路抗体 | Abcam | ab283852 | |
| 抗alpha微管蛋白多克隆抗体 | Elabscience | E-AB-20069 | |
| 细胞培养 | DMEM基础培养基(1X) | Gibco | -- |
| siRNA转染 | FANCI特异性siRNA寡核苷酸 | GenePharma | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| 细胞增殖检测 | Cell Counting Kit-8试剂 | Dojindo | -- |
| EdU实验 | Cell-Light EdU Apollo 567体外试剂盒 | -- | -- |
| 细胞周期分析 | Annexin V/PI凋亡试剂盒 | -- | AP101 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | 样本数量:qPCR 9对,WB 12对;组织来源:广州第一人民医院;伦理批准号K-2018-142-02。 阅读提示:见Materials and methods 2.2节 |
| 细胞培养 | 细胞系:SMMC-7721和Hep-G2;培养基:DMEM基础培养基+10%胎牛血清+1%青霉素-链霉素;培养条件:37°C、5% CO2。 阅读提示:见Materials and methods 2.5节 |
| siRNA转染 | siRNA序列:FANCI-siRNA#1、#2、#3;转染试剂:Lipofectamine RNAiMAX;转染时间:8小时无血清培养。 阅读提示:见Materials and methods 2.6节 |
| 细胞增殖检测(CCK-8) | 检测时间:连续5天;波长:450 nm;CCK-8试剂孵育时间:1小时。 阅读提示:见Materials and methods 2.7节 |
| 细胞周期分析 | 固定:75%乙醇;染色:PI试剂;分析软件:FlowJo。 阅读提示:见Materials and methods 2.10节 |
| Western blotting | 抗体稀释比例未说明;封闭液:QuickBlock Western Sealing Fluid;膜:PVDF膜;一抗孵育:4°C过夜。 阅读提示:见Materials and methods 2.4节 |