生物信息学分析
分析COMMD3在MM中的表达和预后相关性。
分析GSE6477、GSE2658、GSE13591、GSE24080、MMRF-CoMMpass等数据集,进行差异表达和生存分析。
COMMD3 Regulates Copper Metabolism via the ATOX1-ATP7A-LOX Axis to Promote Multiple Myeloma Progression.
包含生物信息学分析(GEO、MMRF-CoMMpass、单细胞测序)、体外功能实验(CCK-8、Transwell、凋亡、铜检测)、体内模型(NSG小鼠皮下和尾静脉)以及机制验证(ATOX1抑制剂)。
骨髓瘤细胞系(RPMI8226、MM1S) NSG小鼠皮下异种移植模型 NSG小鼠尾静脉转移模型 患者骨髓和髓外样本
COMMD3表达在MM细胞系中的水平(qPCR和Western blot) COMMD3敲低和过表达效率(Western blot验证) 内源铜浓度测定(试剂盒和ICP-MS) ATOX1抑制剂DCAC50处理对增殖、迁移和铜水平的影响 皮下异种移植肿瘤生长和尾静脉模型肿瘤形成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析COMMD3在MM中的表达和预后相关性。
分析GSE6477、GSE2658、GSE13591、GSE24080、MMRF-CoMMpass等数据集,进行差异表达和生存分析。
验证COMMD3对MM细胞增殖和迁移的影响。
使用慢病毒转染构建COMMD3敲低(shCOMMD3)和过表达(OE-COMMD3)的RPMI8226和MM1S细胞系,并通过CCK-8和Transwell实验评估增殖和迁移。
验证COMMD3在体内对肿瘤生长和转移的影响。
使用NSG小鼠皮下和尾静脉注射RPMI8226细胞,观察肿瘤生长和转移。
探究COMMD3对铜代谢的影响以及ATOX1介导的机制。
检测不同COMMD3表达水平细胞内的铜浓度,评估外源铜处理对增殖和凋亡的影响,并检测ATOX1、ATP7A、LOX的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 支原体实时荧光定量PCR检测试剂盒 | Yeasen Biotechnology | -- | |
| 原代细胞分离 | CD138微珠 | Miltenyi Biotec | -- |
| Western blot | COMMD3抗体 | Proteintech | 26240-1-AP |
| ATOX1抗体 | Proteintech | 22641-1-AP | |
| LOX抗体 | Proteintech | 17958-1-AP | |
| ATP7A抗体 | Santa Cruz | sc-376467 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Wanleibio | WL01482 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | Antgene | ANT321 | |
| 山羊抗兔IgG | Antgene | ANT020 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Antgene | ANT019 | |
| 药物处理 | DCAC50 | MedChemexpress | -- |
| 硫酸铜 | Sigma Aldrich | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | -- | -- |
| Multiskan™ GO酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RNA提取 | RNAiso Plus试剂 | Takara | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript™ RT预混试剂盒 | Takara | -- |
| TB Green® PrimeScript™实时荧光定量PCR试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ChemiDoc™ MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 铜检测 | 铜(Cu2⁺)比色法检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Becton, Dickinson and Company | -- |
| BD流式细胞仪 | Becton, Dickinson and Company | -- | |
| 动物成像 | 异氟烷 | -- | -- |
| 荧光素钾盐 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与模型建立 | 细胞系(RPMI8226、MM1S)的来源、培养基、FBS浓度、传代次数(5-8)、支原体检测 阅读提示:Methods 2.1 Cell Lines |
| 基因操作 | 慢病毒构建(shCOMMD3、OE-COMMD3)及其对照、MOI值、感染时间、嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Methods 2.4 Lentiviral Transfection |
| 体外功能实验 | CCK-8细胞密度、培养时间;Transwell细胞密度、孔径、孵育时间;凋亡检测的细胞数和染料用量 阅读提示:Methods 2.5 CCK-8 Assay; 2.6 Transwell Migration Assay; 2.10 Flow Cytometry for Apoptosis |
| 铜代谢检测 | 铜检测的细胞数、裂解体积;ICP-MS的细胞数 阅读提示:Methods 2.9 Copper Detection |
| 体内实验 | 小鼠品系(NSG)、周龄、体重、细胞注射数量、注射方式;DCAC50给药剂量、频率 阅读提示:Methods 2.11 Mouse Subcutaneous Tumor Model; 2.12 Mouse Tail Vein Tumor Model |