家系鉴定与突变筛查
在具有强家族史的T2D家系中寻找可能的致病基因突变。
对先证者及其父亲、母亲、姐姐进行全外显子组测序,通过Sanger测序验证所有6名成员的候选变异。
Effect of SPTLC1 on type 2 diabetes mellitus.
包含家系测序鉴定突变、HEK293T细胞功能验证(TNF-α、凋亡)、生物信息学分析(AMP T2D、GSE25724),但缺乏动物模型验证。
HEK293T细胞 T2D家系(6名成员) GSE25724人胰岛样本(6例T2D,7例非T2D)
SPTLC1 p.G371R突变(c.1111G>A)在家系中的共分离 HEK293T细胞中转染野生型或G371R突变体,检测TNF-α和凋亡 AMP T2D数据库中SPTLC1罕见变异的基因水平关联(总体OR=2.4968,P=0.0164) GSE25724人胰岛中SPTLC1 mRNA表达与胰岛素mRNA的Spearman相关性(r=0.615,P=0.025)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在具有强家族史的T2D家系中寻找可能的致病基因突变。
对先证者及其父亲、母亲、姐姐进行全外显子组测序,通过Sanger测序验证所有6名成员的候选变异。
评估SPTLC1 p.G371R变异的致病性。
使用FATHMM和M-CAP软件预测突变有害性,并通过HOPE分析氨基酸性质变化,依据ACMG标准分类。
验证SPTLC1 p.G371R突变对炎症因子和细胞凋亡的影响。
在HEK293T细胞中过表达野生型或G371R突变体,检测TNF-α和IL-1β的表达及细胞凋亡。
评估SPTLC1基因变异与T2D风险的关联。
利用AMP T2D知识门户分析SPTLC1罕见变异的基因水平关联,并利用GSE25724数据比较T2D与非T2D胰岛中SPTLC1 mRNA表达及其与胰岛素mRNA的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 全外显子测序 | Illumina HiSeq测序平台 | -- | -- |
| 细胞培养与转染 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | -- | -- |
| 青霉素-链霉素溶液 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 炎症因子检测 | TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd | -- |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| RT-qPCR | SYBR Green预混液 | -- | -- |
| Applied Biosystems QuantStudio 6实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 流式分析 | cytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 全外显子组测序 | 家系成员数量、测序平台、参考序列 阅读提示:Methods - Sequencing |
| 突变验证 | Sanger测序引物序列、验证的家系成员 阅读提示:Methods - Sequencing |
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HEK293T)、培养基(DMEM+10%FBS+1%PS)、转染试剂(Lipofectamine2000)用量、转染时间(48h) 阅读提示:Methods - Cloning、Cell culture |
| 炎症因子检测 | ELISA试剂盒品牌、RT-qPCR引物序列、内参基因(GAPDH) 阅读提示:Methods - Measurement of TNF-α and IL-1β |
| 凋亡检测 | 凋亡检测试剂盒、流式细胞仪型号 阅读提示:Methods - Assessment of cell apoptosis |
| 生物信息学分析 | AMP T2D数据版本、GSE25724数据集样本数 阅读提示:Methods - Bioinformation analysis |