样本采集与处理
获取不同纬度区域鱼类胃样本,用于微生物组分析
在2021年4-7月沿东澳大利亚2000公里纬度梯度四个区域采集幼鱼,记录栖息地类型,采用安乐死后解剖胃并保存。
Stomach Microbiome Simplification of a Coral Reef Fish at Its Novel Cold-Range Edge Under Climate Change.
基于野外采集样本,包含16S rRNA测序、多样性和差异丰度分析,涉及多区域比较,但缺乏功能验证或机制实验。
珊瑚礁鱼类Abudefduf vaigiensis 野外种群样本
采样的四个纬度区域:热带、亚热带、暖温带和冷温带 样本量:169个个体 16S rRNA基因V3-V4区域测序 多样性指标:ASV丰富度和均匀度 差异丰度分析:ANCOMBC-2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取不同纬度区域鱼类胃样本,用于微生物组分析
在2021年4-7月沿东澳大利亚2000公里纬度梯度四个区域采集幼鱼,记录栖息地类型,采用安乐死后解剖胃并保存。
获取胃微生物组的16S rRNA序列数据
使用Maxwell RSC试剂盒提取DNA,扩增V3-V4区域,Illumina MiSeq测序。
生成ASV并分类,为多样性分析准备
使用DADA2进行质量过滤、去噪、合并和去除嵌合体,基于SILVA库分类,去除线粒体和叶绿体序列。
评估不同区域间微生物组多样性和组成的差异
计算alpha多样性(丰富度和均匀度),使用PERMANOVA和PERMDISP检验beta多样性,ANCOMBC-2识别差异丰度属。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA提取 | Maxwell RSC粪便微生物组DNA试剂盒 | -- | -- |
| ZR BashingBead裂解管 | -- | -- | |
| MP Fast-prep珠磨器 | MP | -- | |
| DNA定量 | Qubit荧光计 | -- | -- |
| 双链DNA高灵敏度检测试剂盒 | -- | -- | |
| PCR扩增 | Q5热启动聚合酶 | NEB | -- |
| 测序 | Illumina MiSeq平台 | Illumina | -- |
| V3 600循环试剂盒 | Illumina | -- | |
| 生理指标测定 | 总抗氧化能力检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K168-S |
| 丙二醛检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K136-S | |
| Elabscience检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K025-S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本采集 | 采样区域、时间、鱼类种类、样本量 阅读提示:Methods: Study Location and Fish Collection |
| DNA提取 | 试剂盒、裂解管、珠磨条件 阅读提示:Methods: Microbiome DNA Extraction |
| PCR扩增与测序 | 引物、PCR条件、测序平台 阅读提示:Methods: PCR Amplification and Sequencing |
| 数据分析 | 生物信息学流程、统计方法 阅读提示:Methods: Sequence Analysis, Statistical Analysis |