基于机器学习建立以免疫相关基因为基础的主动脉夹层诊断和免疫调节评估的列线图模型

Establishment of a nomogram model based on immune-related genes using machine learning for aortic dissection diagnosis and immunomodulation assessment.

作者信息Yanjun Hou, Yangyang Zhao, Zhensu Shi, Yipeng Pan, Kaijia Shi, Chaoyang Zhao, Shengnan Liu, Yongkun Chen, Lini Zhao, Jizhen Wu, Guangquan Ge, Wei Jie
PMID39991758
发布时间2025-01-21
DOI10.7150/ijms.100572

实验完整度

结合大量生物信息学分析(GEO数据集、WGCNA、机器学习)与体外实验(qRT-PCR、Western blot、ELISA)对基因表达进行验证,但缺乏功能或机制验证。

主要模型

主动脉组织样本(AD患者与健康对照) 血清样本(AD患者与健康对照)

重点核对

训练集(GSE52093、GSE147026、GSE153434)共21例AD患者和19例对照,合并后用于识别差异表达基因 外部验证集GSE98770(6例患者、5例对照)和GSE190635(4例患者、4例对照) 用于qRT-PCR和ELISA验证的临床样本:10例健康供体和12例AD患者(2021-2022年)

摘要

主动脉夹层(AD)的临床表现复杂多样,早期诊断对患者的生存至关重要。本研究旨在识别免疫相关标志物,建立用于AD诊断的列线图模型。来自GEO的三个数据集——GSE52093、GSE147026和GSE153434——被合并,并通过加权基因共表达网络分析用于识别免疫相关致病基因,获得了136个免疫相关基因。然后,通过蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出15个关键基因。通过机器学习,包括最小绝对收缩和选择算子算法、随机森林算法和多变量逻辑回归,获得了四个关键特征基因——CXCL1、ITGA5、PTX3和TIMP1——基于这四个基因的诊断评分被证明能有效区分AD患者和健康供体。外部数据集(GSE98770和GSE190635)验证显示,该列线图具有较强的预测意义。进一步分析显示,这些基因与AD中的中性粒细胞、静息NK细胞、静息肥大细胞、活化肥大细胞、活化树突状细胞、中央记忆CD4 T细胞、γδ T细胞、自然杀伤T细胞和髓系来源抑制细胞相关。最后,这四个基因在AD患者的组织和血清样本中与对照组相比被验证上调。这些结果表明,这个使用机器学习识别的四个免疫相关基因CXCL1、ITGA5、PTX3和TIMP1的列线图模型在区分AD和健康个体方面显示出优越的诊断能力,并且与这些枢纽基因相关的免疫细胞可能是AD的治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
本研究旨在识别免疫相关标志物,以建立主动脉夹层(AD)的诊断和免疫调节评估的列线图模型。
核心机制
四个枢纽基因(CXCL1、ITGA5、PTX3、TIMP1)可能通过中性粒细胞吸引、ECM重塑和急性炎症参与AD的发病机制。
主要证据
基于四个基因的诊断评分在训练集(AUC=0.972)和外部验证集(GSE98770,AUC=0.933)中显示出高区分能力;患者组织(qRT-PCR、Western blot)和血清(ELISA)样本中四个基因表达均上调。
研究意义
该列线图模型为AD诊断和免疫调节评估提供了一种可行方法,且与枢纽基因相关的免疫细胞可能是AD的治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

数据收集和差异表达基因识别

合并GEO数据集并去除批次效应,鉴定AD与对照之间的差异表达基因。

从GEO数据库获取GSE52093、GSE147026、GSE153434数据集,使用SVA算法去除批次效应后合并,应用limma包识别DEGs(FDR<0.05, |log2FC|≥1),共得到1131个DEGs。

2

加权基因共表达网络分析(WGCNA)

识别与免疫评分相关的基因模块。

使用R包WGCNA,选择软阈值β=10(scale-free R²=0.98)构建基因共表达网络,通过动态修剪和TOM聚类将1131个基因分为三个模块,其中绿色模块与免疫和致病性高度相关(相关系数0.86,P=1×10-12),包含136个基因。

3

功能富集分析和PPI网络

探索模块基因的生物学功能,并通过蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选枢纽基因。

通过GO和KEGG富集分析揭示模块基因主要涉及炎症反应、细胞因子反应等;使用STRING构建PPI网络,并用Cytoscape及cytoHubba插件的五种拓扑算法(DMNC、MCC、MNC、Degree、EPC)筛选出15个枢纽基因。

4

机器学习筛选特征基因

从15个枢纽基因中筛选用于诊断的特征基因。

应用LASSO、SVM-RFE和随机森林三种算法筛选特征基因,通过Venn图取交集得到四个关键基因:CXCL1、ITGA5、PTX3、TIMP1。

5

构建诊断评分和列线图

基于四个特征基因构建诊断评分和列线图模型,并评估其性能。

通过多变量逻辑回归计算回归系数,建立诊断评分公式;构建列线图,并通过校准曲线、决策曲线分析和临床影响曲线评估模型性能。

6

外部验证

验证诊断评分在外部数据集中的预测能力。

使用GSE98770和GSE190635数据集作为外部验证,评估模型性能。

7

免疫细胞浸润分析

分析AD与对照样本中免疫细胞浸润差异,并探索四个特征基因与免疫细胞的相关性。

使用CIBERSORT和ssGSEA算法量化免疫细胞比例,分析差异;并探索四个基因与免疫细胞的相关性。

8

患者样本验证

验证四个基因在AD患者组织和血清中的表达水平。

收集AD患者和健康供体的主动脉组织和血清样本,通过qRT-PCR、Western blot和ELISA检测四个基因的表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
RNeasy Micro 试剂盒Qiagen74104
QuantiTect反转录试剂盒Qiagen205311
SYBR Green qPCR预混液Bio-Rad1725110
PVDF膜Bio-Rad#1620177
湿转仪Bio-Rad#1703930
CXCL1抗体Invitrogen#PA1-29220
PTX3抗体Invitrogen#PA5-101097
ITGA5抗体Protein tech#10569-1-AP
TIMP1抗体Santa Cruz#sc-21734
β-actin抗体Santa Cruz#sc-47778
Bio-Rad Clarity ECL底物Bio-Rad#1705060
ChemiDoc XRS+系统Bio-Rad--
CXCL1 ELISA试剂盒Elab Sciences#E-EL-H0045
TIMP1 ELISA试剂盒Elab Science#E-EL-H0184
ITGA5 ELISA试剂盒Boster Bio#EK2227
PTX3 ELISA试剂盒Invitrogen#EH386RB
Tecan Spark酶标仪----

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
数据获取与处理
数据集GSE52093、GSE147026、GSE153434的样本量和分组;合并后训练集包含21例AD和19例对照;log2转换;SVA算法的应用。
阅读提示:Materials and Methods: Public data collection and de-batching
差异表达基因和WGCNA
DEGs筛选阈值(FDR<0.05, |log2FC|≥1);软阈值β=10;模块识别。
阅读提示:Materials and Methods: Identification of immune-related disease-causing genes; Results: Identification of immune-related disease-causing genes
机器学习
LASSO参数(family='binomial', nfolds=10);SVM-RFE参数(halfve. above=20, k=10);随机森林参数(ntree=500, mtry=3, importance=T)。
阅读提示:Materials and Methods: Machine learning
模型验证
外部验证数据集GSE98770和GSE190635的样本组成;ROC曲线分析及AUC值。
阅读提示:Materials and Methods: External validation; Results: Validation and performance evaluation
患者样本验证
样本来源(10例健康供体和12例AD患者);qRT-PCR引物序列;Western blot抗体稀释度;ELISA试剂盒型号。
阅读提示:Materials and Methods: Ethics statement and clinical sample collection, RNA extraction and qRT-PCR, Protein extraction and western blotting, Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)