daf-18缺失的性别特异性生存分析
评估daf-18缺失对雄性和雌雄同体线虫生存的影响。
通过L1停滞生存实验和成虫寿命分析,比较daf-18(ok480)雄性和雌雄同体与对照(him-5)的存活率。
Male sex determination maintains proteostasis and extends lifespan of daf-18/PTEN deficient C. elegans.
包含L1停滞存活、成虫寿命、RNA-seq、UPRER检测、蛋白聚集、泛素化、蛋白酶体活性、蛋白毒性模型(A-β和α-syn)等多项独立实验,并进行了功能验证(过表达/敲低)及机制验证(磷酸酶突变体和性别决定基因干预)。
秀丽隐杆线虫(C. elegans) daf-18(ok480)突变体 CL2006(β-淀粉样蛋白毒性模型) NL5901(α-突触核蛋白毒性模型)
daf-18(ok480)雄性成虫寿命显著长于雌雄同体; unc-23在daf-18缺陷雄性中上调,敲低后雄性寿命缩短; DAF-18蛋白磷酸酶活性(D137A)而非脂质磷酸酶活性(G174E)决定生存优势; C18E9.2丝氨酸301磷酸化导致蛋白质毒性; MG132抑制蛋白酶体可消除雄性生存优势
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估daf-18缺失对雄性和雌雄同体线虫生存的影响。
通过L1停滞生存实验和成虫寿命分析,比较daf-18(ok480)雄性和雌雄同体与对照(him-5)的存活率。
寻找daf-18缺失后雄性特异性上调的生存相关基因。
对daf-18(ok480)雄性和雌雄同体进行RNA-seq,分析差异表达基因,并进行KEGG通路富集和实时PCR验证。
验证unc-23是否介导daf-18缺陷雄性的生存优势。
通过RNAi敲低和过表达实验,观察unc-23对L1停滞存活和成虫寿命的影响。
评估daf-18缺失对未折叠蛋白、蛋白聚集和泛素化的影响。
使用UPRER报告基因(hsp-4p::GFP)、PROTEOSTAT蛋白聚集检测、Western blot检测总泛素化和K48链接泛素化。
验证daf-18缺陷雄性是否通过增强蛋白酶体活性降解未折叠蛋白。
利用荧光底物Z-Gly-Gly-Leu-AMC检测26S蛋白酶体糜蛋白酶样活性,并用MG132抑制验证。
在A-β和α-突触核蛋白毒性模型中验证daf-18缺陷雄性的蛋白稳态优势。
使用CL2006(表达A-β2-42)和NL5901(表达α-synuclein)品系,分析瘫痪率、A-β聚集、α-syn聚集体和运动能力。
鉴定DAF-18蛋白磷酸酶底物并验证其磷酸化状态对蛋白稳态的影响。
通过磷酸化蛋白质组学比较N2和daf-18(D137A)的磷酸化位点,发现C18E9.2S301磷酸化;构建C18E9.2(S301E/S301A)突变体并分析寿命和蛋白稳态。
确定性别决定通路是否调控unc-23表达及daf-18缺陷雄性的生存优势。
通过RNAi和突变体干扰性别决定基因(tra-3、her-1、fem-2等),观察unc-23表达、寿命和蛋白稳态变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNAi | 四环素 | Sangon Biotech | 64-75-5 |
| 异丙基-β-D-硫代半乳糖苷 | Sigma | 15502 | |
| RNA提取 | RNAiso Plus | Takara | 9109 |
| PCR扩增 | Phusion高保真PCR预混液 | Thermo Scientific | F531L |
| cDNA合成 | 高效cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | 4368814 |
| 实时PCR | Power SYBR Green PCR预混液 | Applied Biosystems | 4368577 |
| DNA纯化 | GenElute凝胶回收试剂盒 | Sigma | NA1111 |
| DNA连接 | 快速连接试剂盒 | NEB | M2200L |
| 蛋白聚集检测 | PROTEOSTAT蛋白聚集检测试剂盒 | Enzo Life Sciences | ENZ-51023-KP002 |
| 蛋白酶体活性检测 | Z-Gly-Gly-Leu-AMC(荧光底物) | Sigma | SCP0225 |
| Western blot | 抗泛素单克隆抗体(P4D1) | CST | 3936S |
| K48抗体 | Abcam | ab140601 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Abways | AB0039 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)(过氧化物酶/HRP偶联) | Elabscience | E-AB-1003 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | Beyotime | A0216 | |
| β-淀粉样蛋白1-16抗体(6E10) | PTM Bio | PTM-20007 | |
| 显微注射 | pJRK248质粒 | Addgene | Plasmid #173755 |
| L2528质粒 | Addgene | Plasmid #1606 | |
| 荧光成像 | Leica M165 FC荧光体视显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| L1停滞存活实验 | M9中添加0.08%乙醇;每日转移50-100μL含100个以上L1虫液至NGM板,3天后统计存活比例;样本量n≥280(每日);重复三次 阅读提示:见Methods 'Survival and lifespan assays' 及图1A/B图注 |
| 成虫寿命分析 | 同步化L3-L4雄性或雌雄同体随机挑选;每日记录生存;样本量每组n≈77-101;重复三次 阅读提示:见Methods 'Survival and lifespan assays' 及图1C-F图注 |
| RNAi处理 | 使用HT115菌株,含空载体L4440或靶基因RNAi;LB琼脂含氨苄青霉素(100 μg/mL)和四环素(12.5 μg/mL);NGM-amp(100 μg/mL)加1 mM IPTG诱导;L4幼虫处理24小时 阅读提示:见Methods 'RNAi' |
| 实时PCR | 使用RNAiso Plus提取RNA;cDNA合成试剂盒;SYBR Green;内参cdc-42;至少3个生物学重复 阅读提示:见Methods 'Real-time PCR' |
| 蛋白聚集检测 | PROTEOSTAT试剂盒;蛋白浓度1 μg/mL至10 mg/mL;使用96孔板,2μL检测试剂;荧光测定(激发550nm,发射600nm) 阅读提示:见Methods 'PROTEOSTAT analysis' |
| Western blot分析 | 总蛋白20 μg;SDS-PAGE;PVDF膜;抗泛素(P4D1)1:200;K48抗体1:200;β-tubulin 1:5000 阅读提示:见Methods 'Western blot analysis' |
| 蛋白酶体活性检测 | 总蛋白25 μg;底物Z-Gly-Gly-Leu-AMC;荧光测定(激发380nm,发射460nm),每5分钟读一次,持续1小时 阅读提示:见Methods '26S proteasome fluorogenic peptidase assays' |
| RNA-seq | 年轻成虫;分离雄性和雌雄同体(L3至L4阶段);RNA质量(浓度约50 ng/μL,总量35 μL);文库制备使用KAPA Stranded RNA-Seq Kit;参考基因组WBcel235 阅读提示:见Methods 'RNA sequencing' |