患者入组和样本分组
根据BMI将RCC患者分为瘦、超重和肥胖三组,获取瘤周脂肪组织和肿瘤组织。
从32名RCC患者手术中收集瘤周脂肪组织和肿瘤及健康肾组织,按BMI分为三组(每组n=10),并对肿瘤组织进行肿瘤抑制基因表达检测。
Obesity alters the fitness of peritumoral adipose tissue, exacerbating tumor invasiveness in renal cancer through the induction of ADAM12 and CYP1B1.
包含患者样本分离培养、RNA测序、基因沉默功能实验、体外增殖迁移及体内异种移植等多层级验证。
人肾细胞癌细胞系A498和786-O 人脂肪来源基质/干细胞分化成的脂肪细胞 NOD/SCID小鼠皮下异种移植模型 肾癌患者瘤周脂肪组织和肿瘤组织
患者分组:按BMI分为瘦(18.5≤BMI<24.9)、超重(25≤BMI<29.9)和肥胖(BMI≥30) 基因沉默:使用三种shRNA分别靶向ADAM12和CYP1B1(shADAM12 #1-#3,shCYP1B1 #1-#3) 细胞处理:786-O细胞用50%条件培养基处理,A498细胞用100%条件培养基处理 体内模型:每只小鼠皮下共注射3×10^6个A498细胞和3×10^6个CAAs(shCTR、shADAM12或shCYP1B1) 统计显著性:P<0.05,三组比较用单因素或双因素ANOVA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
根据BMI将RCC患者分为瘦、超重和肥胖三组,获取瘤周脂肪组织和肿瘤组织。
从32名RCC患者手术中收集瘤周脂肪组织和肿瘤及健康肾组织,按BMI分为三组(每组n=10),并对肿瘤组织进行肿瘤抑制基因表达检测。
从瘤周脂肪组织分离ASC并分化为成熟脂肪细胞,以模拟肿瘤微环境中的CAAs。
将脂肪组织剪碎、胶原酶消化后分离SVF,培养ASC至第三代,用脂肪生成培养基诱导分化15天,通过油红O染色验证成熟。
检测不同BMI来源脂肪细胞分泌因子对RCC细胞炎症基因表达的影响。
用不同脂肪细胞的条件培养基处理A498细胞48小时,检测IL6、CXCR4、SDF1、BAFFR的mRNA表达。
鉴定瘦、超重、肥胖脂肪细胞中差异表达基因,筛选与肿瘤相关通路相关的关键基因。
对三组(每组3个样本)分化脂肪细胞进行mRNA测序,筛选DEGs(|Log2FC|≥1.5,P<0.05),进行GO和通路富集,关注细胞外基质组织、血管生成、内皮细胞迁移通路,最终聚焦ADAM12和CYP1B1。
验证ADAM12和CYP1B1在脂肪细胞中的功能,及其对RCC细胞增殖和迁移的影响。
用shRNA沉默脂肪细胞中ADAM12或CYP1B1,收集条件培养基,用于786-O细胞的3D球体形成实验和划痕实验。
验证ADAM12和CYP1B1在脂肪细胞中的表达对RCC肿瘤生长的影响。
将A498细胞与转染shCTR、shADAM12或shCYP1B1的CAAs共注射到NOD/SCID小鼠皮下,监测肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本制备 | DMEM培养基(HiMedia) | HiMedia Leading BioSciences Company | AL007-500ML |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| IV型胶原酶 | Gibco | 17104-019 | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | -- |
| 70 μm细胞筛网 | Corning | 431751 | |
| RPMI 1640培养基 | HiMedia Leading BioSciences Company | AL028 | |
| MycoAlert Plus检测试剂盒 | Lonza | LT07-218 | |
| 脂肪细胞分化 | 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D4902 |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma-Aldrich | I7018 | |
| 重组人胰岛素 | Sigma-Aldrich | I2643 | |
| 油红O | Sigma-Aldrich | O0625 | |
| RNA测序 | TRIzol试剂 | Life Technologies | 15596018 |
| RNeasy MinElute纯化试剂盒 | Qiagen | 74204 | |
| 基因沉默 | 基质胶 | BD Biosciences | 354234 |
| Lipofectamine-3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| EcoRI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0101 | |
| XhoI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0146 | |
| 细胞因子检测 | 人磁珠Luminex检测试剂盒 | R&D System | CUSTOM-LXSA-H-21 |
| Luminex 200系统 | Bio-Techne | LX200-XPON-RUO | |
| 3D球体实验 | 超低吸附聚苯乙烯96孔板 | Corning | 7007 |
| DAPI核酸染料 | Invitrogen | D1306 | |
| Western blot | 抗ADAM12抗体(1G3) | Santa Cruz Biotechnology | sc-293225 |
| 抗CYP1B1抗体(G-4) | Santa Cruz Biotechnology | sc-374228 | |
| 抗鼠IgG-HRP二抗 | Bio-Rad | 1706516 | |
| 抗兔IgG-HRP二抗 | Bio-Rad | 1706515 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 8457S | |
| 抗GAPDH抗体 | Elabscience | E-AB-20059 | |
| 蛋白质提取 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T8787 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8340 | |
| β-甘油磷酸二钠 | Sigma-Aldrich | G5422 | |
| 原钒酸钠 | Sigma-Aldrich | S6508 | |
| 蛋白质定量 | 蛋白测定染料试剂 | Bio-Rad | -- |
| Western blot | Immobilon-P转印膜 | Millipore | GE10600023 |
| 化学发光HRP底物 | Millipore | WBKLS0500 | |
| Chemidoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RT-qPCR | SuperScript VILO MasterMix逆转录试剂 | Life Technologies | 11755-050 |
| CFX Connect实时荧光定量PCR检测系统 | Bio-Rad | 1855201 | |
| SYBR Green荧光染料 | Bio-Rad | 1708882 | |
| 体内实验 | NOD/SCID小鼠 | Jackson Laboratory | -- |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| 显微镜观察 | Leica DMi8显微镜 | Leica Microsystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者分组 | BMI分组标准:18.5≤BMI<24.9为瘦,25≤BMI<29.9为超重,BMI≥30为肥胖;各组患者数量(n=10) 阅读提示:见Materials and Methods 2.1节及Table 1 |
| 脂肪细胞分化 | ASC传代次数(第3代)、分化起始汇合度(80%)、诱导培养基成分(1.0 μm地塞米松、0.5 mm IBMX、10.0 μg/mL胰岛素)、分化持续时间(15天) 阅读提示:见Materials and Methods 2.4节 |
| 基因沉默 | shRNA靶向序列(三种),转染试剂Lipofectamine-3000,转染时的细胞状态(分化第7天),转染后培养时间(48小时) 阅读提示:见Materials and Methods 2.8节 |
| 条件培养基实验 | CM浓度(球体实验25%,划痕实验50%),处理时间(球体测量至11天,划痕至6小时),对照(shCTR) 阅读提示:见Materials and Methods 2.10-2.11节及Figure legends 5和6 |
| 体内异种移植 | 小鼠品系(NOD/SCID),性别(雄性),年龄(6-8周),细胞注射数量(3×10^6 RCC + 3×10^6 CAA),肿瘤生长测量频率(每周两次),终止标准(2 cm^3) 阅读提示:见Materials and Methods 2.12节 |