网络药理学预测活性成分与靶点
预测参莲汤的活性成分及其治疗T2DM的潜在靶点。
从TCMSP数据库筛选参莲汤活性成分(OB≥30%,DL≥0.18),预测靶点;从GeneCards和OMIM数据库获取T2DM相关靶点,取交集获得潜在治疗靶点。
Shenlian Decoction Ameliorates LPS-Related Inflammation in db/db Mice: Coupling Network Pharmacology With Experimental Verification.
包含网络药理学预测和体内动物实验验证,但缺少体外细胞实验和其他独立证据层级。
db/db小鼠 db/m小鼠
SL脱coction剂量:黄连4.55 g/kg、人参0.455 g/kg,灌胃给药,持续8周 Metformin剂量:0.228 g/kg,灌胃给药,持续8周 各组动物数:n=6(血清和SCFA检测)或n=4(免疫组化) 血清LPS检测使用鲎试剂盒(GenScript, L00350) 免疫组化抗体:TLR4, NF-κB, MYD88, ZO-1, Claudin-1, Occludin(Proteintech)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测参莲汤的活性成分及其治疗T2DM的潜在靶点。
从TCMSP数据库筛选参莲汤活性成分(OB≥30%,DL≥0.18),预测靶点;从GeneCards和OMIM数据库获取T2DM相关靶点,取交集获得潜在治疗靶点。
分析参莲汤治疗T2DM的核心靶点和关键通路。
使用STRING数据库构建PPI网络,通过Cytoscape计算核心基因;利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。
验证参莲汤对db/db小鼠糖脂代谢、肠道屏障、炎症和LPS相关通路的影响。
db/db小鼠随机分为DC、SL、Met组,db/m小鼠为NC组,灌胃给药8周;检测血清GSP、TG、TC、LPS、炎症因子,回肠HE染色和免疫组化,粪便SCFAs。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 参莲汤 | 北京康美制药有限公司 | -- |
| 血清参数检测 | 糖化血清蛋白检测试剂盒 | 南京建成生物工程研究所 | A037-1-0 |
| 甘油三酯检测试剂盒 | 南京建成生物工程研究所 | A037-1-1 | |
| 总胆固醇检测试剂盒 | 南京建成生物工程研究所 | A037-1-1 | |
| 血清LPS检测 | 显色鲎变形细胞裂解物检测试剂盒 | GenScript | L00350 |
| ELISA检测 | TGF-β1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0162 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-MSEL-M0003 | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-MSEL-M0001 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-MSEL-M0002 | |
| 免疫组化 | 抗TLR4抗体 | Proteintech | 19811-1-AP |
| 抗NF-κB抗体 | Proteintech | 10745-1-AP | |
| 抗MYD88抗体 | Proteintech | 23230-1-AP | |
| 抗ZO-1抗体 | Proteintech | 21773-1-AP | |
| 抗Claudin-1抗体 | Proteintech | 13050-1-AP | |
| 抗Occludin抗体 | Proteintech | 27260-1-AP | |
| GC-MS分析 | 气相色谱-质谱联用系统(安捷伦7890/5975C) | Agilent | 7890/5975C |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学筛选 | TCMSP数据库版本和筛选阈值(OB≥30%,DL≥0.18);GeneCards和OMIM数据库的检索词和筛选标准;STRING数据库的置信度设置。 阅读提示:Methods 2.1-2.3 |
| 动物分组和给药 | 动物品系、年龄、性别;分组(DC、SL、Met、NC);药物剂量(SL:黄连4.55g/kg+人参0.455g/kg;Met:0.228g/kg);给药方式(灌胃0.2mL/10g);给药周期(8周)。 阅读提示:Methods 2.4.2和2.4.3 |
| 血清指标检测 | 试剂盒品牌和货号(GSP:A037-1-0;TG和TC:A037-1-1;LPS:L00350;ELISA:E-EL-0162等);样本处理条件(离心4000g,10min,4°C)。 阅读提示:Methods 2.4.4 |
| 免疫组化 | 抗体品牌和货号;组织固定条件(4%多聚甲醛,pH7.4);染色步骤和量化方法(ImageJ 1.51j8)。 阅读提示:Methods 2.4.5和2.4.6 |
| SCFA检测 | 粪便样本量(300mg);预处理步骤(加入1mL ddH2O,离心14,000g 10min;25%偏磷酸处理,离心12,000g 15min);GC-MS仪器型号(Agilent 7890/5975C)。 阅读提示:Methods 2.4.7 |