生物信息学分析
评估B7H3在乳腺癌中的表达及其临床意义,预测调控B7H3的miRNA。
利用TCGA-BRCA数据比较B7H3在肿瘤与正常组织中的表达,进行Cox回归、Logistic回归和ROC分析;通过GEO数据验证生存关联;利用TarBase、miRTarBase、miRBase数据库预测miRNA,构建miRNA-B7H3网络。
Hsa-miR-214-3p inhibits breast cancer cell growth and improves the tumor immune microenvironment by downregulating B7H3.
包含TCGA/GEO数据库分析、双荧光素酶报告、细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、EdU、凋亡)、流式与ELISA共培养实验等多个独立证据层级,并包含机制验证。
乳腺癌细胞系MCF-7、BT-474、SUM-149、MDA-231 人外周血单个核细胞(PBMCs)与BT-474共培养体系 乳腺癌患者组织样本(20例癌组织及癌旁组织) TCGA-BRCA和GEO(GSE16201)数据队列
B7H3和hsa-miR-214-3p在乳腺癌细胞系(MCF-7、BT-474、SUM-149)中的基础表达水平 双荧光素酶报告基因实验中hsa-miR-214-3p mimics或NC mimics与B7H3野生型/突变型报告质粒共转染293T细胞,作用48小时 CCK-8实验中MCF-7或BT-474细胞以每孔3000-5000细胞接种,处理24-96小时 共培养实验中PBMCs与BT-474细胞比例为5:1,加入CD28激活抗体(5 μg/mL),共培养48小时 统计检验采用配对或独立双样本t检验,p < 0.05认为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估B7H3在乳腺癌中的表达及其临床意义,预测调控B7H3的miRNA。
利用TCGA-BRCA数据比较B7H3在肿瘤与正常组织中的表达,进行Cox回归、Logistic回归和ROC分析;通过GEO数据验证生存关联;利用TarBase、miRTarBase、miRBase数据库预测miRNA,构建miRNA-B7H3网络。
验证B7H3和hsa-miR-214-3p在乳腺癌组织与癌旁组织中的表达差异及相关性。
收集20例乳腺癌患者的癌组织和癌旁组织,提取RNA和总蛋白,使用RT-qPCR检测B7H3和hsa-miR-214-3p表达,利用Western blot检测B7H3蛋白水平,并进行相关性分析。
验证hsa-miR-214-3p是否直接靶向B7H3的3'UTR,并鉴定结合位点。
将B7H3 mRNA的野生型和突变型序列克隆到报告质粒中,与hsa-miR-214-3p mimics或NC mimics共转染293T细胞,48小时后检测荧光素酶活性。
观察B7H3和hsa-miR-214-3p在乳腺癌细胞中的亚细胞分布。
使用FISH和免疫荧光实验检测BT-474细胞中B7H3蛋白和hsa-miR-214-3p的定位。
评估B7H3和hsa-miR-214-3p对乳腺癌细胞增殖能力的影响。
在MCF-7或BT-474细胞中转染hsa-miR-214-3p mimics、NC mimics、B7H3过表达质粒或siRNA等,通过CCK-8、平板克隆形成和EdU实验检测细胞增殖。
检测hsa-miR-214-3p和B7H3对细胞凋亡及细胞周期分布的影响。
使用流式细胞术检测转染后MCF-7或BT-474细胞的凋亡率和细胞周期分布。
评估hsa-miR-214-3p调控B7H3对免疫细胞功能及细胞因子的影响。
将经不同处理的BT-474细胞与人PBMCs共培养,利用流式细胞术检测CD3+CD4+、CD3+CD8+、CD3-CD56+、CD11b+细胞比例,利用ELISA检测IL-2、IL-4、IFN-γ水平,并用EdU实验检测BT-474增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | A5670701 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Gibco | 16185 |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂盒 | Vazyme | R401-01 |
| 逆转录试剂盒 | Vazyme | R222-01 | |
| miRNA逆转录试剂盒 | Vazyme | MR101-02 | |
| ChamQ Universal SYBR qPCR预混试剂盒 | Vazyme | Q711-03 | |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 荧光原位杂交 | RNA荧光原位杂交试剂盒 | Beyotime | R0306S |
| 免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | V900933-100G |
| 抗CD276抗体 | Proteintech | 14453-1-AP | |
| Cy3偶联的羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00009-2 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1005 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| 抗B7H3抗体 | Proteintech | 30052-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 兔二抗 | Proteintech | SA00001-2-100UL | |
| 小鼠二抗 | Proteintech | SA00001-1-100UL | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| CCK-8增殖实验 | CCK-8试剂 | GlpBio | GK10001-1 |
| CCK-8实验检测 | VICTOR Nivo™多功能酶标仪 | Perkin-Elmer | -- |
| 平板克隆形成实验 | Giemsa染色液 | LEAGENE | DM0012 |
| DMi1倒置显微镜 | Leica | -- | |
| EdU增殖实验 | EdU检测试剂盒 | Beyotime | C0071L |
| Hoechst 33342 | Gibco | 62249 | |
| 细胞周期实验 | 细胞周期检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGA9101-100 |
| 流式细胞术 | FACSCanto流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 共培养实验 | RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 人CD28激活小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 91920S | |
| ELISA | IL-2、IL-4和IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0099c, E-EL-H0101c, E-EL-H0108c |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA-BRCA数据下载日期和处理方式(HTSeq-FPKM转换为TPM);GEO数据集GSE16201的选择标准(样本量≥10);差异表达和富集分析的软件版本。 阅读提示:Materials and Methods, Bioinformatic analysis; Results, Bioinformatic analysis |
| 临床样本 | 患者数量(20例)、组织类型(癌与癌旁)、储存条件(液氮快速冷冻40分钟)及伦理批准号。 阅读提示:Materials and Methods, Breast cancer tissues, cell lines, and cell culture |
| 细胞培养 | 细胞系来源(中科院细胞库)、培养基(高糖DMEM+10%FBS+双抗)、培养条件(37°C、5% CO2、95%湿度)。 阅读提示:Materials and Methods, Breast cancer tissues, cell lines, and cell culture |
| 双荧光素酶报告实验 | 野生型和突变型载体序列、转染细胞系(293T)、转染试剂(hsa-miR-214-3p mimics或NC mimics)、检测时间(48小时)。 阅读提示:Materials and Methods, Dual luciferase reporter gene assay; Results, Figure 4 |
| RT-qPCR | 引物序列、内参基因(β-actin、U6)、试剂盒及循环条件。 阅读提示:Materials and Methods, Real-time PCR |
| Western blot | 一抗(B7H3、β-actin)稀释比例、二抗稀释比例、蛋白上样量及曝光系统。 阅读提示:Materials and Methods, Western blot analysis |
| 细胞增殖实验 | CCK-8:细胞数、培养时间、检测波长;克隆形成:细胞数、培养时间、染色方法;EdU:细胞数、转染时间、EdU标记时间。 阅读提示:Materials and Methods, Cell Counting Kit-8 (CCK-8) proliferation assay; Plate clone proliferation assay; EdU cell proliferation assay |
| 细胞周期和凋亡实验 | 细胞接种密度、转染分组(WT、NC、mimics、OE-B7H3等)、处理时间、染色试剂及流式细胞仪。 阅读提示:Materials and Methods, Cell-cycle assay; Results, Figure 9 |
| 免疫共培养实验 | PBMCs供者数量(10位健康志愿者)、共培养比例(5:1)、CD28抗体浓度(5 μg/mL)、共培养时间(48小时)及流式抗体组合。 阅读提示:Materials and Methods, Flow cytometry assay; ELISA |