数据库分析
分析膀胱癌患者中葡萄糖代谢相关基因表达与生存期的关系。
使用UALCAN数据库分析SLC2A1和PKM2的表达与膀胱癌患者生存期的相关性。
Sotorasib inhibits ubiquitination degradation of TXNIP and suppresses glucose metabolism in KRASG12C mutant bladder cancer.
文献包含体外细胞实验(MTT、克隆形成、葡萄糖/乳酸检测、Seahorse)、分子机制实验(Western blot、qRT-PCR、免疫荧光、免疫共沉淀)以及体内动物模型(皮下异种移植瘤)验证。
KRAS G12C突变人膀胱癌细胞系UMUC3 野生型人膀胱癌细胞系T24 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
使用KRAS G12C突变型(UMUC3)与野生型(T24)膀胱癌细胞系比较葡萄糖代谢及对Sotorasib的敏感性 Sotorasib处理浓度:16 μM和32 μM,处理时间12小时 CHX(40 μg/mL)存在下检测TXNIP蛋白降解速率 MG132(1 μM)和CQ(5 μM)用于确定TXNIP降解的主要途径 体内实验中Sotorasib给药剂量为10 mg/kg,每2天一次,共14天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析膀胱癌患者中葡萄糖代谢相关基因表达与生存期的关系。
使用UALCAN数据库分析SLC2A1和PKM2的表达与膀胱癌患者生存期的相关性。
比较KRAS G12C突变与野生型膀胱癌细胞的基础葡萄糖代谢能力和对Sotorasib的敏感性。
通过葡萄糖消耗、乳酸产生检测以及Western blot分析GLUT1表达,比较UMUC3和T24细胞;通过MTT和克隆形成实验检测Sotorasib对两种细胞增殖的抑制作用。
检测Sotorasib处理对KRAS G12C突变膀胱癌细胞葡萄糖代谢的影响。
用Sotorasib处理UMUC3和T24细胞,检测葡萄糖消耗、乳酸产生、OCR和ECAR,以及GLUT1、PKM2和LDHA的mRNA和蛋白表达;并通过免疫荧光检测GLUT1表达。
确定Sotorasib抑制细胞增殖是否依赖于抑制葡萄糖代谢。
使用糖酵解激动剂FDP与Sotorasib联合处理UMUC3细胞,通过MTT和克隆形成实验检测细胞增殖。
研究Sotorasib是否通过影响TXNIP的降解来调节其表达。
检测Sotorasib处理后TXNIP蛋白和mRNA水平的变化;使用CHX处理检测蛋白质降解速率;使用MG132和CQ处理确定降解途径;通过免疫共沉淀检测TXNIP的泛素化水平。
确认TXNIP是否作为葡萄糖代谢的负调节因子。
通过siRNA沉默TXNIP,检测葡萄糖消耗、乳酸产生以及GLUT1、PKM2和LDHA的表达变化;并在TXNIP敲低后观察Sotorasib对葡萄糖代谢抑制作用的减弱。
探讨Sotorasib是否通过RAS/RAF/ERK信号通路调节TXNIP表达。
检测Sotorasib对KRAS-cRAF结合、p-cRAF、p-ERK、p-AKT、p-mTOR表达的影响;通过敲低TXNIP检测KRAS、cRAF和ERK的表达变化;使用ERK激活剂TBHQ和抑制剂Selumetinib处理,观察TXNIP表达和泛素化变化;通过免疫共沉淀检测TXNIP与p-ERK的结合。
在动物模型中评估Sotorasib对KRAS G12C突变膀胱肿瘤生长的抑制作用以及对葡萄糖代谢相关蛋白的影响。
使用UMUC3或T24细胞建立BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型,待肿瘤体积达50 mm³后,给予Sotorasib或溶剂对照。记录肿瘤体积和体重,治疗14天后处死小鼠,收集肿瘤进行H&E、IHC(Ki-67)和Western blot分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Excell Bio | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 5A培养基 | iCell | -- | |
| MTT实验 | MTT试剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 酶标仪 | BioTek | SYNERGY HTX | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| ChemiDoc成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | 非变性裂解缓冲液 | Solarbio | -- |
| 蛋白A/G | Santa Cruz | -- | |
| 葡萄糖分析 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 裂解缓冲液 | Beyotime | -- | |
| 葡萄糖检测试剂 | Beyotime | -- | |
| 乳酸分析 | 乳酸检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Thermo | -- | |
| TaqMan基因表达预混液 | Bio-Rad | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 6000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | -- | -- |
| DyLight 549标记二抗 | Proteintech | -- | |
| 细胞外通量测定 | Seahorse XF24分析仪 | Agilent | -- |
| 糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent | 103020-100 | |
| 线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 | |
| Seahorse XF DMEM培养基 | Agilent | 103575-100 | |
| 谷氨酰胺 | Agilent | 103579-100 | |
| 葡萄糖 | Agilent | 103577-100 | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| 2-脱氧葡萄糖 | -- | -- | |
| FCCP | -- | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | GemPharmatech LLC | -- |
| 羧甲基纤维素钠 | -- | -- | |
| 组织学 | DAB底物试剂盒 | Cell Signaling | -- |
| 中性树脂 | Solarbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(iCell),培养基种类(UMUC3用MEM,T24用5A),血清浓度10% FBS,双抗1% 阅读提示:Methods:Cell culture |
| 药物处理 | Sotorasib浓度(0、16、32 μM),处理时间(12小时),给药方式(体外直接添加) 阅读提示:Results:Figure legends 3,4,6 |
| 葡萄糖代谢检测 | 细胞密度(2.5×10^5细胞/孔),检测时间点(处理前和处理后24小时),试剂盒(Beyotime葡萄糖检测试剂) 阅读提示:Methods:Glucose analysis |
| 乳酸检测 | 细胞密度(2.5×10^5细胞/孔),检测时间点(处理前和处理后24小时),试剂盒(Elabscience乳酸检测试剂盒) 阅读提示:Methods:Lactate analysis |
| 细胞外通量测定 | Seahorse XF24设备,试剂盒(Glycolysis Stress Test Kit、Mito Stress Test Kit),细胞密度(2.5×10^4细胞/孔),底物浓度(葡萄糖10 mM、丙酮酸1 mM、谷氨酰胺2 mM),寡霉素(1 μM),2-DG(50 mM),FCCP(1 μM),鱼藤酮/抗霉素A(0.5 μM) 阅读提示:Methods:Measurement of extracellular fluxes |
| Western blot | 抗体列表(补充表1),蛋白上样量,PVDF膜,ChemiDoc系统(Bio-Rad) 阅读提示:Methods:Western blot;Supplementary Table 1 |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠),周龄(4-6周),性别(雌性),数量(n=40),细胞接种方式,肿瘤体积阈值(50 mm³),Sotorasib给药剂量(10 mg/kg),给药频率(每2天一次),给药途径(灌胃),治疗时长(14天) 阅读提示:Methods:Subcutaneous xenograft model study |