果蝇突变体表型分析
验证DDX3同源物bel对雌性生育力和卵巢发育的影响
使用belneo30/bel6突变体,通过Western blot确认蛋白表达降低,进行产卵和生育力测试,测量卵巢大小。
DDX3 is critical for female fertility via translational control in oogenesis.
包含果蝇突变体和条件性敲除小鼠两个独立证据层级,并进行了凋亡检测、靶基因鉴定及翻译调控验证。
果蝇bel突变体(belneo30/bel6) 小鼠卵母细胞特异性Ddx3x敲除模型(Ddx3xloxP/loxP; Zp3-Cre) HeLa细胞 293T细胞
果蝇bel突变体组合(belneo30/bel6) 小鼠卵母细胞特异性敲除基因型(Ddx3xloxP/loxP; Zp3-Cre) shRNA序列(shDDX3-1和shDDX3-2) 5' UTR报告基因构建 生育力测试的配种方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证DDX3同源物bel对雌性生育力和卵巢发育的影响
使用belneo30/bel6突变体,通过Western blot确认蛋白表达降低,进行产卵和生育力测试,测量卵巢大小。
探究bel突变体不育是否由凋亡引起
对果蝇卵巢进行DAPI染色、免疫荧光(cDcp-1)和TUNEL染色,观察凋亡情况。
条件性敲除小鼠卵母细胞中的Ddx3x,研究其在卵子发生中的功能
通过CRISPR/Cas9构建loxP-flanked Ddx3x小鼠,与Zp3-Cre转基因小鼠交配,获得卵母细胞特异性敲除小鼠,并通过PCR基因型鉴定。
评估卵母细胞特异性Ddx3x敲除对小鼠生育力和卵泡发育的影响
进行生育力测试,测量子宫指数,观察卵巢大小,进行H&E染色和卵泡计数。
检查卵母细胞特异性Ddx3x敲除是否导致卵巢凋亡
对卵巢切片进行免疫组化(cleaved caspase 3)和TUNEL染色。
鉴定DDX3调控的与卵子发生相关的潜在靶基因
重新分析先前HeLa细胞中DDX3的翻译靶标,使用DAVID软件进行KEGG通路富集分析。
验证DDX3敲低对靶基因蛋白和mRNA表达的影响
在HeLa细胞中敲低DDX3,通过Western blot和qPCR检测靶基因的蛋白和mRNA水平。
评估DDX3敲低对靶基因mRNA翻译效率的影响
在293T细胞中敲低DDX3,通过蔗糖梯度离心和多聚核糖体谱分析,结合qPCR计算翻译效率。
验证DDX3通过5' UTR调控靶基因翻译
将靶基因5' UTR构建到火萤虫荧光素酶报告载体,与海肾荧光素酶报告共转染293T细胞,敲低DDX3后检测荧光素酶活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| Western blot分析 | PVDF转印膜 | Millipore | -- |
| anti-DDX3抗体 | -- | -- | |
| anti-α-tubulin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32293 | |
| anti-APC1抗体 | Cell Signaling | #13329 | |
| anti-cyclin E1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-247 | |
| anti-p38 MAPK抗体 | Cell Signaling | #8690 | |
| anti-PP2A-B56-β抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-515676 | |
| anti-PP2Aβ抗体 | GeneTex | GTX101690 | |
| anti-PKACα抗体 | GeneTex | GTX104934 | |
| anti-FBXW11抗体 | GeneTex | GTX33193 | |
| anti-Rac1抗体 | Millipore | 05-389 | |
| anti-GNAS抗体 | GeneTex | GTX113200 | |
| Immobilon Western化学发光HRP底物 | Millipore | -- | |
| ChemiDoc touch成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光染色 | ProLong Gold防淬灭封片剂(含DNA染料DAPI) | Invitrogen | P36935 |
| cleaved Dcp-1抗体 | Cell Signaling | #9578 | |
| 免疫荧光成像 | 倒置荧光显微镜 | Zeiss | Axio Observer A1 |
| 相机 | Zeiss | AxioCam MRm | |
| TUNEL检测(果蝇卵巢) | 一步法TUNEL原位凋亡检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 小鼠基因敲除模型构建 | C57BL/6 (C57BL/6JNarl)小鼠 | National Laboratory Animal Center | -- |
| Zp3-Cre (C57BL/6-Tg(Zp3-cre)93Knw/J)小鼠 | Jackson Laboratory | Stock No. 003651 | |
| 免疫组织化学 | BOND抗原修复液1 | Leica | -- |
| 小鼠的M.O.M封闭液 | Vector Laboratories | -- | |
| anti-DDX3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365768 | |
| cleaved caspase 3抗体 | Cell Signaling | #9661 | |
| Dako封片剂 | Agilent Technologies | -- | |
| 免疫组织化学成像 | Olympus显微镜数码相机DP71 | Olympus | DP71 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| Lipofectamine® 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 慢病毒转染 | 聚凝胺 | -- | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 实时定量RT-PCR | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| StepOnePlus™实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Fast SYBR Green Master Mix | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 多聚核糖体分析 | RNA酶抑制剂 | Promega | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Beckman SW41转子 | Beckman | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | pRL-SV40载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 果蝇生育力测试 | 突变体组合(belneo30/bel6),雌蝇数量和日龄,交配时间,产卵计数时间,后代孵化天数 阅读提示:见 'Drosophila fecundity and fertility tests' 和 Figure 1 legend |
| 果蝇卵巢凋亡检测 | 卵巢固定时间,透化试剂和浓度,抗体稀释度,TUNEL步骤 阅读提示:见 'DAPI and immunofluorescence staining of Drosophila ovaries' 和 'TUNEL assay of Drosophila ovaries',以及 Figure 2 legend |
| 小鼠模型构建 | loxP位点位置,Cre小鼠品系,繁殖策略 阅读提示:见 'Generation of oocyte-specific Ddx3x cKO mice' 和 Figure 3 legend |
| 小鼠生育力测试 | 雌鼠周龄,交配比例,交配时长,观察时间,重复次数 阅读提示:见 'Mouse fertility test' 和 Figure 4 legend |
| 小鼠卵巢组织学分析 | 固定液和固定时间,切片厚度,染色方法(H&E,IHC,TUNEL) 阅读提示:见 'Immunohistochemistry staining' 和 'TUNEL assay of mouse ovarian sections',以及 Figure 4和5 legends |
| 细胞敲低实验 | 细胞系,shRNA序列,MOI,polybrene浓度,筛选时间 阅读提示:见 'Lentivirus-mediated RNAi knockdown' 和 Figure 6 legend |
| 翻译效率分析 | 细胞系,转导和敲低效率,蔗糖梯度,超速离心条件,翻译效率计算方法 阅读提示:见 'Sucrose gradient sedimentation and polysome profile analysis' 和 Figure 7 legend |
| 双荧光素酶报告实验 | 载体构建,转染方法,内参选择,裂解和检测步骤 阅读提示:见 'Plasmid construction' 和 'In vivo translation assay',以及 Figure 8 legend |