患者m6A修饰谱分析
比较SLE患者与健康对照PBMCs中m6A修饰差异,筛选关键基因。
使用MeRIP-seq和RNA-seq分析3例健康对照和6例SLE患者PBMCs的m6A修饰和基因表达谱,联合分析筛选差异基因。
METTL3 facilitates kidney injury through promoting IRF4-mediated plasma cell infiltration via an m6A-dependent manner in systemic lupus erythematosus.
包含临床样本测序(MeRIP-seq/RNA-seq)、细胞系过表达验证、MRL/lpr小鼠模型功能实验(AAV敲低/过表达)及组织病理分析等多层级验证。
MRL/lpr小鼠(自发性SLE模型) Romas细胞(人Burkitt淋巴瘤细胞系) SLE患者PBMCs 狼疮肾炎患者肾活检组织
MRL/lpr小鼠雌性,10-12周龄,AAV9经肾盂原位注射,6-8周后分析 METTL3过表达(AAV9-METTL3-OE)和IRF4敲低(AAV9-IRF4-sh)的剂量与效率 IRF4高表达组肾损伤比例(56.25% vs 20%,P=0.0385) METTL3过表达后IRF4 m6A水平升高(MeRIP-qPCR) IRF4敲低后Cxcl1、Bcl3、Fos mRNA表达显著降低
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较SLE患者与健康对照PBMCs中m6A修饰差异,筛选关键基因。
使用MeRIP-seq和RNA-seq分析3例健康对照和6例SLE患者PBMCs的m6A修饰和基因表达谱,联合分析筛选差异基因。
验证IRF4在SLE患者中的表达变化及其与肾损伤的关联。
收集17例健康对照和31例SLE患者PBMCs,用qRT-PCR和Western blot检测IRF4表达,并分析其与临床特征的关系。
明确IRF4在MRL/lpr小鼠脾脏和肾脏中的表达及其在B细胞亚群中的分布。
用流式细胞术检测C57BL/6和MRL/lpr小鼠脾脏B细胞亚群及肾脏浆细胞中IRF4表达,用qRT-PCR和Western blot检测肾脏IRF4水平,用免疫荧光观察其与浆细胞共定位。
验证IRF4在MRL/lpr小鼠肾损伤中的作用。
通过肾盂原位注射AAV9-IRF4-sh敲低肾脏IRF4,检测肾功能指标、自身抗体、肾脏病理和浆细胞浸润。
探究METTL3在SLE患者和小鼠中的表达变化,及其对肾损伤的影响。
用Western blot检测SLE患者PBMCs中METTL3、ALKBH5、FTO表达,用IHC检测LN患者肾组织METTL3表达,用Western blot和流式检测MRL/lpr小鼠肾脏METTL3表达。通过AAV9-METTL3-OE过表达METTL3,观察对肾损伤和浆细胞浸润的影响。
证明METTL3通过m6A修饰上调IRF4表达。
在Romas细胞中过表达METTL3,检测IRF4 mRNA和蛋白水平,并用MeRIP-qPCR检测IRF4 mRNA的m6A富集。
寻找IRF4下游效应分子和信号通路。
对AAV9-IRF4-sh和对照病毒处理的小鼠肾脏进行RNA-seq,KEGG富集分析,并用qRT-PCR验证关键基因。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| PBMC分离 | 人淋巴细胞分离液 | Solarbio | P8610 |
| RNA提取 | MagZol试剂 | Magen | R4801 |
| RT-qPCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR047B |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820B | |
| Western blotting | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23227 |
| 抗IRF4抗体 | Cell Signaling Technology | 15106S | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗METTL3抗体 | Abcam | ab195352 | |
| 抗FTO抗体 | Abcam | ab126605 | |
| 抗ALKBH5抗体 | Novus | NBP3-06321 | |
| 抗Vinculin抗体 | Proteintech | 66305-1-Ig | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-2-500UL | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-1-500UL | |
| ECL化学发光试剂 | -- | -- | |
| Bio-Rad ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 流式细胞术 | APC/Fire 750抗小鼠CD3抗体 | Biolegend | 100247 |
| Alexa Fluor 700抗小鼠CD4抗体 | Biolegend | 100429 | |
| PerCP/Cyanine5.5抗小鼠CD8a抗体 | Biolegend | 100733 | |
| Brilliant Violet 785抗小鼠CD25抗体 | Biolegend | 102051 | |
| Alexa Fluor 647抗小鼠FOXP3抗体 | Biolegend | 126407 | |
| FITC抗小鼠CD19抗体 | Biolegend | 152403 | |
| Brilliant Violet 421抗小鼠/大鼠/人CD27抗体 | Biolegend | 124223 | |
| PE/Cyanine7抗小鼠IgD抗体 | Biolegend | 405719 | |
| Brilliant Violet 711抗小鼠CD138抗体 | Biolegend | 142519 | |
| True-Nuclear转录因子缓冲液套装 | Biolegend | 424401 | |
| PE抗IRF4抗体 | Biolegend | 646403 | |
| CoraLite594偶联METTL3单克隆抗体 | Proteintech | sCL594-67733 | |
| BD LSR II流式细胞仪 | BD | -- | |
| 免疫荧光 | 抗CD138抗体 | Novus Biologicals | MAB2966-SP |
| 山羊抗大鼠IgG (H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor 594 | Thermo Fisher | A11007 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L)交叉吸附二抗,Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher | A11008 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)高交叉吸附二抗Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher | A11029 | |
| 病理染色 | HE染色试剂盒 | Servicebio | G1005 |
| PAS染色试剂盒 | Servicebio | G1008 | |
| Masson染色试剂盒 | Servicebio | G1006 | |
| ELISA | 小鼠抗核抗体ELISA试剂盒 | MEIMIAN | MM-1042M1 |
| 小鼠尿白蛋白ELISA试剂盒 | MEIMIAN | MM-44286M1 | |
| 肾功能检测 | 肌酐检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K188-M |
| 尿素氮检测试剂盒 | Solarbio | BC1530 | |
| MeRIP-qPCR | riboMeRIP m6A转录组分析试剂盒 | RiboBio | R11096.3 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | SLE患者诊断标准、疾病活动度分组(SLEDAI>9为活动期)、样本量(17例健康对照,31例SLE患者) 阅读提示:Methods中的‘Patients and clinical data’部分 |
| 动物模型 | 小鼠品系(MRL/lpr)、性别(雌性)、年龄(10-12周龄)、饲养条件 阅读提示:Methods中的‘Animal experiments’部分 |
| AAV处理 | AAV9-METTL3-OE和AAV9-IRF4-sh的注射剂量、注射方式(肾盂原位注射)、处理时间(6-8周) 阅读提示:Methods中的‘Animal experiments’部分 |
| 细胞实验 | Romas细胞培养条件、METTL3过表达慢病毒转导条件(polybrene浓度、时间) 阅读提示:Methods中的‘Cells and viruses’部分 |
| MeRIP-seq和RNA-seq | 样本量(3例健康对照,6例SLE患者)、RNA提取方法、测序平台、差异分析标准(|log2FC|≥1, P<0.05) 阅读提示:Methods中的‘MeRIP-sequencing and RNA-sequencing’部分 |
| IRF4表达检测 | qRT-PCR引物序列、Western blot抗体信息及稀释比例 阅读提示:Methods中的‘Quantitative real-time polymerase chain reaction’和‘Western blotting’部分 |
| 流式细胞术 | 抗体克隆号及稀释比例、染色方案(表面染色、固定破膜)、数据分析软件 阅读提示:Methods中的‘Flow cytometry’部分 |
| 肾损伤评估 | 肾功能指标(肌酐、尿素氮、ANA、尿ALB)检测方法、病理评分系统、IgG/C3沉积检测 阅读提示:Methods中的‘Renal pathological staining’和‘Detection of autoantibodies and renal function indicators’部分 |