临床样本及细胞系中ELAVL1表达检测
验证ELAVL1在鼻咽癌组织和细胞系中的表达是否上调。
通过UALCAN数据库分析头颈鳞癌中ELAVL1表达;收集30对鼻咽癌及非肿瘤组织进行qRT-PCR;在鼻咽癌细胞系(HONE-1、C666-1、CNE-1、SUNE-1)和正常鼻上皮细胞(HNEpC)中检测ELAVL1 mRNA和蛋白水平。
ELAVL1 regulates glycolysis in nasopharyngeal carcinoma cells through the HMGB3/β-catenin axis.
包含临床样本检测、体外细胞实验、RNA pull-down/RIP、报告基因、代谢检测、体内裸鼠模型等多层级验证,并包含功能与机制验证。
人鼻咽癌细胞系HONE-1和C666-1 人鼻上皮细胞HNEpC BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 临床鼻咽癌组织及配对非肿瘤组织
细胞系:HONE-1和C666-1,培养条件为DMEM+10%FBS,37℃、5%CO2 ELAVL1敲低:使用ELAVL1-shRNA质粒(RiboBio)转染,经嘌呤霉素(5 mg/mL)筛选 动物模型:4周龄雌性BALB/c小鼠,皮下注射5×10^6个HONE-1细胞,每周测量肿瘤体积,5周后处死 糖酵解检测:葡萄糖消耗、乳酸产生、G6PD活性试剂盒(Elabscience),ECAR(Seahorse) β-catenin通路:TOPFlash/FOPFlash荧光素酶报告基因,β-catenin抑制剂FH535处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ELAVL1在鼻咽癌组织和细胞系中的表达是否上调。
通过UALCAN数据库分析头颈鳞癌中ELAVL1表达;收集30对鼻咽癌及非肿瘤组织进行qRT-PCR;在鼻咽癌细胞系(HONE-1、C666-1、CNE-1、SUNE-1)和正常鼻上皮细胞(HNEpC)中检测ELAVL1 mRNA和蛋白水平。
评估敲低ELAVL1后鼻咽癌细胞糖酵解能力的变化。
在HONE-1和C666-1细胞中通过shRNA敲低ELAVL1,检测葡萄糖消耗、乳酸产生、G6PD活性、ECAR和糖酵解相关蛋白(HK2、GLUT1、LDHA)表达。
验证ELAVL1与HMGB3 mRNA结合,并研究其对HMGB3表达和稳定性的调控。
通过UALCAN数据库分析HMGB3表达,在临床样本中验证;Pearson相关性分析检测ELAVL1与HMGB3相关性;ENCORI数据库预测结合位点;RNA pull-down和RIP验证相互作用;敲低ELAVL1后检测HMGB3 mRNA和蛋白水平;放线菌素D实验检测mRNA稳定性。
验证ELAVL1是否通过HMGB3激活β-catenin通路。
在HONE-1和C666-1细胞中敲低ELAVL1并过表达HMGB3,检测总/核β-catenin蛋白水平及β-catenin转录活性(TOPFlash/FOPFlash)。
确定HMGB3过表达是否能逆转ELAVL1敲低对糖酵解的抑制作用。
在ELAVL1敲低的细胞中过表达HMGB3,检测葡萄糖消耗、乳酸产生、G6PD活性、ECAR和糖酵解酶表达。
验证HMGB3过表达促进糖酵解是否依赖于β-catenin通路。
在HMGB3过表达的细胞中加入β-catenin抑制剂FH535,检测葡萄糖消耗、乳酸产生、G6PD活性、ECAR和糖酵解酶表达。
评估ELAVL1敲低对鼻咽癌体内肿瘤生长的影响。
建立裸鼠皮下移植瘤模型,注射ELAVL1敲低的HONE-1细胞,监测肿瘤体积、重量,并通过免疫组化检测Ki67,Western blot检测HMGB3、β-catenin及糖酵解酶。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | ELAVL1-shRNA质粒 | RiboBio | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | PrimeScript™逆转录试剂盒 | TaKaRa Bio Inc. | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green PCR预混液 | YEASEN | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 核蛋白提取 | Qproteome细胞组分分离试剂盒 | Qiagen | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 增强化学发光试剂 | ABClonal | -- | |
| ELAVL1抗体 | Abcam | ab200342 | |
| HMGB3抗体 | Abcam | ab72544 | |
| HK2抗体 | Abcam | ab209847 | |
| GLUT1抗体 | Abcam | ab150299 | |
| LDHA抗体 | Abcam | ab52488 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab227387 | |
| β-catenin抗体 | Abcam | ab32572 | |
| Lamin B1抗体 | Abcam | ab133741 | |
| 免疫组化 | Ki67一抗 | Abcam | ab16667 |
| 糖酵解检测 | 葡萄糖比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K234-M |
| 乳酸比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K044-M | |
| G6PDH活性检测试剂盒 | Elabscience | E-EL-H1816c | |
| ECAR检测 | Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse XF分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| RNA pull-down | Pierce™磁性RNA-蛋白质pull-down试剂盒 | Thermo Scientific | -- |
| RIP | RIPA裂解液 | MCE | -- |
| 琼脂糖珠 | Thermo Scientific | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | TOPFlash质粒 | Beyotime | D2501 |
| FOPFlash质粒 | Beyotime | D2503 | |
| 双荧光素酶报告基因试剂盒 | Beyotime | RG027 | |
| β-catenin抑制 | FH535 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系(HONE-1、C666-1)来源及培养条件(DMEM+10%FBS,37℃,5%CO2);ELAVL1-shRNA质粒序列及转染试剂(Lipofectamine 3000);嘌呤霉素筛选浓度(5 mg/mL) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and cell transfection |
| 体内移植瘤模型 | 小鼠品系、周龄、性别(4周龄雌性BALB/c);注射细胞数(5×10^6);注射部位(背部皮下);肿瘤体积测量频率和计算公式;观察时长(5周) 阅读提示:Materials and methods: Xenograft animal model; Results: ELAVL1 promotes nasopharyngeal carcinoma progression |
| 糖酵解功能检测 | 试剂盒具体型号(葡萄糖、乳酸、G6PD检测试剂盒);ECAR实验细胞接种、培养时间(12h、36h、60h)及葡萄糖(10mM)、寡霉素(1µM)、2-DG(50nM)浓度;HK2、GLUT1、LDHA抗体稀释比例 阅读提示:Materials and methods: Measurements of glucose uptake...; Seahorse analysis; Western blot |
| 分子相互作用验证 | RNA pull-down试剂盒及操作;RIP实验中抗体(ELAVL1抗体或IgG)和磁珠;放线菌素D浓度(5 µg/mL)及处理时间(0、3、6h) 阅读提示:Materials and methods: RNA pull-down assay; RIP assay; RNA stability assay |
| β-catenin通路活性检测 | TOPFlash/FOPFlash质粒来源及转染时间(24h);LiCl处理时间(24h);β-catenin抑制剂FH535使用浓度未提供;β-catenin核/总蛋白提取方法 阅读提示:Materials and methods: Dual luciferase reporter assay; Western blot; Results: ELAVL1 activates the β-catenin pathway through HMGB3 |