转录组测序与生物信息学分析
鉴别小儿肾结石患者外周血中的差异表达基因及与线粒体氧化应激相关的候选靶基因,并预测核心基因及转录因子。
对4例肾结石患儿和4例健康儿童外周血进行转录组测序,筛选差异表达基因(|log2FC|>2, P<0.05)。与Genecards中的线粒体氧化应激基因取交集,获得8个候选基因。使用STRING和Cytoscape分析PPI网络,通过Degree值识别核心基因。使用hTFtarget预测转录因子。
Transcriptional activation of PINK1 by MyoD1 mediates mitochondrial homeostasis to induce renal calcification in pediatric nephrolithiasis.
整合转录组测序分析、体外HK-2细胞模型、大鼠肾结石模型、双荧光素酶报告基因和ChIP实验等多层级验证,明确功能与机制。
HK-2肾小管上皮细胞 一水草酸钙(COM)诱导的体外肾结石模型 乙二醇和氯化铵诱导的SD大鼠肾结石模型 儿童外周血样本
儿童外周血样本:4例肾结石患儿 vs 4例健康对照,转录组测序 HK-2细胞:COM(100 μg/mL)处理24小时,建立体外结石模型 大鼠模型:乙二醇(1% v/v)饮水及氯化铵(1% w/v)灌胃,持续3周 关键基因:PINK1、MyoD1的表达验证及功能干预(shRNA和过表达腺病毒) ChIP实验:验证MyoD1直接结合PINK1启动子
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴别小儿肾结石患者外周血中的差异表达基因及与线粒体氧化应激相关的候选靶基因,并预测核心基因及转录因子。
对4例肾结石患儿和4例健康儿童外周血进行转录组测序,筛选差异表达基因(|log2FC|>2, P<0.05)。与Genecards中的线粒体氧化应激基因取交集,获得8个候选基因。使用STRING和Cytoscape分析PPI网络,通过Degree值识别核心基因。使用hTFtarget预测转录因子。
验证PINK1在COM诱导的HK-2肾结石细胞模型中的作用,特别是对线粒体氧化应激、自噬和凋亡的影响。
使用COM(100 μg/mL)处理HK-2细胞24小时建立体外结石模型。使用siRNA沉默PINK1,检测细胞活力(CCK-8)、晶体粘附、OPN表达、线粒体膜电位(Δψm)、ROS、MDA、SOD、mtDNA含量、线粒体自噬相关蛋白(PINK1, p62, Parkin, TOM20, TLM23, LC3II/I)和凋亡相关蛋白(C-Caspase3, Bax, Bcl-2)及细胞凋亡(流式)。
在体内验证PINK1沉默对肾结石形成及线粒体氧化应激的影响。
使用乙二醇(1% v/v)饮水及氯化铵(1% w/v)灌胃3周诱导SD大鼠肾结石模型。通过尾静脉注射sh-PINK1腺病毒沉默PINK1。检测肾组织病理(HE和von Kossa染色)、肾功能指标(肌酐、BUN、NGAL、KIM-1)、线粒体氧化应激(Δψm、ROS、SOD、MDA)、线粒体自噬和凋亡相关蛋白,以及细胞凋亡(流式和TUNEL)。
验证MyoD1是否作为转录因子直接调控PINK1表达。
通过生物信息学预测MyoD1在PINK1启动子的结合位点。在HK-2细胞中敲低或过表达MyoD1,检测PINK1表达。使用双荧光素酶报告基因实验检测PINK1启动子活性,使用ChIP实验验证MyoD1与PINK1启动子的结合。
验证MyoD1通过PINK1影响线粒体氧化应激、自噬和凋亡,从而影响肾结石形成。
在HK-2细胞和大鼠模型中,同时沉默MyoD1并过表达PINK1,观察能否逆转敲低MyoD1的保护作用。检测细胞活力和晶体粘附、线粒体氧化应激、自噬和凋亡相关指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | Trizol试剂 | ThermoFisher | 16096020 |
| TRIzol试剂 | ThermoFisher | 15596026 | |
| Qubit RNA分析试剂盒 | -- | HKR2106-01 | |
| RNA Nano 6000分析试剂盒 | Agilent | 5067-1511 | |
| 文库构建 | NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | NEB | E7435L |
| 测序 | TruSeq PE簇生成试剂盒 | Illumina | PE-401-3001 |
| Illumina HiSeq 550测序仪 | -- | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | ThermoFisher | 11320033 |
| HK-2细胞系 | ATCC | CRL-2190 | |
| 动物实验 | 乙二醇 | -- | -- |
| 氯化铵 | -- | -- | |
| 腺病毒 | GenePharma | -- | |
| 质粒构建 | AdEasy腺病毒载体 | Agilent | 24009 |
| 腺病毒干扰载体 | Haijihaoge | 76977 | |
| 转染 | HEK293T细胞系 | ATCC | CRL-3216 |
| 蛋白质印迹 | 含PMSF的RIPA裂解液 | Biyuntian | P0013C |
| BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | 23227 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| MyoD1抗体 | Abcam | ab307805 | |
| PINK1抗体 | Abcam | ab186303 | |
| OPN抗体 | Abcam | ab63856 | |
| MFN2抗体 | Abcam | ab124773 | |
| DNM1L抗体 | Abcam | ab184247 | |
| LC3II/I抗体 | Cell Signaling Technology | 12741S | |
| TOM20抗体 | Cell Signaling Technology | 42406S | |
| TLM23抗体 | Proteintech | 11123-1-AP | |
| Caspase3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664S | |
| p62抗体 | Proteintech | 18420-1-AP | |
| Parkin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-32282 | |
| Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| Bcl-2抗体 | Abcam | ab194583 | |
| Vinculin抗体 | Abcam | ab219649 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (HRP) | Abcam | ab97051 | |
| 兔抗小鼠IgG H&L (HRP) | Abcam | ab6728 | |
| ECL检测试剂 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beijing Solaibao Technology | CA1210 |
| 组织染色 | HE染色试剂盒 | Shanghai Bogu | PT001 |
| 硝酸银 | -- | -- | |
| TEM | 透射电子显微镜JEM-1011 | JEOL | -- |
| 凋亡检测 | TUNEL染色试剂盒 | Roch | -- |
| 生化检测 | 血清肌酐和尿素氮检测 | Siemens | -- |
| NGAL ELISA试剂盒 | FineTest | ER0003 | |
| KIM-1 ELISA试剂盒 | Jiangsu Jianglai | FT-PD6252S | |
| 流式细胞术 | 线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1) | Beyotime | C2006 |
| ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033M | |
| DCFH-DA | -- | -- | |
| Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 | |
| BD FACScanto II流式细胞仪 | BD | -- | |
| ELISA检测 | 人MDA ELISA试剂盒 | Shanghai Jianglai | JL11466 |
| 人SOD ELISA试剂盒 | Shanghai Jianglai | JL14005 | |
| 免疫组化 | SOD抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101523 |
| MDA抗体 | Abcam | ab79055 | |
| Vectastain Elite ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- | |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3载体 | Promega | -- |
| 荧光素酶检测试剂盒 | BioVision | K801-200 | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| ChIP | Pierce蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88803 |
| iQ SYBR Green Supermix | BioRad | -- | |
| mtDNA免疫染色 | DNA抗体 | Progen Biotechnik | -- |
| 抗兔或抗鼠Alexa Fluor-488和633偶联抗体 | Life Technologies | -- | |
| DAPI | Sigma | -- | |
| LSM 510共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集与测序 | 外周血样本量:4例肾结石患儿 vs 4例健康对照;RNA提取方法和测序平台。 阅读提示:Methods中的“Clinical sample collection”和“Access to high-throughput transcriptome sequencing data set of clinical samples”。 |
| 体外肾结石细胞模型 | HK-2细胞培养条件;COM诱导浓度(100 μg/mL)和处理时间(24小时);PINK1 siRNA序列及沉默效率。 阅读提示:Methods中的“Construction and grouping of in vitro cell models of renal calculi”及图2图注。 |
| 体内大鼠肾结石模型 | SD大鼠品系、周龄(8周龄)和性别(雄性);造模药物(乙二醇1% v/v饮水、氯化铵1% w/v灌胃)和持续时间(3周);每组动物数量(6只);腺病毒注射剂量(1 mL)和途径(尾静脉)。 阅读提示:Methods中的“Construction and grouping of the rat model of kidney stones”及图3图注。 |
| MyoD1调控PINK1的机制验证 | 双荧光素酶报告基因实验中使用的细胞(HEK293T);ChIP实验中的抗体(anti-MyoD1, ab307805)和IgG对照;PINK1启动子引物序列。 阅读提示:Methods中的“Dual luciferase assay”和“Chromatin immunoprecipitation (ChIP)”,以及图4图注。 |
| 线粒体氧化应激和损伤检测 | Δψm检测试剂盒(JC-1)和ROS检测试剂盒(DCFH-DA)的具体使用条件;SOD和MDA检测的ELISA试剂盒;线粒体自噬和凋亡标志物的抗体信息。 阅读提示:Methods中的“Flow cytometry”和“Detection of SOD and MDA activity”及相应的结果图注。 |