MyoD1对PINK1的转录激活介导线粒体稳态诱导小儿肾结石形成

Transcriptional activation of PINK1 by MyoD1 mediates mitochondrial homeostasis to induce renal calcification in pediatric nephrolithiasis.

作者信息Kaiping Zhang, Xiang Fang, Ye Zhang, Yin Zhang, Min Chao
PMID39242558
发布时间2024-09-06
DOI10.1038/s41420-024-02117-w

实验完整度

整合转录组测序分析、体外HK-2细胞模型、大鼠肾结石模型、双荧光素酶报告基因和ChIP实验等多层级验证,明确功能与机制。

主要模型

HK-2肾小管上皮细胞 一水草酸钙(COM)诱导的体外肾结石模型 乙二醇和氯化铵诱导的SD大鼠肾结石模型 儿童外周血样本

重点核对

儿童外周血样本:4例肾结石患儿 vs 4例健康对照,转录组测序 HK-2细胞:COM(100 μg/mL)处理24小时,建立体外结石模型 大鼠模型:乙二醇(1% v/v)饮水及氯化铵(1% w/v)灌胃,持续3周 关键基因:PINK1、MyoD1的表达验证及功能干预(shRNA和过表达腺病毒) ChIP实验:验证MyoD1直接结合PINK1启动子

摘要

本研究旨在利用高通量测序数据揭示MyoD1对PINK1的调控,从而阐明肾钙沉积诱导小儿肾结石形成的分子机制。我们对健康儿童和肾结石儿童的外周血样本进行了转录组测序,以获得差异表达基因(DEGs)。从Genecards网站获取与线粒体氧化应激相关的基因,并与DEGs取交集以获得候选靶基因。此外,我们使用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,以鉴定小儿肾结石病(KSD)中的核心基因,并使用hTFtarget数据库预测其转录因子。我们使用双荧光素酶报告基因实验评估了MyoD1对PINK1启动子活性的影响,并通过染色质免疫沉淀(ChIP)实验研究了MyoD1在PINK1启动子上的富集情况。为了验证我们的假设,我们选择了HK-2细胞,并建立了一水草酸钙(COM)诱导的体外肾结石模型。我们评估了各种基因的表达水平、细胞活力、各组粘附晶体体积,以及通过测量线粒体膜电位(Δψm)、超氧化物歧化酶(SOD)活性、活性氧(ROS)和丙二醛(MDA)含量来评估细胞中的线粒体氧化应激。使用mtDNA荧光染色和Western blot分析PINK1相关蛋白评估线粒体自噬。使用Western blot分析凋亡相关蛋白,并使用流式细胞术测量细胞凋亡。此外,我们建立了KSD大鼠模型,并评估了各种基因的表达水平,以及使用H&E和von Kossa染色、透射电子显微镜(TEM)评估大鼠肾组织的病理变化,并检测肌酐、血尿素氮、中性粒细胞明胶酶相关脂质运载蛋白(NGAL)和肾损伤分子-1(KIM-1)的表达以评估体内线粒体氧化应激(通过测量Δψm、SOD活性、ROS和MDA含量)。通过Western blot分析PINK1相关蛋白评估线粒体自噬。使用Western blot检测凋亡相关蛋白,并使用细胞流式细胞术和TUNEL染色检测细胞凋亡。生物信息学分析显示,PINK1基因在小儿肾结石患者中上调且至关重要。我们的体外和体内实验表明,沉默PINK1可以通过抑制线粒体氧化应激在体外和体内抑制肾结石形成。我们确定MyoD1是PINK1的上游转录因子,通过激活PINK1促进小儿肾结石的发生。我们的体内和体外实验共同证实,沉默MyoD1可以通过下调PINK1表达抑制肾结石大鼠模型中的线粒体氧化应激、线粒体自噬和细胞凋亡,从而抑制肾结石的形成。在这项研究中,我们发现MyoD1可能通过转录激活PINK1诱导线粒体氧化应激,从而促进小儿肾结石的形成和发展。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
MyoD1是否通过转录激活PINK1表达,影响线粒体稳态,从而促进小儿肾结石的形成?
核心机制
MyoD1作为转录因子直接结合PINK1启动子并激活其转录,上调PINK1表达,进而诱导线粒体氧化应激、线粒体自噬和细胞凋亡,促进肾结石形成。
主要证据
体外HK-2细胞和体内大鼠肾结石模型中的功能实验显示,沉默PINK1或MyoD1可抑制线粒体氧化应激、自噬和凋亡,减少晶体沉积;双荧光素酶和ChIP实验证实MyoD1直接调控PINK1转录;回补PINK1可逆转MyoD1沉默的保护效应。
研究意义
本研究首次揭示MyoD1通过转录激活PINK1调节线粒体稳态从而促进小儿肾结石形成,为理解小儿肾结石发病机制提供新视角,并为开发靶向MyoD1或PINK1的治疗策略提供潜在靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

转录组测序与生物信息学分析

鉴别小儿肾结石患者外周血中的差异表达基因及与线粒体氧化应激相关的候选靶基因,并预测核心基因及转录因子。

对4例肾结石患儿和4例健康儿童外周血进行转录组测序,筛选差异表达基因(|log2FC|>2, P<0.05)。与Genecards中的线粒体氧化应激基因取交集,获得8个候选基因。使用STRING和Cytoscape分析PPI网络,通过Degree值识别核心基因。使用hTFtarget预测转录因子。

2

体外肾结石细胞模型的构建与PINK1功能验证

验证PINK1在COM诱导的HK-2肾结石细胞模型中的作用,特别是对线粒体氧化应激、自噬和凋亡的影响。

使用COM(100 μg/mL)处理HK-2细胞24小时建立体外结石模型。使用siRNA沉默PINK1,检测细胞活力(CCK-8)、晶体粘附、OPN表达、线粒体膜电位(Δψm)、ROS、MDA、SOD、mtDNA含量、线粒体自噬相关蛋白(PINK1, p62, Parkin, TOM20, TLM23, LC3II/I)和凋亡相关蛋白(C-Caspase3, Bax, Bcl-2)及细胞凋亡(流式)。

3

体内大鼠肾结石模型的构建与PINK1功能验证

在体内验证PINK1沉默对肾结石形成及线粒体氧化应激的影响。

使用乙二醇(1% v/v)饮水及氯化铵(1% w/v)灌胃3周诱导SD大鼠肾结石模型。通过尾静脉注射sh-PINK1腺病毒沉默PINK1。检测肾组织病理(HE和von Kossa染色)、肾功能指标(肌酐、BUN、NGAL、KIM-1)、线粒体氧化应激(Δψm、ROS、SOD、MDA)、线粒体自噬和凋亡相关蛋白,以及细胞凋亡(流式和TUNEL)。

4

MyoD1调控PINK1的机制研究

验证MyoD1是否作为转录因子直接调控PINK1表达。

通过生物信息学预测MyoD1在PINK1启动子的结合位点。在HK-2细胞中敲低或过表达MyoD1,检测PINK1表达。使用双荧光素酶报告基因实验检测PINK1启动子活性,使用ChIP实验验证MyoD1与PINK1启动子的结合。

5

回复实验验证MyoD1-PINK1轴的功能

验证MyoD1通过PINK1影响线粒体氧化应激、自噬和凋亡,从而影响肾结石形成。

在HK-2细胞和大鼠模型中,同时沉默MyoD1并过表达PINK1,观察能否逆转敲低MyoD1的保护作用。检测细胞活力和晶体粘附、线粒体氧化应激、自噬和凋亡相关指标。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Trizol试剂ThermoFisher16096020
TRIzol试剂ThermoFisher15596026
Qubit RNA分析试剂盒--HKR2106-01
RNA Nano 6000分析试剂盒Agilent5067-1511
NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒NEBE7435L
TruSeq PE簇生成试剂盒IlluminaPE-401-3001
Illumina HiSeq 550测序仪----
DMEM/F-12培养基ThermoFisher11320033
HK-2细胞系ATCCCRL-2190
乙二醇----
氯化铵----
腺病毒GenePharma--
AdEasy腺病毒载体Agilent24009
腺病毒干扰载体Haijihaoge76977
HEK293T细胞系ATCCCRL-3216
含PMSF的RIPA裂解液BiyuntianP0013C
BCA蛋白定量试剂盒ThermoFisher23227
PVDF膜----
MyoD1抗体Abcamab307805
PINK1抗体Abcamab186303
OPN抗体Abcamab63856
MFN2抗体Abcamab124773
DNM1L抗体Abcamab184247
LC3II/I抗体Cell Signaling Technology12741S
TOM20抗体Cell Signaling Technology42406S
TLM23抗体Proteintech11123-1-AP
Caspase3抗体Cell Signaling Technology9664S
p62抗体Proteintech18420-1-AP
Parkin抗体Santa Cruz Biotechnologysc-32282
Bax抗体Abcamab32503
Bcl-2抗体Abcamab194583
Vinculin抗体Abcamab219649
山羊抗兔IgG H&L (HRP)Abcamab97051
兔抗小鼠IgG H&L (HRP)Abcamab6728
ECL检测试剂----
CCK-8试剂盒Beijing Solaibao TechnologyCA1210
HE染色试剂盒Shanghai BoguPT001
硝酸银----
透射电子显微镜JEM-1011JEOL--
TUNEL染色试剂盒Roch--
血清肌酐和尿素氮检测Siemens--
NGAL ELISA试剂盒FineTestER0003
KIM-1 ELISA试剂盒Jiangsu JianglaiFT-PD6252S
线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1)BeyotimeC2006
ROS检测试剂盒BeyotimeS0033M
DCFH-DA----
Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒ElabscienceE-CK-A211
BD FACScanto II流式细胞仪BD--
人MDA ELISA试剂盒Shanghai JianglaiJL11466
人SOD ELISA试剂盒Shanghai JianglaiJL14005
SOD抗体Santa Cruz Biotechnologysc-101523
MDA抗体Abcamab79055
Vectastain Elite ABC试剂盒Vector Laboratories--
pGL3载体Promega--
荧光素酶检测试剂盒BioVisionK801-200
双荧光素酶报告基因检测系统Promega--
Pierce蛋白A/G磁珠Thermo Fisher Scientific88803
iQ SYBR Green SupermixBioRad--
DNA抗体Progen Biotechnik--
抗兔或抗鼠Alexa Fluor-488和633偶联抗体Life Technologies--
DAPISigma--
LSM 510共聚焦显微镜Zeiss--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本收集与测序
外周血样本量:4例肾结石患儿 vs 4例健康对照;RNA提取方法和测序平台。
阅读提示:Methods中的“Clinical sample collection”和“Access to high-throughput transcriptome sequencing data set of clinical samples”。
体外肾结石细胞模型
HK-2细胞培养条件;COM诱导浓度(100 μg/mL)和处理时间(24小时);PINK1 siRNA序列及沉默效率。
阅读提示:Methods中的“Construction and grouping of in vitro cell models of renal calculi”及图2图注。
体内大鼠肾结石模型
SD大鼠品系、周龄(8周龄)和性别(雄性);造模药物(乙二醇1% v/v饮水、氯化铵1% w/v灌胃)和持续时间(3周);每组动物数量(6只);腺病毒注射剂量(1 mL)和途径(尾静脉)。
阅读提示:Methods中的“Construction and grouping of the rat model of kidney stones”及图3图注。
MyoD1调控PINK1的机制验证
双荧光素酶报告基因实验中使用的细胞(HEK293T);ChIP实验中的抗体(anti-MyoD1, ab307805)和IgG对照;PINK1启动子引物序列。
阅读提示:Methods中的“Dual luciferase assay”和“Chromatin immunoprecipitation (ChIP)”,以及图4图注。
线粒体氧化应激和损伤检测
Δψm检测试剂盒(JC-1)和ROS检测试剂盒(DCFH-DA)的具体使用条件;SOD和MDA检测的ELISA试剂盒;线粒体自噬和凋亡标志物的抗体信息。
阅读提示:Methods中的“Flow cytometry”和“Detection of SOD and MDA activity”及相应的结果图注。