IKBIP表达与临床相关性分析
明确IKBIP在ESCC中的表达水平及其与患者预后的关联。
利用GEO和TCGA数据库分析IKBIP mRNA表达;通过IHC检测126例ESCC组织和108例癌旁组织中的IKBIP蛋白表达;采用Kaplan-Meier和Cox回归分析预后。
IKBIP promotes tumor development via the akt signaling pathway in esophageal squamous cell carcinoma.
包含多数据库生信分析、临床样本IHC、体外细胞功能实验(增殖、迁移、凋亡、周期)、Western blot机制验证、抑制剂回复实验及体内异种移植模型验证。
KYSE-150细胞系 KYSE-30细胞系 BALB/C裸鼠异种移植瘤模型 126例ESCC患者组织样本
IKBIP在ESCC组织中的表达水平及与预后的关系(Kaplan-Meier分析) IKBIP敲低或过表达对细胞增殖、迁移、凋亡和细胞周期的影响 AKT信号通路激活的验证(p-AKT水平)及LY294002抑制效果 体内异种移植模型中IKBIP对肿瘤生长的影响(肿瘤体积和重量)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确IKBIP在ESCC中的表达水平及其与患者预后的关联。
利用GEO和TCGA数据库分析IKBIP mRNA表达;通过IHC检测126例ESCC组织和108例癌旁组织中的IKBIP蛋白表达;采用Kaplan-Meier和Cox回归分析预后。
验证IKBIP对ESCC细胞增殖、迁移、凋亡和细胞周期的影响。
在KYSE-150和KYSE-30细胞中敲低或过表达IKBIP,通过CCK-8、EdU、克隆形成、Transwell和流式细胞术检测细胞功能变化。
探索IKBIP促进ESCC进展的分子机制,特别是AKT信号通路。
通过TCGA RNA-seq数据分析差异表达基因和KEGG通路富集;Western blot检测PI3K/AKT通路蛋白及下游相关蛋白。
验证IKBIP的促肿瘤作用是否依赖于AKT信号通路的激活。
用PI3K/AKT抑制剂LY294002处理IKBIP过表达的KYSE-150细胞,检测增殖、迁移及相关蛋白表达变化。
验证IKBIP在体内对ESCC肿瘤生长的影响。
将IKBIP敲低或过表达的KYSE-150细胞皮下注射到裸鼠,监测肿瘤生长,24天后处死,分离肿瘤并称重,IHC检测Ki-67表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 抗IKBIP抗体 | Thermo Scientific | PA5-66401 |
| HRP标记二抗试剂盒 | CWBIO | cw2069s | |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Biochannel | BC-M-017-500 |
| 胎牛血清 | Biochannel | BC-SE-FBS01 | |
| DMEM培养基 | Mellen Biologicals | MA0212 | |
| 药物处理 | LY294002 | MedChemExpress | HY-10,108 |
| 细胞活力 | CCK-8试剂 | Biosharp | C0121 |
| 克隆形成 | 结晶紫溶液 | Beyotime | C0121 |
| 迁移实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 增殖检测 | EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime | C0039 |
| 细胞周期 | 细胞周期检测试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| 细胞凋亡 | Annexin V-APC/7-AAD试剂盒 | Elabscience | CK-A218 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013E |
| 蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1005 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | P218 | |
| 抗IKBIP抗体 | Thermo Fisher | PA5-66401 | |
| 抗AKT抗体 | CST | 4685 | |
| 抗p-AKT抗体 | CST | 4060 | |
| 抗PI3K抗体 | CST | 4257 | |
| 抗C-myc抗体 | GeneTex | GTX103436 | |
| 抗Cyclin D1抗体 | CST | 2978 | |
| 抗CDK2抗体 | Abways Technology | CY5020 | |
| 抗CDK4抗体 | Abways Technology | CY5836 | |
| 抗E-cadherin抗体 | GeneTex | GTX100443 | |
| 抗Vimentin抗体 | CST | 5741 | |
| 抗MMP2抗体 | CST | 13667 | |
| HRP标记山羊抗小鼠抗体 | Immunoway | RS0001 | |
| HRP标记山羊抗兔抗体 | Immunoway | RS0002 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Scientific | 9109 |
| PrimeScript RT预混液 | TakaRa | RR036A | |
| TB Green预混试剂 | TaKaRa | RR820A | |
| 动物实验 | 抗Ki-67抗体 | Roche | 790-4286 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本IHC | IKBIP抗体(#PA5-66401)稀释度1:500;IHC评分标准;患者样本数126例及癌旁组织108例。 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemistry (IHC) assay; Results: Fig. 1D-E |
| 细胞培养 | 细胞系来源及培养条件(KYSE-30、KYSE-150等用RPMI-1640+10%FBS,HEK-293T用DMEM+15%FBS);培养温度37℃,5% CO2。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 慢病毒感染 | shRNA靶序列(sh-1和sh-2);过表达质粒pCDH-IKBIP;感染效率验证。 阅读提示:Materials and methods: Lentivirus production and infection |
| 增殖检测 | CCK-8实验细胞数(3×10^3/孔)、检测时间点(24,48,72h);EdU实验细胞数(3×10^5/孔)、培养时间24h。 阅读提示:Materials and methods: Cell viability assay; Flow cytometry; Results: Fig. 3F-H |
| 迁移实验 | Transwell细胞数(3×10^4)、上室无血清,下室含20%FBS,培养48小时。 阅读提示:Materials and methods: Cell migration assay; Results: Fig. 4A-B |
| 药物处理 | LY294002浓度(10 µg/mL)、处理时间(48小时)、对照组DMSO。 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; Results: Fig. 7 |
| 动物实验 | 裸鼠品系(BALB/C,雄性,4周龄)、每组5只、细胞注射量(1×10^6)、监测时间(24天)、肿瘤体积计算公式。 阅读提示:Materials and methods: Animal experiment; Results: Fig. 8 |