菌株共培养与生长代谢监测
评估微小韦荣球菌与三种乳杆菌共培养时的生长和代谢物变化,筛选具有最强互惠作用的组合。
将微小韦荣球菌分别与嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌副副干酪亚种和植物乳杆菌在TYLG培养基中共培养,定时取样测定浊度、活菌数、pH、乳酸、乙酸、丙酸和葡萄糖浓度。
Mutualistic interactions of lactate-producing lactobacilli and lactate-utilizing Veillonella dispar: Lactate and glutamate cross-feeding for the enhanced growth and short-chain fatty acid production.
包含体外共培养、生长与代谢物分析、耗竭培养基实验以及双RNA测序转录组分析,涉及功能验证和机制验证,多个独立证据层级。
嗜酸乳杆菌ATCC 4356T与微小韦荣球菌ATCC 17748T共培养体系 副干酪乳杆菌副副干酪亚种ATCC 27216T与微小韦荣球菌共培养体系 植物乳杆菌ATCC 10241与微小韦荣球菌共培养体系
共培养时使用TYLG培养基,含5.0 g/L胰蛋白胨、3.0 g/L酵母提取物、1.12 g/L L-乳酸钠、1.8 g/L葡萄糖等,pH 7.0 共培养接种量为两菌各1.5 mL过夜培养物,于100 mL TYLG培养基中进行 生长曲线在0, 1.5, 3.5, 5, 7, 9, 11, 13.5, 16, 24小时取样,测定浊度、活菌数、pH和代谢物 活菌计数使用TYG琼脂(嗜酸乳杆菌)和TYL琼脂(微小韦荣球菌),厌氧条件(85% N2, 10% CO2, 5% H2)37°C培养48小时 RNA-seq在共培养对数期(6.5 h)和早期稳定期(13.5 h)取样,使用Illumina NovaSeq 6000平台,差异表达阈值为log2 fold change >1或<-1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估微小韦荣球菌与三种乳杆菌共培养时的生长和代谢物变化,筛选具有最强互惠作用的组合。
将微小韦荣球菌分别与嗜酸乳杆菌、副干酪乳杆菌副副干酪亚种和植物乳杆菌在TYLG培养基中共培养,定时取样测定浊度、活菌数、pH、乳酸、乙酸、丙酸和葡萄糖浓度。
验证一菌产生的环境条件对另一菌生长的方向性影响,并排除仅乳酸交叉喂养的单一机制。
收集嗜酸乳杆菌单培养(L-耗竭)、微小韦荣球菌单培养(V-耗竭)和共培养(C-耗竭)的上清液,制备100%和10%耗竭培养基,分别培养目标菌,测定生长和代谢物。
分析共培养上清液中氨基酸组成变化,揭示是否存在氨基酸交叉喂养。
使用LC-MS/MS分析L-耗竭、V-耗竭和C-耗竭培养基中的氨基酸含量,比较与TYLG培养基的差异。
揭示共培养条件下两种细菌的基因表达变化,鉴定参与代谢互作的通路和基因。
提取对数期和早期稳定期的单培养和共培养细菌总RNA,进行RNA-seq,分析差异表达基因和KEGG通路富集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细菌培养 | 胰蛋白胨 | BD Difco | -- |
| 酵母提取物 | BD Difco | -- | |
| L-乳酸钠 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 葡萄糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 吐温80 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸氢二钾 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸二氢钾 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 琼脂 | BD Difco | -- | |
| 代谢物分析 | 葡萄糖比色测定试剂盒 | Elabscience | -- |
| 琥珀酸 | TCI | -- | |
| 浓盐酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 尼龙膜 | Dikma | -- | |
| HPLC分析 | 高效液相色谱-光电二极管阵列检测系统(岛津LC-2030) | Shimadzu | -- |
| 耗竭培养基制备 | 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- |
| LC-MS/MS分析 | ACQUITY超高效液相色谱 | Waters | -- |
| Xevo Q-TOF G2-XS质谱仪 | Waters | -- | |
| RNA提取 | Presto微型RNA细菌提取试剂盒 | Geneaid | -- |
| RNA质量检测 | Qubit荧光计(Qubit 4) | ThermoFisher Scientific | -- |
| NanoPhotometer分光光度计 | -- | -- | |
| 自动化毛细管电泳系统(Agilent FA5200) | Agilent | -- | |
| RNA文库制备 | Illumina Ribo-Zero Plus rRNA去除试剂盒 | Illumina | -- |
| RNA测序 | NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
| 细菌培养 | 厌氧手套箱(Forma Scientific model 1025) | ThermoFisher Scientific | -- |
| 细菌计数 | 分光光度计(UV-1800) | Shimadzu | -- |
| 细菌形态观察 | 光学显微镜(ZEISS Axio Lab A1) | ZEISS | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细菌培养与共培养 | TYLG培养基成分、pH 7.0、接种量(单培养3 mL过夜培养物,共培养各1.5 mL)、培养条件(85% N2, 10% CO2, 5% H2, 37°C无摇动)、取样时间点 阅读提示:Methods: Bacterial strains, growth media and culture conditions; Monoculture and co-culture of lactobacilli and V. dispar |
| 活菌计数 | 琼脂平板类型(TYG和TYL)、厌氧培养48小时、稀释倍数和涂布体积100 μL 阅读提示:Methods: Determination of bacterial numbers |
| 代谢物分析 | 葡萄糖比色试剂盒、SCFA提取方法、HPLC-PDA系统、乳酸、乙酸、丙酸、葡萄糖浓度 阅读提示:Methods: Quantitative analysis of main carbon sources and metabolites in the medium |
| 耗竭培养基实验 | 耗竭培养基制备(离心、过滤)、使用比例(10%和100%)、初始糖和乳酸浓度 阅读提示:Methods: The preparation of the spent medium ... |
| 双RNA测序 | 取样时间(对数期和早期稳定期)、RNA提取试剂盒、文库制备试剂盒、测序平台、差异表达阈值 阅读提示:Methods: Dual-RNA sequencing ... |