活性成分筛选与网络构建
从黄芪中筛选活性成分并预测其作用靶点,构建成分-靶点-通路网络。
利用TCMSP数据库筛选黄芪活性成分(OB≥40%,DL≥0.2),从NPASS和PubChem获取成分信息及药物靶点;从GSE25765获取心力衰竭相关差异表达基因,取交集获得391个共有靶点,并通过KEGG富集分析和Cytoscape构建网络。
Mechanism of Astragalus membranaceus (Huangqi, HQ) for treatment of heart failure based on network pharmacology and molecular docking.
包含网络药理学分析、分子对接和心肌细胞体外实验,验证了活性成分对细胞肥大、炎症及ESR1表达的影响,但缺少动物模型和患者样本等体内验证。
H9c2大鼠心肌细胞系 Ang II诱导的心肌细胞肥大模型
细胞系:H9c2(ATCC CRL-1446) 处理浓度:Ang II 1 μM,槲皮素20 μM,异鼠李素50 μM,毛蕊异黄酮20 μM,山奈酚20 μM,芒柄花素20 μM 处理时间:24小时 实验重复:3次生物学重复 统计方法:Student's t检验和单因素方差分析(Tukey事后检验),显著性水平p < 0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从黄芪中筛选活性成分并预测其作用靶点,构建成分-靶点-通路网络。
利用TCMSP数据库筛选黄芪活性成分(OB≥40%,DL≥0.2),从NPASS和PubChem获取成分信息及药物靶点;从GSE25765获取心力衰竭相关差异表达基因,取交集获得391个共有靶点,并通过KEGG富集分析和Cytoscape构建网络。
验证5种活性成分与核心靶点ESR1的结合能力。
从PDB下载ESR1蛋白结构(PDBID:7jkw),从PubChem下载配体结构,使用AutoDockTools-1.5.6进行分子对接,计算结合能。
建立Ang II诱导的H9c2心肌细胞肥大模型,并观察5种活性成分的干预效果。
H9c2细胞用1 μM Ang II处理24小时,同时分别加入20 μM槲皮素、50 μM异鼠李素、20 μM毛蕊异黄酮、20 μM山奈酚或20 μM芒柄花素,检测细胞形态和肥大标志物表达。
评估5种活性成分对Ang II诱导的心肌细胞炎症反应的影响。
通过qRT-PCR和ELISA检测TNF-α、IL-1β、IL-18和IL-6的mRNA及蛋白水平。
检测5种活性成分对Ang II诱导的心肌细胞中ESR1及磷酸化ESR1表达的影响。
采用Western blot和ELISA检测ESR1和磷酸化ESR1的蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | ATCC | 30-2002 |
| 胎牛血清 | ATCC | 30-2020 | |
| 药物处理 | 槲皮素 | Sigma-Aldrich | 20 |
| 异鼠李素 | Sigma-Aldrich | 50 | |
| 毛蕊异黄酮 | Sigma-Aldrich | 20 | |
| 芒柄花素 | Sigma-Aldrich | 20 | |
| 免疫荧光染色 | 抗α-肌动蛋白抗体 | Cell Signaling | 3134 |
| FITC标记的山羊抗兔IgG | -- | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| qRT-PCR | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | -- |
| SYBR Premix Ex Taq | Takara | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 抗ESR1抗体 | Affinity Biosciences | AF6058 | |
| 抗磷酸化ESR1抗体 | Affinity Biosciences | AF3058 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG H&L二抗 | Abcam | ab6721 | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E11987r |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R0012c | |
| IL-18 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-R0567c | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E04640r | |
| ESR1 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E06848r | |
| 数据分析 | GraphPad Prism 8 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学分析 | 数据库版本、筛选阈值(OB≥40%,DL≥0.2)、差异表达基因阈值(|logFC|>1,p<0.05) 阅读提示:Methods部分2.1-2.5 |
| 分子对接 | 靶蛋白结构(PDBID: 7jkw)、配体结构来源、对接软件版本(AutoDockTools-1.5.6)及结合能计算参数 阅读提示:Methods部分2.6 |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(H9c2)、培养基(DMEM)、血清浓度(10% FBS)、培养条件(37°C, 5% CO2)、Ang II浓度(1 μM)、化合物浓度(20 μM/50 μM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Methods部分2.7 |
| 肥大与炎症检测 | 免疫荧光染色抗体(anti-α-actinin)、qRT-PCR引物序列、ELISA试剂盒货号 阅读提示:Methods部分2.8-2.11 |
| 统计检验 | 生物学重复数(3次)、统计方法(Student's t检验或单因素方差分析)及显著性阈值(p<0.05) 阅读提示:Methods部分2.12 |