临床样本中TNFAIP6表达及预后分析
评估TNFAIP6在HCC组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
收集60例HCC患者的肿瘤及癌旁组织,通过qRT-PCR和IHC检测TNFAIP6表达,并分析其与分期、淋巴结转移、远处转移及总生存期的关系。
TFAIP6 facilitates hepatocellular carcinoma cell glycolysis through upregulating c-myc/PKM2 axis.
包含临床样本分析、细胞功能实验、糖酵解代谢检测及机制研究(Co-IP/ChIP),但缺乏动物体内实验。
HCC细胞系Huh7和Hep3B 正常肝细胞系THLE-2 HCC患者肿瘤及癌旁组织(60例)
TNFAIP6在HCC组织中的表达及与预后的关系(qRT-PCR、IHC、Kaplan-Meier分析) TNFAIP6敲低/过表达对HCC细胞增殖、迁移、侵袭的影响(CCK-8、Edu、transwell) TNFAIP6对糖酵解的影响(葡萄糖摄取、乳酸、ATP、ECAR) TNFAIP6与HNRNPC的相互作用及对c-Myc mRNA稳定性的影响(Co-IP、放线菌素D实验) c-Myc与PKM2启动子的结合及对PKM2表达的调控(ChIP、荧光素酶报告基因)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TNFAIP6在HCC组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
收集60例HCC患者的肿瘤及癌旁组织,通过qRT-PCR和IHC检测TNFAIP6表达,并分析其与分期、淋巴结转移、远处转移及总生存期的关系。
验证TNFAIP6对HCC细胞恶性表型的功能作用。
在Huh7和Hep3B细胞中过表达或敲低TNFAIP6,通过CCK-8、Edu实验检测增殖,transwell实验检测迁移和侵袭,Western blot检测EMT相关蛋白。
探究TNFAIP6是否调控HCC细胞的糖酵解代谢。
检测TNFAIP6过表达或敲低后细胞的葡萄糖摄取、乳酸产生、ATP水平及ECAR,并用Western blot检测糖酵解关键酶表达。
阐明TNFAIP6调控c-Myc表达的分子机制。
通过Co-IP验证TNFAIP6与HNRNPC的相互作用;过表达或敲低HNRNPC观察对c-Myc表达的影响;放线菌素D处理检测c-Myc mRNA降解速率。
验证c-Myc是否直接结合PKM2启动子并调控其表达,进而影响糖酵解。
利用JASPAR预测c-Myc结合位点,通过ChIP和双荧光素酶报告基因实验验证结合,并检测c-Myc过表达或敲低对PKM2表达及糖酵解的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- |
| Click-iT® Plus EdU Alexa Fluor® 555成像试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | M-MLV逆转录酶 | Promega | -- |
| qRT-PCR | SYBR Master Mixture | TAKARA | -- |
| Agilent MX3000p实时荧光定量PCR系统 | Agilent | -- | |
| 免疫共沉淀 | Pierce™ Classic磁珠免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 代谢检测 | 葡萄糖摄取检测试剂盒 | AAT Bioquest | -- |
| ATP检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 乳酸检测试剂盒 | Elabscience | -- | |
| Seahorse XF96细胞培养微孔板 | Agilent | -- | |
| 迁移侵袭实验 | Matrigel基质胶 | BD Biosciences | -- |
| 染色质免疫沉淀 | Pierce磁珠ChIP试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Western blot | Bradford试剂 | Sigma-Aldrich | -- |
| TNFAIP6抗体 | Abcam | ab267469 | |
| E-Cadherin抗体 | Abcam | ab40772 | |
| N-Cadherin抗体 | Abcam | ab76011 | |
| Twist 1抗体 | Abcam | ab50887 | |
| PKM2抗体 | Abcam | ab85555 | |
| HK2抗体 | Abcam | ab228819 | |
| LDHA抗体 | Abcam | ab52488 | |
| PFK1抗体 | Abcam | ab119796 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 免疫组织化学 | 奥林巴斯X71倒置显微镜 | Olympus | -- |
| 荧光素酶报告基因实验 | pGL3报告载体 | Promega | -- |
| pRL-TK质粒 | Promega | -- | |
| 双荧光素酶检测系统 | Promega | -- | |
| ChIP实验 | PKM2抗体 | Proteintech | 15822-1-AP |
| 细胞转染 | pcDNA3.1质粒 | RiboBio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本量(60例),TNFAIP6表达检测方法(qRT-PCR、IHC),临床分期标准(TNM第6版) 阅读提示:参见章节2.1、结果3.1 |
| 细胞培养 | 细胞系来源(CCTCC),培养基(DMEM或RPMI1640+10% FBS),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:参见章节2.2 |
| 细胞转染 | 质粒或shRNA序列(shRNA靶序列GCAGCAGGCGTATACCATAGA),转染试剂(Lipofectamine 3000),细胞密度和转染时间 阅读提示:参见章节2.3 |
| 糖酵解代谢检测 | 细胞接种密度(5×10^5细胞/孔),检测试剂盒(葡萄糖摄取、ATP、乳酸),Seahorse实验(细胞密度4×10^4,葡萄糖10mM,寡霉素2μM,2DG 100mM) 阅读提示:参见章节2.8、2.9 |
| 机制研究 | Co-IP抗体(HNRNPC抗体),ChIP抗体(PKM2抗体15822-1-AP),放线菌素D处理浓度和时间(未明确) 阅读提示:参见章节2.7、2.10.1、结果3.4 |