RNA-seq转录组分析
鉴定与腹膜转移相关的差异表达基因
对31例胃癌患者的配对肿瘤和正常黏膜样本进行AmpliSeq转录组测序,比较伴和不伴腹膜癌病患者的基因表达差异。
Next-Generation Sequencing Analysis of Gastric Cancer Identifies the Leukemia Inhibitory Factor Receptor as a Driving Factor in Gastric Cancer Progression and as a Predictor of Poor Prognosis.
包含RNA-seq患者样本分析、体外细胞功能实验(增殖、EMT、迁移、粘附)和机制验证(JAK/STAT3磷酸化),多个独立证据层级。
MKN45胃癌细胞系 31例胃癌患者配对肿瘤及正常黏膜样本
LIF处理浓度:0.5-100 ng/ml,最佳有效浓度10 ng/ml EC359处理浓度:25-1000 nM,有效浓度25-100 nM MKN45细胞血清饥饿24小时,刺激时间8-48小时 细胞增殖检测:MTS法,10次重复 JAK/STAT3磷酸化检测:Western blot,LIF 10 ng/ml处理20分钟
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与腹膜转移相关的差异表达基因
对31例胃癌患者的配对肿瘤和正常黏膜样本进行AmpliSeq转录组测序,比较伴和不伴腹膜癌病患者的基因表达差异。
验证LIFR在胃癌组织中的表达及其与腹膜癌病和预后的关系
通过RNA-seq数据和免疫组化检测LIFR在胃癌组织中的表达,并分析与患者生存的关系。
评估LIF/LIFR信号对胃癌细胞增殖和EMT的影响
用LIF刺激MKN45细胞,检测细胞增殖、EMT标志物表达,并用LIFR抑制剂EC359处理以验证特异性。
验证LIF/LIFR信号是否激活JAK/STAT3通路
Western blot检测LIF和EC359处理下JAK1和STAT3的磷酸化水平。
评估LIF/LIFR信号对胃癌细胞迁移和腹膜粘附的影响
伤口愈合实验检测细胞迁移,离体实验检测细胞对小鼠腹膜的粘附。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA-seq | PureLink RNA小提试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Qubit RNA HS检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion AmpliSeq转录组人类基因表达核心面板 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SuperScript Vilo cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion 540试剂盒-Chef | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Ion S5测序仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| Direct-zol RNA小提试剂盒(含Zymo-Spin IIC柱) | Zymo Research | -- | |
| FastGene Scriptase基础试剂盒 | Nippon Genetics | -- | |
| SYBR Select预混液 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Step One Plus实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫组织化学/免疫细胞化学 | Elabscience二步法Poly-HRP抗兔/小鼠IgG检测系统 | Elabscience | -- |
| 抗LIFR兔多克隆抗体 | Abcam | ab235908 | |
| Nikon DS-Ri2相机 | Nikon | -- | |
| 细胞增殖实验 | CellTiter 96 AQueous One Solution细胞增殖检测试剂盒 | Promega | -- |
| 流式细胞术 | Ki-67单克隆抗体 | eBioscience | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| IC固定缓冲液 | eBioscience | -- | |
| 透化缓冲液 | eBioscience | -- | |
| ATTUNE NxT流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 抗Jak1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7228 | |
| 抗磷酸化Jak1抗体 | GeneTex | GTX25493 | |
| 抗STAT3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8019 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | GeneTex | GTX118000 | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioss Antibodies | bs2188R | |
| Immobilon Western化学发光试剂 | MilliporeSigma | -- | |
| iBright成像系统 | Invitrogen | -- | |
| 细胞处理 | 白血病抑制因子 | SinoBiological | 14890-H02H |
| EC359 | MedChemExpress | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RNA-seq | 患者分组(P0/Cy0 vs P+/Cy+)、RNA提取量和质量、测序平台和试剂盒 阅读提示:Materials and Methods: AmpliSeq Transcriptome |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基和添加剂、血清饥饿时间、刺激时间 阅读提示:Materials and Methods: Gastric Cancer Cell Lines |
| 细胞增殖实验 | 细胞接种密度、LIF浓度、EC359浓度、处理时间、重复次数 阅读提示:Materials and Methods: Cell Proliferation Assay; Figure 5, 6 |
| 流式细胞术 | 细胞密度、LIF和EC359浓度、固定和透化试剂、抗体 阅读提示:Materials and Methods: Flow Cytometry |
| Western blot | 细胞密度、LIF和EC359浓度、处理时间、抗体稀释度 阅读提示:Materials and Methods: Western Blot Analysis; Figure 7 |
| 伤口愈合实验 | 细胞密度、划痕方式、LIF和EC359浓度、观察时间点 阅读提示:Materials and Methods: Wound Healing Assay; Figure 8 |
| 腹膜粘附实验 | 细胞密度、LIF和EC359浓度、BCECF-AM浓度、孵育时间 阅读提示:Materials and Methods: Cell Adhesion to Peritoneum; Figure 8 |