评估iPA对GBM细胞增殖和活力的影响
确定iPA对GBM细胞增殖和活力的基础作用,为后续代谢实验提供剂量和时间依据。
通过BrdU实验和MTT实验检测不同浓度iPA(0-10 μM)处理后GBM细胞和NHA细胞的增殖和活力。
N6-isopentenyladenosine inhibits aerobic glycolysis in glioblastoma cells by targeting PKM2 expression and activity.
包含细胞系和原代细胞等多个证据层级,通过Seahorse、ATP/乳酸检测、Western blot和RT-qPCR等进行功能及机制验证。
U87MG胶质母细胞瘤细胞系 U87MG-EGFRwt(EGFR野生型过表达)细胞系 U87MG-EGFRvIII(EGFRvIII过表达)细胞系 GBM4原代胶质母细胞瘤患者来源细胞 正常人星形胶质细胞(NHA)原代细胞
iPA处理浓度:10 μM iPA处理时间:24小时(部分实验为18和24小时) Seahorse分析细胞密度:2×10^4细胞/孔 DASA-58预处理浓度:20 μM,预处理12小时 BrdU实验细胞密度:1×10^4细胞/孔,iPA处理48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定iPA对GBM细胞增殖和活力的基础作用,为后续代谢实验提供剂量和时间依据。
通过BrdU实验和MTT实验检测不同浓度iPA(0-10 μM)处理后GBM细胞和NHA细胞的增殖和活力。
验证iPA是否抑制GBM细胞的有氧糖酵解。
使用Seahorse XFe-96分析仪检测iPA处理24小时后的ECAR参数,并测量ATP和乳酸生成。
验证iPA是否通过影响PKM2的酶活性来抑制有氧糖酵解。
使用PKM2激活剂DASA-58预处理GBM细胞,再与iPA共处理,检测ATP和乳酸水平。
确定iPA影响糖酵解途径中的哪些关键酶。
通过RT-qPCR检测GLUT1、HK1、HK2和PKM2的mRNA表达水平。
探索iPA下调PKM2表达的上游分子机制。
通过Western blot检测IKKβ、IκBα、NF-κB的磷酸化水平以及PKM2蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | N6-异戊烯腺嘌呤核苷 | Sigma-Aldrich | -- |
| DASA-58 | Sigma-Aldrich | SML2853 | |
| 细胞培养 | U87MG细胞系 | Elabscience | EP-CL-0238 |
| 正常人星形胶质细胞 | Life Sciences | P10251 | |
| DMEM培养基 | Gibco, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Lonza | -- | |
| 非必需氨基酸 | Lonza | -- | |
| 抗支原体试剂Plasmocin™ | InvivoGen | -- | |
| 星形胶质细胞基础培养基 | Lonza | -- | |
| 星形胶质细胞生长培养基SingleQuots试剂盒 | Lonza | -- | |
| Illumina EPIC阵列850 Beads-Chip | Illumina | -- | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Sigma-Aldrich | -- |
| Western blot | 抗PKM2抗体 | Cell Signaling Technology | #4053 |
| 抗IκB-α抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-371 | |
| 抗磷酸化IκB-α (Ser32/S36)抗体 | Elabscience | E-AB-20911 | |
| 抗IKKβ抗体 | Cell Signaling Technology | #2678 | |
| 抗磷酸化IKKα/β (S176/180)抗体 | Elabscience | E-AB-68178 | |
| 抗NF-κB抗体 | Cell Signaling Technology | #6956 | |
| 抗磷酸化NF-κB (Ser536)抗体 | Cell Signaling Technology | #13346 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-47778 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #2144 | |
| Seahorse分析 | XFe-96分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| XFe-96微孔板 | Agilent Technologies | -- | |
| XF DMEM培养基 | Agilent Technologies | -- | |
| 葡萄糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 寡霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 2-脱氧葡萄糖 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ATP检测 | CellTiter-Glo®发光细胞活力检测试剂盒 | Promega Italia s.r.l | G7570 |
| Synergy™ HT发光检测仪 | BioTek Instruments Inc. | -- | |
| BrdU实验 | 5-溴-2'-脱氧尿苷ELISA试剂盒 | Roche | -- |
| Synergy HT微板读取器 | BioTek Instruments Inc. | -- | |
| RNA提取 | EuroGold Trifast试剂 | EuroClone | EMR507100 |
| RNA定量 | NanoDrop分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| SYBR Green I荧光染料 | Promega Italia s.r.l | -- | |
| CFX Opus 96实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad Laboratories GmbH | -- | |
| 乳酸检测 | L-乳酸比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K044-S |
| 统计 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 药物处理 | iPA浓度(10 μM),DASA-58浓度(20 μM),iPA处理时间(24小时),DASA-58预处理时间(12小时) 阅读提示:见方法部分'Drugs and reagents'和'Results'相关图注 |
| 细胞培养 | 细胞系(U87MG、U87MG-EGFRwt、U87MG-EGFRvIII、NHA、GBM4),培养条件(DMEM或ABM/AGM培养基,37°C,5% CO2) 阅读提示:见方法部分'Cell culture' |
| 糖酵解检测 | Seahorse细胞密度(2×10^4细胞/孔),处理时间(18和24小时),检测条件(葡萄糖、寡霉素、2DG浓度) 阅读提示:见方法部分'Seahorse analysis'和图1、2图注 |
| ATP和乳酸检测 | 细胞数量(ATP检测2.5×10^4细胞/孔),试剂盒(CellTiter-Glo、L-乳酸试剂盒),处理时间(24小时) 阅读提示:见方法部分'ATP assay'和'Lactic acid assay kit' |
| 基因表达分析 | iPA浓度(10 μM),处理时间(24小时),RNA提取数量(8×10^5细胞/cm^2),RT-qPCR循环条件 阅读提示:见方法部分'RNA isolation and quantitative real-time PCR' |
| 蛋白质表达分析 | iPA浓度(10 μM),处理时间(3、6、18、24小时),抗体列表及稀释 阅读提示:见方法部分'Western blot analysis'和图6图注 |