验证HOTAIR在POI中的表达
检测HOTAIR在POI样本中的表达水平及其与自噬、增殖现象的关系。
分析GSE135697数据集,qRT-PCR检测POI患者颗粒细胞和POI小鼠卵巢中HOTAIR表达;检测自噬相关基因(SIRT1, ATG5, Beclin1, P62)的表达;通过CCK-8和EdU实验评估KGN细胞活力与增殖。
LncRNA HOTAIR regulates autophagy and proliferation mechanisms in premature ovarian insufficiency through the miR-148b-3p/ATG14 axis.
包括体内小鼠模型、体外细胞模型、临床样本分析,并通过过表达/敲低、双荧光素酶报告基因和功能回复实验进行机制验证。
CDDP诱导的POI小鼠模型(ICR小鼠) CDDP诱导的KGN细胞模型 POI患者卵巢颗粒细胞 GSE135697、GSE100238、GSE128240数据集
POI小鼠模型:7-8周龄雌性ICR小鼠,腹腔注射顺铂2 mg/kg,连续7天 KGN细胞模型:10 μM CDDP处理24小时 HOTAIR过表达质粒(pEX-HOTAIR)转染KGN细胞 miR-148b-3p mimic和inhibitor转染KGN细胞 si-ATG14敲低ATG14表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测HOTAIR在POI样本中的表达水平及其与自噬、增殖现象的关系。
分析GSE135697数据集,qRT-PCR检测POI患者颗粒细胞和POI小鼠卵巢中HOTAIR表达;检测自噬相关基因(SIRT1, ATG5, Beclin1, P62)的表达;通过CCK-8和EdU实验评估KGN细胞活力与增殖。
探究HOTAIR过表达对KGN细胞自噬和增殖的影响。
在CDDP诱导的KGN细胞中转染pEX-HOTAIR,检测HOTAIR表达、自噬相关基因和蛋白水平、细胞活力和增殖能力。
验证HOTAIR是否通过海绵吸附miR-148b-3p发挥作用。
通过StarBase数据库预测HOTAIR的靶miRNA,用GSE100238数据集进行差异分析;构建HOTAIR-WT和HOTAIR-MUT报告质粒,进行双荧光素酶报告基因实验。
验证miR-148b-3p mimic能否逆转HOTAIR过表达对自噬和增殖的影响。
共转染oe-HOTAIR和miR-148b-3p mimic,检测miR-148b-3p表达、自噬相关基因和蛋白水平、细胞活力和增殖。
确定miR-148b-3p的下游靶基因。
使用StarBase、TargetScan和HAMdb数据库预测靶基因,与GSE128240数据集差异基因取交集;通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-148b-3p与ATG14 3'UTR的结合。
验证ATG14敲低能否逆转miR-148b-3p抑制剂对自噬和增殖的影响。
在CDDP诱导的KGN细胞中转染si-ATG14和miR-148b-3p inhibitor,检测自噬相关基因和蛋白水平、细胞活力和增殖。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验(POI模型构建) | 顺铂 | MCE | 10 μM |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Sigma | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 6000转染试剂 | Beyotime | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | -- | -- |
| 细胞增殖检测 | EDU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Elabscience | -- |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| SIRT1抗体 | proteintech | 13161-1-AP | |
| ATG14抗体 | proteintech | 19491-1-AP | |
| Beclin1抗体 | CST | 3495 | |
| P62/SQSTM1抗体 | CST | 39749 | |
| ATG5抗体 | CST | 12994 | |
| GAPDH抗体 | proteintech | 60004-1-Ig | |
| RNA提取 | RNA快速纯化试剂盒 | Yishan | -- |
| RNA质量检测 | Qubit RNA HS检测试剂盒 | Invitrogen | -- |
| 反转录 | ABScript III逆转录酶 | Abclonal | -- |
| miRNA反转录 | miRNA第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | -- |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 质粒构建 | pmirGLO载体 | GenePharma | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件8.0 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| POI小鼠模型 | 小鼠品系:ICR;年龄:7-8周;性别:雌性;给药:腹腔注射顺铂2 mg/kg,连续7天;对照:等量生理盐水 阅读提示:见Materials and methods:Animals |
| KGN细胞培养与CDDP模型 | 培养基:DMEM/F12+10% FBS+1%青霉素/链霉素;CDDP浓度:10 μM;处理时间:24小时 阅读提示:见Materials and methods:Cell culture, treatment and transfection |
| 转染条件 | 转染试剂:Lipofectamine 6000;转染的质粒或RNA:pEX-HOTAIR、miR-148b-3p mimic/inhibitor、si-ATG14及相应阴性对照;转染时间:6小时后更换培养基 阅读提示:见Materials and methods:Cell culture, treatment and transfection |
| 自噬相关基因表达检测 | 检测基因:SIRT1、ATG5、Beclin1、P62;内参:GAPDH或U6;qRT-PCR方法:SYBR法,2^-ΔΔCt法 阅读提示:见Materials and methods:RNA extraction, reverse transcription, and quantitative realtime PCR analysis |
| 双荧光素酶报告基因实验 | 报告质粒:pmirGLO载体含HOTAIR-WT/MUT或ATG14-WT/MUT;共转染:报告质粒(500 ng/μL)和miR-148b-3p mimic(20 μM);检测时间:转染后48小时 阅读提示:见Materials and methods:Dual‑luciferase reporter assay |
| 蛋白表达检测 | 抗体:SIRT1 (1:1000)、ATG14 (1:1000)、Beclin1 (1:1000)、P62 (1:1000)、ATG5 (1:1000)、GAPDH (1:10000);蛋白上样量:20 μg 阅读提示:见Materials and methods:Western blot |
| 细胞活力与增殖检测 | CCK-8:细胞密度5×10^3/孔,处理时间0-24小时,孵育60分钟,测450 nm吸光度;EdU:处理24小时,统计EDU阳性细胞比例 阅读提示:见Materials and methods:Cell counting kit 8 (CCK8) assay和EDU assay |