网络药理学分析
预测QGSTW活性成分及其治疗记忆障碍的潜在靶点和信号通路
筛选QGSTW活性成分,收集记忆障碍相关基因,取交集,进行GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、构建药物-成分-靶点网络。
Potential mechanism of Qinggong Shoutao pill alleviating age-associated memory decline based on integration strategy.
包含网络药理学与分子对接的生物信息学预测,以及d-半乳糖小鼠模型的体内行为学、Western blot、ELISA和免疫荧光等多层级实验验证。
d-半乳糖诱导的AAMI小鼠模型(C57BL/6J小鼠) 网络药理学预测的靶点数据集
d-半乳糖剂量:100 mg/kg/天,皮下注射,持续12周 QGSTW剂量:20 mL/kg/天,口服,持续12周 小鼠品系:雄性C57BL/6J,8周龄 行为学测试:新位置识别、新物体识别、主动回避测试 分子检测:Western blot、ELISA、免疫荧光
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测QGSTW活性成分及其治疗记忆障碍的潜在靶点和信号通路
筛选QGSTW活性成分,收集记忆障碍相关基因,取交集,进行GO/KEGG富集分析、PPI网络分析、构建药物-成分-靶点网络。
预测QGSTW关键活性成分与核心靶点蛋白的结合模式与亲和力
选取前5个靶蛋白和排名前10的活性成分进行分子对接,计算结合能。
建立d-半乳糖诱导的AAMI小鼠模型,并评估QGSTW的治疗效果
雄性C57BL/6J小鼠随机分为对照组、模型组和QGSTW组,分别给予生理盐水、d-半乳糖、d-半乳糖+QGSTW,持续12周。
评估QGSTW对d-半乳糖小鼠认知功能(空间记忆、物体识别记忆、主动回避)的影响
进行新位置识别测试、新物体识别测试和主动回避测试,记录辨别指数、探索时间、条件反应次数和潜伏期。
验证QGSTW对cAMP信号通路及突触蛋白表达的影响
取海马组织,Western blot检测AKT、c-Fos、GluN1、GluA1、CaMKII-α、SYN、PKA、CREB蛋白水平,ELISA检测cAMP浓度。
观察QGSTW对海马SYN表达分布的影响
脑组织切片进行免疫荧光染色,检测SYN在海马CA1、CA3、DG区的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物制备 | 青宫寿桃丸精制粉末 | Darentang Pharmaceutical Factory | P004 |
| 动物实验 | d-半乳糖 | -- | -- |
| 羧甲基纤维素钠 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | -- | -- | |
| SDS-PAGE凝胶 | -- | -- | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 脱脂奶粉 | -- | -- | |
| Tris缓冲盐水吐温 | -- | -- | |
| AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4685S | |
| c-Fos抗体 | Cell Signaling Technology | 2250 | |
| GluN1抗体 | Cell Signaling Technology | 5704 | |
| GluA1抗体 | Cell Signaling Technology | 13185 | |
| CaMKII-α抗体 | Cell Signaling Technology | 50049 | |
| PKA C-α抗体 | Cell Signaling Technology | 5842 | |
| CREB抗体 | Cell Signaling Technology | 9197 | |
| β-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2128 | |
| SYN抗体 | Cohesionbio | CPA7127 | |
| 二抗 | -- | -- | |
| 增强化学发光系统 | Tanon | -- | |
| ELISA | cAMP ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 酶标仪 | BioTek Instruments, Inc. | Elx800 | |
| 免疫荧光 | SYN抗体 | Cell Signaling Technology | 5297 |
| 二抗(山羊抗小鼠Alexa Fluor 488) | Cohesionbio | CSA3211 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 荧光显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学分析 | 筛选参数:OB≥30%,DL≥0.18;数据库版本和检索日期;PPI网络物种为Homo sapiens,互动评分≥0.4;MCODE参数 阅读提示:Materials and methods - Collection of chemical components, Identification of gene targets, PPI network, Cluster analysis |
| 分子对接 | 受体和配体选择;软件版本(AutoDockVina 1.1.2);对接盒设置 阅读提示:Materials and methods - Molecular docking |
| 动物造模与给药 | 动物品系、性别、年龄、体重;造模药物剂量和给药途径;QGSTW剂量和给药途径;给药周期;各组动物数量 阅读提示:Materials and methods - Animal experiments |
| 行为学测试 | 测试箱尺寸;试验次数和时间;环境条件(光照周期);辨别指数计算方法 阅读提示:Materials and methods - Behavioral tests |
| 蛋白检测 | 组织收集和蛋白提取方法;一抗稀释比例和孵育条件;二抗孵育条件;检测系统 阅读提示:Materials and methods - Western blot analysis, ELISA, Tissue processing and immunofluorescence staining |