观察间歇性缺氧对巨噬细胞迁移的影响
验证IH能否影响巨噬细胞的迁移能力
通过伤口愈合实验评估IH对Raw264.7细胞迁移的影响;收集经IH处理的喉癌细胞上清液处理巨噬细胞后观察迁移变化。
Intermittent Hypoxia Promotes TAM-Induced Glycolysis in Laryngeal Cancer Cells via Regulation of HK1 Expression through Activation of ZBTB10.
包含细胞实验(迁移、增殖、糖酵解检测)、RNA-seq和蛋白质组学分析、临床组织芯片、双荧光素酶报告实验和ChIP实验,明确的功能验证和机制验证。
Hep2细胞(人喉癌细胞系) TU686细胞(人喉癌细胞系) THP1诱导的M2型巨噬细胞 Raw264.7小鼠巨噬细胞系
间歇性缺氧条件:O2浓度在5%和21%之间循环,每周期35分钟5% O2和25分钟21% O2,共24小时 M2巨噬细胞分化:THP1细胞经100 ng/mL PMA处理48小时和20 ng/mL IL-4处理24小时 HK1抑制剂2-DG处理条件:浓度和具体处理时间文中未明确说明 HK1敲低和ZBTB10敲除的验证:通过qPCR和Western blot确认 组织芯片样本:80例人喉癌组织样本
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证IH能否影响巨噬细胞的迁移能力
通过伤口愈合实验评估IH对Raw264.7细胞迁移的影响;收集经IH处理的喉癌细胞上清液处理巨噬细胞后观察迁移变化。
检测IH暴露的M2型巨噬细胞分泌因子是否促进喉癌细胞生长、增殖和迁移
将THP1细胞诱导为M2型巨噬细胞,在IH环境下培养24小时后收集上清液,处理Hep2细胞,进行CCK8、集落形成、伤口愈合和Transwell迁移实验。
探究IH暴露的M2巨噬细胞上清液是否增加喉癌细胞的糖酵解产物
测定Hep2和TU686细胞中乳酸和丙酮酸含量,并使用RNA-seq筛选差异表达基因,qPCR和Western blot验证HK1表达。
确定HK1是否是M2巨噬细胞上清液促进喉癌糖酵解和恶性表型的关键分子
使用己糖激酶抑制剂2-DG处理,并构建HK1 shRNA敲低HK1,观察对细胞增殖、迁移和糖酵解产物(乳酸、丙酮酸)的影响。
寻找可能调控HK1表达的转录因子
通过GeneCards数据库筛选靶向HK1的转录因子,与RNA-seq差异表达基因取交集,得到ZBTB10;验证ZBTB10在喉癌细胞中的表达,以及组织芯片中与HK1的相关性。
证明ZBTB10是否正向调控HK1的表达
通过CRISPR/Cas9敲除ZBTB10后检测HK1 mRNA和蛋白水平,并通过双荧光素酶报告实验和ChIP实验验证ZBTB10直接结合HK1启动子,调控其转录活性。
寻找M2巨噬细胞上清液中介导促肿瘤效应的关键蛋白
对M2巨噬细胞上清液进行蛋白质组学分析,鉴定差异表达蛋白,发现CLEC3B上调;通过敲低CLEC3B验证其对喉癌细胞恶性表型和糖酵解的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| M2巨噬细胞分化 | 佛波酯 | MCE | HY-13966 |
| 白细胞介素-4 | Peprotech | -- | |
| 药物处理 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | MCE | HY-13966 |
| HK1敲低 | HK1 shRNA(psi-LVRU6GP-scramble shRNA) | GeneCopoeia | CSHCTR001-1-LVRU6GP |
| ZBTB10过表达 | pEZ-lv201载体(HA标签) | GeneCopoeia | EX-Z6181-Lv157 |
| pEZ-lv242载体(Flag标签) | GeneCopoeia | EX-T0174-Lv242-B | |
| ZBTB10敲除 | pLenti-ZBTB10-sgRNA | Beyotime | L11170 |
| Transwell迁移实验 | Transwell小室(8 μm孔径) | Costar, Sigma-Aldrich | -- |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| CCK8细胞增殖实验 | CCK8溶液 | Biosharp | BS350B |
| K3 Touch酶标仪 | Labserv | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| DNBSEQ测序平台 | BGI | -- | |
| qRT-PCR | PrimeScript逆转录试剂 | TaKaRa | RR037Q |
| ChamQ SYBR Color qPCR预混液 | Vazyme | Q411-02 | |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR检测系统 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | P8340-1ML | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| 抗ZBTB10抗体 | Elabscience | -- | |
| 抗HK1抗体 | Proteintech | -- | |
| 抗CLEC3B抗体 | ABclonal | -- | |
| 抗β-actin抗体 | ABclonal | -- | |
| Clarity Western ECL底物 | Biosharp | BL523B | |
| ECL检测系统 | Baygene | -- | |
| 乳酸和丙酮酸检测 | 乳酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- |
| 组织芯片和免疫组化 | 组织芯片 | Wuhan Shuangxuan Biotechnology | -- |
| 荧光素酶报告实验 | Dual-Glo®荧光素酶检测系统试剂盒 | Promega | -- |
| pGEX-DL01载体 | GeneCopoeia | -- | |
| ChIP实验 | SimpleChIP® Plus超声染色质IP试剂盒#56383 | Cell Signaling Technology | 56383 |
| 抗HA标签抗体 | MBL | -- | |
| 抗组蛋白H3抗体#4620 | Cell Signaling Technology | 4620 | |
| 正常兔IgG #2729 | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8软件 | GraphPad Prism software Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:Hep2和HEK293T来自Minzhoubio;培养基、血清浓度、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:参见Materials and Methods 4.1 Cell Lines |
| M2巨噬细胞分化及IH处理 | THP1细胞用100 ng/mL PMA诱导48小时,再用20 ng/mL IL-4诱导24小时;IH条件为5% O2和21% O2循环,每周期35分钟5% O2和25分钟21% O2,处理24小时 阅读提示:参见Materials and Methods 4.1 Cell Lines |
| 2-DG处理 | 2-DG浓度和具体处理时间文中未明确说明 阅读提示:参见Materials and Methods 4.2 Reagents and Plasmids,以及Figure 4图注 |
| HK1敲低和ZBTB10敲除 | HK1 shRNA载体和ZBTB10 sgRNA的靶序列;验证转染效率的方法(qPCR和Western blot) 阅读提示:参见Materials and Methods 4.2 Reagents and Plasmids |
| 糖酵解检测 | 乳酸和丙酮酸检测试剂盒品牌和操作方法(南京建成) 阅读提示:参见Materials and Methods 4.10 Lactic Acid and Pyruvate Assays |
| 组织芯片和免疫组化 | 80例喉癌组织芯片的制备和免疫组化评分标准 阅读提示:参见Materials and Methods 4.11 Tissue Microarray and Immunohistochemistry |